6cx7

Structure of alpha-GSA[12,6P] bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 135.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen-presenting glycoprotein CD1d1

Mus musculus

UniProt A0A0R4J090

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–297 未记录 Chimeric T cell antigen receptor alpha chain Va14,Va24,Ja18 × 1 Chimeric T cell antigen receptor beta chain Vb8.2, vb11 × 1 Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 5 PLM PALMITIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELM N-[(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-8-oxo-8-[(6-phenylhexyl)amino]-1-{[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetra hydro-2H-pyran-2-yl]oxy}octan-2-yl]dodecanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.8;295 K;16% PEG 3350, 0.02M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane, pH 8.8 分辨率 2.60 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0R4J090_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–279; UniProt 19–297

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 Chimeric T cell antigen receptor alpha chain Va14,Va24,Ja18 × 1 Chimeric T cell antigen receptor beta chain Vb8.2, vb11 × 1 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 (A0A0R4J090) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 5 PLM PALMITIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELM N-[(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-8-oxo-8-[(6-phenylhexyl)amino]-1-{[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetra hydro-2H-pyran-2-yl]oxy}octan-2-yl]dodecanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.8;295 K;16% PEG 3350, 0.02M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane, pH 8.8 分辨率 2.60 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 290 个其他 PDB 条目、483 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cx7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cx7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cx7
沉积日期 deposition_date2018-04-02
结构标题 titleStructure of alpha-GSA[12,6P] bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR
关键词 keywordsimmune system, antigen-presentation, TCR, MHC-fold; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.98
零角强度 I(0) i0134451000.00
分子量 molecular_weight92491.0 kDa
排除体积 excluded_volume115090 ų
包络体积 envelope_volume158930 ų
水化壳体积 shell_volume36706 ų
包络直径 envelope_diameter145.1
壳层 Rg shell_rg40.05
包络 Rg envelope_rg40.35
形状 Rg shape_rg40.00
总 Rg total_rg39.91
总原子数 total_atoms6513
残基数 n_residues807
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.9
Rg (实空间) rg_real40.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real1.3450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal134400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7336
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.0
偏度 Skewness skewness0.658
峰度 Kurtosis kurtosis-0.257
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12680000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.612; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.507; Smooth: 0.192

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd6cx7a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cx7a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cx7b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd6cx7c1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cx7c2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd6cx7d1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cx7d2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6cx7A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id6cx7A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6cx7B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6cx7C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6cx7D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6cx7D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)