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6dv1

Crystal structure of the alpha-E-catenin actin-binding domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catenin alpha-1

Mus musculus

UniProt P26231

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 652–906 链 B； UniProt 652–906 未记录 BR BROMIDE ION × 5 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium bromide, 2.2 M ammonium sulfate, 3% w/v D-galactose 分辨率 2.20 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6DV1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DOV CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALPHA-CATENIN DIMERIZATION DOMAIN 提交 1999-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 82–262（181 aa） 片段：DIMERIZATION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；295 K；PEG 400, Tris, urea, dithiothreitol, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.263
1DOV CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALPHA-CATENIN DIMERIZATION DOMAIN 提交 1999-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 82–262（181 aa） 片段：DIMERIZATION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；295 K；PEG 400, Tris, urea, dithiothreitol, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.263
1DOW CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERA OF BETA-CATENIN AND ALPHA-CATENIN 提交 1999-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–261（205 aa） 片段：DIMERIZATION AND BETA-CATENIN BINDING REGION
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 2000 monomethylether, HEPES, urea, ethanol, Dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 1.80 Å R-free 0.233
4E17 Alpha-E-catenin is an autoinhibited molecule that co-activates vinculin 提交 2012-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 321–356（36 aa） 片段：vinculin binding domain (UNP residues 321-356)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；283 K；20% PEG8000, 100 mM MES, pH 6.8, 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.30 Å R-free 0.240
4E18 Alpha-E-catenin is an autoinhibited molecule that co-activates vinculin 提交 2012-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 302–356（55 aa） 片段：vinculin binding domain (UNP residues 302-356)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；22% PEG3350, 100 mM bis-tris-propane, pH 8.0, 100 mM sodium nitrate, 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.273
4K1N Crystal structure of full-length mouse alphaE-catenin 提交 2013-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–906（906 aa）
链 B 1–906（906 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG-3350, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 6.50 Å R-free 0.247
5Y04 Crystal Structure of the complex between the vinculin D1 domain and alphaE-catenin 提交 2017-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 276–375（100 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-375
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；100MM IMIDAZOLE, 0.5-0.7M POTASSIUM TARTRATE, 0.35M SODIUM FORMATE
分辨率 2.85 Å R-free 0.281
6O3E mouse aE-catenin 82-883 提交 2019-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 82–883（802 aa）
链 B 82–883（802 aa）
突变：C116S 突变：C116S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris, pH 8.5, 60 mM lithium sulfate, 23.5 % PEG 400
分辨率 4.00 Å R-free 0.243
6WVT Structural basis of alphaE-catenin - F-actin catch bond behavior 提交 2020-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 K 671–906（236 aa）
链 L 671–906（236 aa）
链 N 671–906（236 aa）
链 O 671–906（236 aa）
链 Q 671–906（236 aa）
链 X 671–906（236 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9DVA F-actin binding interface of alpha-E-catenin ABD (cadherin-catenin complex) and afadin 提交 2024-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–906（906 aa）
链 H 1–906（906 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTNA1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–263； UniProt 652–906 作者链 B； PDB构建体 9–263； UniProt 652–906

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6dv1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6dv1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6dv1
沉积日期 deposition_date2018-06-22
结构标题 titleCrystal structure of the alpha-E-catenin actin-binding domain
关键词 keywordsfive-helix bundle, F-actin-binding, mechanosensor, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.89 Å
零角强度 I(0) i033554600.00
分子量 molecular_weight42987.0 kDa
排除体积 excluded_volume53170 ų
包络体积 envelope_volume66702 ų
水化壳体积 shell_volume23704 ų
包络直径 envelope_diameter88.4 Å
壳层 Rg shell_rg30.54 Å
包络 Rg envelope_rg24.27 Å
形状 Rg shape_rg23.87 Å
总 Rg total_rg24.73 Å
总原子数 total_atoms2965
残基数 n_residues389
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.9 Å
Rg (实空间) rg_real24.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33550000.0000
解质量估计 total_estimate0.8499
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.0 Å
偏度 Skewness skewness0.303
峰度 Kurtosis kurtosis-0.314
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5966000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.847; Smooth: 1.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6dv1A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id6dv1B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)