9i2b

SPIN90-Arp2/3 nucleated bidirectional actin filaments

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 224.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i2b
沉积日期 deposition_date	2025-01-20
结构标题 title	SPIN90-Arp2/3 nucleated bidirectional actin filaments
关键词 keywords	Cytoskeleton, Branched actin network, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	74.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.22 Å
零角强度 I(0) i0	6681600000.00
分子量 molecular_weight	695650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	871880 Å³
包络体积 envelope_volume	1302700 Å³
水化壳体积 shell_volume	153270 Å³
包络直径 envelope_diameter	295.2 Å
壳层 Rg shell_rg	68.83 Å
包络 Rg envelope_rg	73.56 Å
形状 Rg shape_rg	75.20 Å
总 Rg total_rg	75.19 Å
总原子数 total_atoms	97342
残基数 n_residues	6144
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	224.0 Å
Rg (实空间) rg_real	72.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2670e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6646000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8326
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	74.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.510
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0508
最高正则化参数 α highest_alpha	331100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.891; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.038

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin-related protein 2
分子量 formula_weight	44818.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L
原子数 atom_count	97342

MDSQGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIRSTTKVGNIEIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEKLGVTVR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 2 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
分子量 formula_weight	34386.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,N

MILLEVNNRIIEETLALKFENAAAGNKPEAVEVTFADFDGVLYHISNPNGDKTKVMVSISLKFYKELQAHGADELLKRVYGSFLVNPESGYNVSLLYDLENLPASKDSIVHQAGMLKRNCFASVFEKYFQFQEEGKEGENRAVIHYRDDETMYVESKKDRVTVVFSTVFKDDDDVVIGKVFMQEFKEGRRASHTAPQVLFSHREPPLELKDTDAAVGDNIGYITFVLFPRHTNASARDNTINLIHTFRDYLHYHIKCSKAYIHTRMRAKTSDFLKVLNRARPDAEKKEMKTITGKTFSSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 3 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
分子量 formula_weight	20572.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,O

MPAYHSSLMDPDTKLIGNMALLPIRSQFKGPAPRETKDTDIVDEAIYYFKANVFFKNYEIKNEADRTLIYITLYISECLKKLQKCNSKSQGEKEMYTLGITNFPIPGEPGFPLNAIYAKPANKQEDEVMRAYLQQLRQETGLRLCEKVFDPQNDKPSKWWTCFVKRQFMNKSLSGPGQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 4 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
分子量 formula_weight	19697.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,P

MTATLRPYLSAVRATLQAALCLENFSSQVVERHNKPEVEVRSSKELLLQPVTISRNEKEKVLIEGSINSVRVSIAVKQADEIEKILCHKFMRFMMMRAENFFILRRKPVEGYDISFLITNFHTEQMYKHKLVDFVIHFMEEIDKEISEMKLSVNARARIVAEEFLKNF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 5 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein
分子量 formula_weight	16964.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,Q

MARNTLSSRFRRVDIDEFDENKFVDEQEEAAAAAAEPGPDPSEVDGLLRQGDMLRAFHAALRNSPVNTKNQAVKERAQGVVLKVLTNFKSSEIEQAVQSLDRNGVDLLMKYIYKGFEKPTENSSAVLLQWHEKALAVGGLGSIIRVLTARKTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 6 polymer

描述 description	Actin, cytoplasmic 1
分子量 formula_weight	41782.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,S,T

MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

Entity 7 polymer

描述 description	Phalloidin
分子量 formula_weight	808.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,d,U,V

WXATCPA

Entity 8 polymer

描述 description	NCK-interacting protein with SH3 domain
分子量 formula_weight	79054.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,R

MYRALYAFRSAEPNALAFAAGETFLVLERSSAHWWLAARARSGETGYVPPAYLRRLQGLEQDVLQAIDRAIEAVHNTAMRDGGKYSLEQRGVLQKLIHHRKETLSRRGPSASSVAVMTSSTSDHHLDAAAARQPNGVCRAGFERQHSLPSSEHLGADGGLYQIPLPSSQIPPQPRRAAPTTPPPPVKRRDREALMASGSGGHNTMPSGGNSVSSGSSVSSTSLDTLYTSSSPSEPGSSCSPTPPPVPRRGTHTTVSQVQPPPSKASAPEPPAEEEVATGTTSASDDLEALGTLSLGTTEEKAAAEAAVPRTIGAELMELVRRNTGLSHELCRVAIGIIVGHIQASVPASSPVMEQVLLSLVEGKDLSMALPSGQVCHDQQRLEVIFADLARRKDDAQQRSWALYEDEGVIRCYLEELLHILTDADPEVCKKMCKRNEFESVLALVAYYQMEHRASLRLLLLKCFGAMCSLDAAIISTLVSSVLPVELARDMQTDTQDHQKLCYSALILAMVFSMGEAVPYAHYEHLGTPFAQFLLNIVEDGLPLDTTEQLPDLCVNLLLALNLHLPAADQNVIMAALSKHANVKIFSEKLLLLLNRGDDPVRIFKHEPQPPHSVLKFLQDVFGSPATAAIFYHTDMMALIDITVRHIADLSPGDKLRMEYLSLMHAIVRTTPYLQHRHRLPDLQAILRRILNEEETSPQCQMDRMIVREMCKEFLVLGEAPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 9 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B
分子量 formula_weight	41004.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,M

MAYHSFLVEPISCHAWNKDRTQIAICPNNHEVHIYEKSGAKWTKVHELKEHNGQVTGIDWAPESNRIVTCGTDRNAYVWTLKGRTWKPTLVILRINRAARCVRWAPNENKFAVGSGSRVISICYFEQENDWWVCKHIKKPIRSTVLSLDWHPNNVLLAAGSCDFKCRIFSAYIKEVEERPAPTPWGSKMPFGELMFESSSSCGWVHGVCFSASGSRVAWVSHDSTVCLADADKKMAVATLASETLPLLALTFITDNSLVAAGHDCFPVLFTYDAAAGMLSFGGRLDVPKQSSQRGLTARERFQNLDKKASSEGGTAAGAGLDSLHKNSVSQISVLSGGKAKCSQFCTTGMDGGMSIWDVKSLESALKDLKIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 10 polymer

描述 description	Actin-related protein 3
分子量 formula_weight	47428.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,K

MAGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKESAKVGDQAQRRVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSGGRLKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGVMS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 12 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	39104

fit	/app/data/saxs_computation/i2/9i2b/9i2b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i2/9i2b/9i2b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i2/9i2b/9i2b.dat

SPIN90-Arp2/3 nucleated bidirectional actin filaments

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)