SAXSdb — 6d1u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAMP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 375–462； UniProt 24–111 作者链 B； PDB构建体 375–462； UniProt 24–111 作者链 C； PDB构建体 375–462； UniProt 24–111

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

Homo sapiens

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–368； UniProt 26–392 作者链 B； PDB构建体 2–368； UniProt 26–392 作者链 C； PDB构建体 2–368； UniProt 26–392

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

Homo sapiens

UniProt Q16602

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	ADM2 × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 SODIUM ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALRL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 472–587； UniProt 29–144 作者链 B； PDB构建体 472–587； UniProt 29–144 作者链 C； PDB构建体 472–587； UniProt 29–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6d1u
沉积日期 deposition_date	2018-04-12
结构标题 title	Crystal structure of the human CLR:RAMP1 extracellular domain heterodimer in complex with adrenomedullin 2/intermedin
关键词 keywords	CGRP receptor, class B GPCR, peptide hormone, amidated peptide, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6d1u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6d1u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6d1u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.62 Å
Rg（电子密度）	26.87 Å
总 Rg	27.72 Å
原子数	4480
残基数	566
排除体积	79409 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6d1u__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6d1u__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6d1u__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
分子量 formula_weight	66304.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	14158

MAKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAEFTTACQEANYGALLRELCLTQFQVDMEAVGETLWCDWGRTIRSYRELADCTWHMAEKLGCFWPNAEVDRFFLAVHGRYFRSCPISGRAVGSAGSAGSAEDSIQLGVTRNKIMTAQYECYQKIMQDPIQQAEGVYCNRTWDGWLCWNDVAAGTESMQLCPDYFQDFDPSEKVTKICDQDGNWFRHPASNRTWTNYTQCNVNTHEKVKTALNLFYLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ADM2
分子量 formula_weight	1925.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

GPAGRQDSAPVDPSSPHSYX

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	530

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6d1uB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	6d1uC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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晶胞边长 a length_a	172.295 Å
晶胞边长 b length_b	106.041 Å
晶胞边长 c length_c	136.911 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	45.640 Å
R 因子 r_factor	0.1954
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2228

Crystal structure of the human CLR:RAMP1 extracellular domain heterodimer in complex with adrenomedullin 2/intermedin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6d1u__assembly_1__model_1

6d1u__assembly_1__model_1 | I(q)

6d1u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the human CLR:RAMP1 extracellular domain heterodimer in complex with adrenomedullin 2/intermedin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6d1u__assembly_1__model_1

6d1u__assembly_1__model_1 | I(q)

6d1u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)