6dbl

Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination activating gene 1 - MBP chimera

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	Recombination activating gene 2 × 2 （Q1RLW7） Molecule name: Forward strand of 12-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Reverse strand of 12-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Forward strand of 23-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Reverse strand of 23-RSS substrate DNA × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG1_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 399–1159； UniProt 271–1031 作者链 C； PDB构建体 399–1159； UniProt 271–1031

Recombination activating gene 1 - MBP chimera

Danio rerio

UniProt P0AEX9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	Recombination activating gene 2 × 2 （Q1RLW7） Molecule name: Forward strand of 12-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Reverse strand of 12-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Forward strand of 23-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Reverse strand of 23-RSS substrate DNA × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–378； UniProt 29–392 作者链 C； PDB构建体 15–378； UniProt 29–392

Recombination activating gene 2

Danio rerio

UniProt Q1RLW7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	Recombination activating gene 1 - MBP chimera × 2 （O13033,P0AEX9） Molecule name: Forward strand of 12-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Reverse strand of 12-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Forward strand of 23-RSS substrate DNA × 1 Molecule name: Reverse strand of 23-RSS substrate DNA × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1RLW7_DANRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–533； UniProt 1–530 作者链 D； PDB构建体 4–533； UniProt 1–530

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dbl
沉积日期 deposition_date	2018-05-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs
关键词 keywords	V(D)J recombination, RAG complex, melted DNA, Pre-cleavage complex, RECOMBINATION-DNA complex; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6dbl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6dbl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6dbl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.86 Å
Rg（电子密度）	47.44 Å
总 Rg	47.79 Å
原子数	19929
残基数	2156
排除体积	339080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6dbl__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Recombination activating gene 1 - MBP chimera
分子量 formula_weight	131160.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	19929

MGSSHHHHHHGTKTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTGTDYDIPTTLEVLFQGPLGSRCQRDHLSTKLIPTEVPADLIRAVTCQVCDHLLSDPVQSPCRHLFCRLCIIRYTHALGPNCPTCNQHLNPSHLIKPAKFFLATLSSLPLLCPSEECSDWVRLDSFREHCLNHYREKESQEEQTPSEQNLDGYLPVNKGGRPRQHLLSLTRRAQKHRLRDLKNQVKTFAEKEEGGDVKSVCLTLFLLALRAGNEHKQADELEAMMQGRGFGLHPAVCLAIRVNTFLSCSQYHKMYRTVKATSGRQIFQPLHTLRNAEKELLPGFHQFEWQPALKNVSTSWDVGIIDGLSGWTVSVDDVPADTISRRFRYDVALVSALKDLEEDIMEGLRERALDDSMCTSGFTVVVKESCDGMGDVSEKHGSGPAVPEKAVRFSFTIMSISIRLEGEDDGITIFQEQKPNSELSCRPLCLMFVDESDHETLTAILGPVVAERKAMMESRLIISVGGLLRSFRFFFRGTGYDEKMVREMEGLEASGSTYICTLCDSTRAEASQNMVLHSITRSHDENLERYEIWRKNPFSESADELRDRVKGVSAKPFMETQPTLDALHCDIGNATEFYKIFQDEIGEVYQKPNPSREERRRWRSTLDKQLRKKMKLKPVMRMNGNYARRLMTREAVEAVCELVPSEERREALLKLMDLYLQMKPVWRSTCPSRDCPDQLCQYSYNSQQFADLLSSMFKYRYDGKITNYLHKTLAHVPEIVERDGSIGAWASEGNESGNKLFRRFRKMNARQSKTFELEDILKHHWLYTSKYLQKFMEAHKNS

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	Zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Recombination activating gene 2
分子量 formula_weight	59435.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GGSMSLQPLTAVNCGSLVQPGFSLLDLEGDVYLFGQKGWPKRSCPTGIFGVRIKKGELKLRAISFSNNSSYLPPLRCPAIAHFEAQDGKPECYLIHGGRTPNNELSSSLYMLSVDSRGCNRKVTLRCEEKELVGDVPSARYGHTLSVINSRGKTACVLFGGRSYMPPTERTTQNWNSVVDCPPQVYLIDLEFGCCTAHTLPELTDGQSFHVALARQDCVYFLGGHILSSDCRPSRLIRLHVELLLGSPVLTCTILHEGLTITSAIASPIGYHEYIIFGGYQSETQKRMECTYVGLDDVGVHMESREPPQWTSEISHSRTWFGGSLGKGTALVAIPSEGNPTPPEAYHFYQVSFQKEQDGEATAQGGSQESTDFEDSAPLEDSEELYFGREPHELEYSSDVEGDTYNEEDEEDESQTGYWIKCCLSCQVDPNIWEPYYSTELTRPAMIFCSRGEGGHWVHAQCMELPESLLLQLSQDNSKYFCLDHGGLPKQEMTPPKQMLPVKRVPMKMTHRKAPVSLKMTPAKKTFLRRLFD

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	Zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Molecule name: Forward strand of 12-RSS substrate DNA
分子量 formula_weight	15364.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GATCTGGCCTGTCTTACACAGTGCTACAGACTGGAACAAAAACCCTGCAG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Molecule name: Reverse strand of 12-RSS substrate DNA
分子量 formula_weight	15439.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CTGCAGGGTTTTTGTTCCAGTCTGTAGCACTGTGTAAGACAGGCCAGATC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Molecule name: Forward strand of 23-RSS substrate DNA
分子量 formula_weight	18732.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GATCTGGCCTGTCTTACACAGTGGTAGTACTCCACTGTCTGGCTGTACAAAAACCCTGCAG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Molecule name: Reverse strand of 23-RSS substrate DNA
分子量 formula_weight	18870.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CTGCAGGGTTTTTGTACAGCCAGACAGTGGAGTACTACCACTGTGTAAGACAGGCCAGATC

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.000 Å
最低分辨率 resolution_low	5.000 Å
R 因子 r_factor	0.4002
R_work r_work	0.4002
R_free r_free	0.4102

分辨率 resolution	5.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	23176

Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination activating gene 1 - MBP chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Recombination activating gene 1 - MBP chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Recombination activating gene 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dbl__assembly_1__model_1

6dbl__assembly_1__model_1 | I(q)

6dbl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination activating gene 1 - MBP chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Recombination activating gene 1 - MBP chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Recombination activating gene 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dbl__assembly_1__model_1

6dbl__assembly_1__model_1 | I(q)

6dbl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)