9i2b

SPIN90-Arp2/3 nucleated bidirectional actin filaments

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 224.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 2

Homo sapiens

UniProt P61160

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–394 链 L; UniProt 1–394 未记录 Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 2 (O15144) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 2 (O15145) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 2 (P59998) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein × 2 (Q9BPX5) Actin, cytoplasmic 1 × 4 (Q6QAQ1) Phalloidin × 4 NCK-interacting protein with SH3 domain × 2 (Q9NZQ3) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 2 (O15143) Actin-related protein 3 × 2 (P61158) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394 作者链 L; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

Actin-related protein 2/3 complex subunit 2

Homo sapiens

UniProt O15144

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–300 链 N; UniProt 1–300 未记录 Actin-related protein 2 × 2 (P61160) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 2 (O15145) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 2 (P59998) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein × 2 (Q9BPX5) Actin, cytoplasmic 1 × 4 (Q6QAQ1) Phalloidin × 4 NCK-interacting protein with SH3 domain × 2 (Q9NZQ3) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 2 (O15143) Actin-related protein 3 × 2 (P61158) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARPC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–300; UniProt 1–300 作者链 N; PDB构建体 1–300; UniProt 1–300

Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

Homo sapiens

UniProt O15145

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–178 链 O; UniProt 1–178 未记录 Actin-related protein 2 × 2 (P61160) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 2 (O15144) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 2 (P59998) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein × 2 (Q9BPX5) Actin, cytoplasmic 1 × 4 (Q6QAQ1) Phalloidin × 4 NCK-interacting protein with SH3 domain × 2 (Q9NZQ3) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 2 (O15143) Actin-related protein 3 × 2 (P61158) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARPC3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–178; UniProt 1–178 作者链 O; PDB构建体 1–178; UniProt 1–178

Actin-related protein 2/3 complex subunit 4

Homo sapiens

UniProt P59998

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–168 链 P; UniProt 1–168 未记录 Actin-related protein 2 × 2 (P61160) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 2 (O15144) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 2 (O15145) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein × 2 (Q9BPX5) Actin, cytoplasmic 1 × 4 (Q6QAQ1) Phalloidin × 4 NCK-interacting protein with SH3 domain × 2 (Q9NZQ3) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 2 (O15143) Actin-related protein 3 × 2 (P61158) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARPC4_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–168; UniProt 1–168 作者链 P; PDB构建体 1–168; UniProt 1–168

Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein

Homo sapiens

UniProt Q9BPX5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–153 链 Q; UniProt 1–153 未记录 Actin-related protein 2 × 2 (P61160) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 2 (O15144) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 2 (O15145) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 2 (P59998) Actin, cytoplasmic 1 × 4 (Q6QAQ1) Phalloidin × 4 NCK-interacting protein with SH3 domain × 2 (Q9NZQ3) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 2 (O15143) Actin-related protein 3 × 2 (P61158) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARP5L_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–153; UniProt 1–153 作者链 Q; PDB构建体 1–153; UniProt 1–153

Actin, cytoplasmic 1

物种未注明

UniProt Q6QAQ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–375 链 J; UniProt 1–375 链 S; UniProt 1–375 链 T; UniProt 1–375 未记录 Actin-related protein 2 × 2 (P61160) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 2 (O15144) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 2 (O15145) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 2 (P59998) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein × 2 (Q9BPX5) Phalloidin × 4 NCK-interacting protein with SH3 domain × 2 (Q9NZQ3) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 2 (O15143) Actin-related protein 3 × 2 (P61158) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTB_PIG
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375 作者链 J; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375 作者链 S; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375 作者链 T; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375

NCK-interacting protein with SH3 domain

Homo sapiens

UniProt Q9NZQ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–722 链 R; UniProt 1–722 未记录 Actin-related protein 2 × 2 (P61160) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 2 (O15144) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 2 (O15145) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 2 (P59998) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein × 2 (Q9BPX5) Actin, cytoplasmic 1 × 4 (Q6QAQ1) Phalloidin × 4 Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 2 (O15143) Actin-related protein 3 × 2 (P61158) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPN90_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–722; UniProt 1–722 作者链 R; PDB构建体 1–722; UniProt 1–722

Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B

Homo sapiens

UniProt O15143

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–372 链 M; UniProt 1–372 未记录 Actin-related protein 2 × 2 (P61160) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 2 (O15144) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 2 (O15145) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 2 (P59998) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein × 2 (Q9BPX5) Actin, cytoplasmic 1 × 4 (Q6QAQ1) Phalloidin × 4 NCK-interacting protein with SH3 domain × 2 (Q9NZQ3) Actin-related protein 3 × 2 (P61158) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARC1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–372; UniProt 1–372 作者链 M; PDB构建体 1–372; UniProt 1–372

Actin-related protein 3

Homo sapiens

UniProt P61158

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–418 链 K; UniProt 1–418 未记录 Actin-related protein 2 × 2 (P61160) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 2 (O15144) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 2 (O15145) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 2 (P59998) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5-like protein × 2 (Q9BPX5) Actin, cytoplasmic 1 × 4 (Q6QAQ1) Phalloidin × 4 NCK-interacting protein with SH3 domain × 2 (Q9NZQ3) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 2 (O15143) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARP3_HUMAN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418 作者链 K; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9i2b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9i2b
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9i2b
沉积日期 deposition_date2025-01-20
结构标题 titleSPIN90-Arp2/3 nucleated bidirectional actin filaments
关键词 keywordsCytoskeleton, Branched actin network, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier74.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron75.22
零角强度 I(0) i06681600000.00
分子量 molecular_weight695650.0 kDa
排除体积 excluded_volume871880 ų
包络体积 envelope_volume1302700 ų
水化壳体积 shell_volume153270 ų
包络直径 envelope_diameter295.2
壳层 Rg shell_rg68.83
包络 Rg envelope_rg73.56
形状 Rg shape_rg75.20
总 Rg total_rg75.19
总原子数 total_atoms97342
残基数 n_residues6144
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax224.0
Rg (实空间) rg_real72.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.30
I(0) (实空间) i0_real6.5820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2670e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal72.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6646000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8326
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary74.7
偏度 Skewness skewness0.510
峰度 Kurtosis kurtosis-0.292
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0508
最高正则化参数 α highest_alpha331100000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.891; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.038

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)