6d27

Crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 with CAY10471

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 7 [(3R)-3-{[(4-fluorophenyl)sulfonyl](methyl)amino}-1,2,3,4-tetrahydro-9H-carbazol-9-yl]acetic acid × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 OLEIC ACID × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 S-1,2-PROPANEDIOL × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D9IEF7_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 246–256； UniProt 2–12 作者链 A； PDB构建体 262–362； UniProt 61–161

Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera

Homo sapiens

UniProt Q9Y5Y4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 7 [(3R)-3-{[(4-fluorophenyl)sulfonyl](methyl)amino}-1,2,3,4-tetrahydro-9H-carbazol-9-yl]acetic acid × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 OLEIC ACID × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 S-1,2-PROPANEDIOL × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PD2R2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–237； UniProt 1–236 作者链 A； PDB构建体 363–464； UniProt 238–339

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6d27
沉积日期 deposition_date	2018-04-13
结构标题 title	Crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 with CAY10471
关键词 keywords	GPCR, MEMBRANE PROTEIN-ANTAGONIST complex; MEMBRANE PROTEIN/ANTAGONIST
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6d27__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6d27__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6d27__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.13 Å
Rg（电子密度）	28.22 Å
总 Rg	28.88 Å
原子数	3610
残基数	442
排除体积	65083 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6d27__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera
分子量 formula_weight	52228.7 kDa
突变 mutation	N25A,G237ADLGLQHR,A1298C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3618

GMSANATLKPLCPILEQMSRLQSHSATSIRYIDHAAVLLHGLASLLGLVENGVILFVVGCRMRQTVVTTWVLHLALSDLLASASLPFFTYFLAVGHSWELGTTFCKLHSSIFFLNMFASGFLLSAISLDRCLQVVRPVWAQNHRTVAAAHKVCLVLWALAVLNTVPYFVFRDTISRLDGRIMCYYNVLLLNPGPDRDATCNSRQAALAVSKFLLAFLVPLAIIASSHAAVSLRLQHRADLGLQHRNIFEMLRIDEGGGSGGDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYRRRPGRFVRLVAAVVAAFALCWGPYHVFSLLEARAHANPGLRPLVWRGLPFVTSLAFFNSVANPVLYVLTCPDMLRKLRRSLRTVLESVLVDDSELGGAGSSLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	[(3R)-3-{[(4-fluorophenyl)sulfonyl](methyl)amino}-1,2,3,4-tetrahydro-9H-carbazol-9-yl]acetic acid
分子量 formula_weight	416.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	S-1,2-PROPANEDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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晶胞边长 a length_a	52.175 Å
晶胞边长 b length_b	62.636 Å
晶胞边长 c length_c	272.215 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.738 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2442
R_work r_work	0.2422
R_free r_free	0.2795

Crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 with CAY10471

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6d27__assembly_1__model_1

6d27__assembly_1__model_1 | I(q)

6d27__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 with CAY10471

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6d27__assembly_1__model_1

6d27__assembly_1__model_1 | I(q)

6d27__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)