6cuz

Engineered TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6 with (2S,3R)-ethylserine bound as the amino-acrylate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase beta chain 1

Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SODIUM ION × 3 (2E)-2-[(E)-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)amino]pent-2-enoic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SODIUM ION × 3 (2E)-2-[(E)-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)amino]pent-2-enoic acid × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPB1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 D； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 B； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 C； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cuz
沉积日期 deposition_date	2018-03-27
结构标题 title	Engineered TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6 with (2S,3R)-ethylserine bound as the amino-acrylate
关键词 keywords	amino-acrylate, (2S, 3R)-ethylserine, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6cuz__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6cuz__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6cuz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.73 Å
Rg（电子密度）	25.93 Å
总 Rg	26.66 Å
原子数	5724
残基数	761
排除体积	101990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6cuz__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6cuz__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan synthase beta chain 1
分子量 formula_weight	42361.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.20
突变 mutation	I16V, E17G, L91P, F95L, L161A, V173E, F274L, T292S, V384A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11996

MWFGEFGGQYVPETLVGPLKELEKAYKRFKDDEEFNRQLNYYLKTWAGRPTPLYYAKRLTEKIGGAKIYLKREDLVHGGAHKTNNAIGQAPLAKLMGKTRLIAETGAGQHGVATAMAGALLGMKVDIYMGAEDVERQKMNVFRMKLLGANVIPVNSGSRTAKDAINEALRDWEATFEYTHYLIGSVVGPHPYPTIVRDFQSVIGREAKAQILEAEGQLPDVIVACVGGGSNAMGIFYPFVNDKKVKLVGVEAGGKGLESGKHSASLNAGQVGVLHGMLSYFLQDEEGQIKPSHSIAPGLDYPGVGPEHAYLKKIQRAEYVTVTDEEALKAFHELSRTEGIIPALESAHAVAYAMKLAKEMSRDEIIIVNLSGRGDKDLDIVLKASGNV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tryptophan synthase beta chain 1
分子量 formula_weight	42589.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.20
突变 mutation	I16V, E17G, L91P, F95L, L161A, V173E, F274L, T292S, V384A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2E)-2-[(E)-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)amino]pent-2-enoic acid
分子量 formula_weight	344.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	550

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6cuza_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d6cuzb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d6cuzc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d6cuzd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6cuzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	6cuzA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	6cuzB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	6cuzB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	6cuzC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	6cuzC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	6cuzD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	6cuzD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

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晶胞边长 a length_a	84.222 Å
晶胞边长 b length_b	109.297 Å
晶胞边长 c length_c	159.928 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2363
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2611

Engineered TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6 with (2S,3R)-ethylserine bound as the amino-acrylate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase beta chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cuz__assembly_2__model_1

6cuz__assembly_2__model_1 | I(q)

6cuz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Engineered TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6 with (2S,3R)-ethylserine bound as the amino-acrylate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase beta chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cuz__assembly_2__model_1

6cuz__assembly_2__model_1 | I(q)

6cuz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)