SAXSdb — 6dlu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynamin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYN1_HUMAN
Isoform	Q05193-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–748； UniProt 1–748 作者链 P； PDB构建体 1–748； UniProt 1–748

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dlu
沉积日期 deposition_date	2018-06-02
结构标题 title	Cryo-EM of the GMPPCP-bound human dynamin-1 polymer assembled on the membrane in the constricted state
关键词 keywords	dynamin family, gtpase, pleckstrin homology domain, membrane protein, ENDOCYTOSIS, HYDROLASE; ENDOCYTOSIS, HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6dlu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6dlu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6dlu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	77.03 Å
Rg（电子密度）	77.13 Å
总 Rg	76.99 Å
原子数	11991
残基数	1481
排除体积	213360 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6dlu__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dynamin-1
分子量 formula_weight	85859.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,P
原子数 atom_count	11991

MGNRGMEDLIPLVNRLQDAFSAIGQNADLDLPQIAVVGGQSAGKSSVLENFVGRDFLPRGSGIVTRRPLVLQLVNATTEYAEFLHCKGKKFTDFEEVRLEIEAETDRVTGTNKGISPVPINLRVYSPHVLNLTLVDLPGMTKVPVGDQPPDIEFQIRDMLMQFVTKENCLILAVSPANSDLANSDALKVAKEVDPQGQRTIGVITKLDLMDEGTDARDVLENKLLPLRRGYIGVVNRSQKDIDGKKDITAALAAERKFFLSHPSYRHLADRMGTPYLQKVLNQQLTNHIRDTLPGLRNKLQSQLLSIEKEVEEYKNFRPDDPARKTKALLQMVQQFAVDFEKRIEGSGDQIDTYELSGGARINRIFHERFPFELVKMEFDEKELRREISYAIKNIHGIRTGLFTPDMAFETIVKKQVKKIREPCLKCVDMVISELISTVRQCTKKLQQYPRLREEMERIVTTHIREREGRTKEQVMLLIDIELAYMNTNHEDFIGFANAQQRSNQMNKKKTSGNQDEILVIRKGWLTINNIGIMKGGSKEYWFVLTAENLSWYKDDEEKEKKYMLSVDNLKLRDVEKGFMSSKHIFALFNTEQRNVYKDYRQLELACETQEEVDSWKASFLRAGVYPERVGDKEKASETEENGSDSFMHSMDPQLERQVETIRNLVDSYMAIVNKTVRDLMPKTIMHLMINNTKEFIFSELLANLYSCGDQNTLMEESAEQAQRRDEMLRMYHALKEALSIIGDINTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6dluB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6dluP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	452959

Cryo-EM of the GMPPCP-bound human dynamin-1 polymer assembled on the membrane in the constricted state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynamin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dlu__assembly_1__model_1

6dlu__assembly_1__model_1 | I(q)

6dlu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM of the GMPPCP-bound human dynamin-1 polymer assembled on the membrane in the constricted state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynamin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dlu__assembly_1__model_1

6dlu__assembly_1__model_1 | I(q)

6dlu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)