← 返回搜索
6dee

Crystal structure of the C-terminus of Homo sapiens SPIN90 (SH3-protein interacting with Nck), residues 306-722

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.8 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NCK-interacting protein with SH3 domain

Homo sapiens

UniProt Q9NZQ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 306–722 片段：UNP residues 306-722 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；50 mM MES, pH 6, 100 mM magnesium sulfate, 1.5% PEG6000 分辨率 3.04 Å R-free 0.308

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6DEE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6DEC Crystal structure of Bos taurus Arp2/3 complex binding with C-terminus of Homo sapiens SPIN90 提交 2018-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 M 269–722（454 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM HEPES, pH 7.5, 5% PEG3350, 50 mM L-Proline, 0.5 mM ATP, 0.5 mM calcium chloride, 1 mM DTT
分辨率 4.60 Å R-free 0.314
6DEC Crystal structure of Bos taurus Arp2/3 complex binding with C-terminus of Homo sapiens SPIN90 提交 2018-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 P 269–722（454 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM HEPES, pH 7.5, 5% PEG3350, 50 mM L-Proline, 0.5 mM ATP, 0.5 mM calcium chloride, 1 mM DTT
分辨率 4.60 Å R-free 0.314
6DED Crystal structure of the C-terminal ARM domain of Homo sapiens SPIN90 (SH3-protein interacting with Nck), residues 351-722 提交 2018-05-11 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 350–722（373 aa） 片段：UNP residues 350-722
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM Tris, pH 7.5, 700 mM sodium potassium tartrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.239
6DED Crystal structure of the C-terminal ARM domain of Homo sapiens SPIN90 (SH3-protein interacting with Nck), residues 351-722 提交 2018-05-11 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 350–722（373 aa） 片段：UNP residues 350-722
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM Tris, pH 7.5, 700 mM sodium potassium tartrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.239
9I2B SPIN90-Arp2/3 nucleated bidirectional actin filaments 提交 2025-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 H 1–722（722 aa）
链 R 1–722（722 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9M5E Structure of SPIN90 dimer-Arp2/3 complex-nucleated actin filament (singlet complex) 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 H 269–722（454 aa）
链 h 269–722（454 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9M64 Structure of SPIN90 dimer-Arp2/3 complexes-nucleated actin filaments (Doublet Complex) 提交 2025-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 H 269–722（454 aa）
链 h 269–722（454 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPN90_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–418； UniProt 306–722

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6dee

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6dee
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6dee
沉积日期 deposition_date2018-05-11
结构标题 titleCrystal structure of the C-terminus of Homo sapiens SPIN90 (SH3-protein interacting with Nck), residues 306-722
关键词 keywords;partially active form, N-terminally truncated SPIN90, 6 and half armadillo repeats, part of middle segment, activates Arp2-3 complex, not full activity, ENDOCYTOSIS ;; ENDOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.41 Å
零角强度 I(0) i023603800.00
分子量 molecular_weight36562.0 kDa
排除体积 excluded_volume45446 ų
包络体积 envelope_volume61707 ų
水化壳体积 shell_volume21481 ų
包络直径 envelope_diameter88.5 Å
壳层 Rg shell_rg30.91 Å
包络 Rg envelope_rg25.67 Å
形状 Rg shape_rg25.43 Å
总 Rg total_rg26.00 Å
总原子数 total_atoms2573
残基数 n_residues382
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.8 Å
Rg (实空间) rg_real26.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8921
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.5 Å
偏度 Skewness skewness0.325
峰度 Kurtosis kurtosis-0.683
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3997000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.880; Smooth: 0.958
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)