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6d8z

Crystal Structure of the C-terminal Guanine Nucleotide Exchange Factor Module of Human Trio

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Triple functional domain protein

Homo sapiens

UniProt O75962

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1960–2275 片段：UNP RESIDUES 1960-2275 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；14% PEG 3350, 100MM HEPES PH 7.5, HANGING DROP, 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.65 Å R-free 0.266
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1960–2275 片段：UNP RESIDUES 1960-2275 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；14% PEG 3350, 100MM HEPES PH 7.5, HANGING DROP, 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.65 Å R-free 0.266
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1960–2275 片段：UNP RESIDUES 1960-2275 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；14% PEG 3350, 100MM HEPES PH 7.5, HANGING DROP, 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.65 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6D8Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NTY Crystal structure of the first DH/PH domain of Trio to 1.7 A 提交 2003-01-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1225–1535（311 aa） 片段：N-terminal DH/PH domains, residues 1225-1535
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Batch Method.；pH 7.5；277 K；DTT, pH 7.5, Batch Method., temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.214
2NZ8 N-terminal DHPH cassette of Trio in complex with nucleotide-free Rac1 提交 2006-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1226–1535（310 aa） 片段：N-terminal DH/PH cassette (residues 1226-1535)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；100 mM sodium cacodylate pH 5.5 to 6.5, 14 to 18% (w/v) PEG 8000, and 300-500 mM calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.249
7SJ4 Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1 提交 2021-10-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1284–1959（676 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force 10
分辨率 2.86 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRIO_HUMAN
Isoform O75962-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–319； UniProt 1960–2275 作者链 B； PDB构建体 4–319； UniProt 1960–2275 作者链 C； PDB构建体 4–319； UniProt 1960–2275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6d8z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6d8z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6d8z
沉积日期 deposition_date2018-04-27
结构标题 titleCrystal Structure of the C-terminal Guanine Nucleotide Exchange Factor Module of Human Trio
关键词 keywordsRhoGEF, Dbl Family member, Dbl Homology, Pleckstrin Homology, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.74 Å
零角强度 I(0) i0171024000.00
分子量 molecular_weight106750.0 kDa
排除体积 excluded_volume134470 ų
包络体积 envelope_volume183250 ų
水化壳体积 shell_volume43855 ų
包络直径 envelope_diameter131.7 Å
壳层 Rg shell_rg40.79 Å
包络 Rg envelope_rg35.71 Å
形状 Rg shape_rg35.74 Å
总 Rg total_rg36.12 Å
总原子数 total_atoms7499
残基数 n_residues907
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.1 Å
Rg (实空间) rg_real36.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal171000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8671
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.0 Å
偏度 Skewness skewness0.412
峰度 Kurtosis kurtosis-0.218
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25990000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.862
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd6d8za1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.87 — DBL homology domain (DH-domain)
超家族 Superfamily superfamilya.87.1 — DBL homology domain (DH-domain)
家族 Family familya.87.1.1 — DBL homology domain (DH-domain)
结构域编号 domain_idd6d8za2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)
结构域编号 domain_idd6d8zb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.87 — DBL homology domain (DH-domain)
超家族 Superfamily superfamilya.87.1 — DBL homology domain (DH-domain)
家族 Family familya.87.1.1 — DBL homology domain (DH-domain)
结构域编号 domain_idd6d8zb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)
结构域编号 domain_idd6d8zb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6d8zc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.87 — DBL homology domain (DH-domain)
超家族 Superfamily superfamilya.87.1 — DBL homology domain (DH-domain)
家族 Family familya.87.1.1 — DBL homology domain (DH-domain)
结构域编号 domain_idd6d8zc2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6d8zA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
结构域编号 domain_id6d8zA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6d8zB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
结构域编号 domain_id6d8zB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6d8zC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
结构域编号 domain_id6d8zC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)