6dxb

Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chalcone synthase

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 C； UniProt 1–395	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT	分辨率 1.55 Å R-free 0.163
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–395 链 D； UniProt 1–395	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT	分辨率 1.55 Å R-free 0.163

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6DXB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6DXD Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - C347S mutant 提交 2018-06-28	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）	突变：C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT	分辨率 1.59 Å R-free 0.169
6DXD Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - C347S mutant 提交 2018-06-28	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–395（395 aa）链 D 1–395（395 aa）	突变：C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT	分辨率 1.59 Å R-free 0.169
6DXE Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - M64I F170S G173A S213G Q217A T270V C347S mutant 提交 2018-06-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–395（395 aa）链 C 1–395（395 aa）	突变：M64I, F170S, G173A, S213G, Q217A, T270V, C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M64I, F170S, G173A, S213G, Q217A, T270V, C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.125 NaSCN, 20% (v/v) PEG 3350, and 5 mM DTT	分辨率 1.61 Å R-free 0.202
9WBE Crystal structure of the CHS-CHIL complex 提交 2025-08-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 1.91 Å R-free 0.204

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHSY_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 C； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 D； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dxb
沉积日期 deposition_date	2018-06-28
结构标题 title	Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana
关键词 keywords	Thiolase, Flavonoid, Polyketide synthase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.89 Å
零角强度 I(0) i0	425576000.00
分子量 molecular_weight	170150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	213630 Å³
包络体积 envelope_volume	262150 Å³
水化壳体积 shell_volume	55195 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.5 Å
壳层 Rg shell_rg	45.56 Å
包络 Rg envelope_rg	38.58 Å
形状 Rg shape_rg	38.90 Å
总 Rg total_rg	39.18 Å
总原子数 total_atoms	23983
残基数 n_residues	1550
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	425600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8878
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.307
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.640
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	122000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.893

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6dxba1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.2 — Chalcone synthase-like

结构域编号 domain_id	d6dxba2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.2 — Chalcone synthase-like

结构域编号 domain_id	d6dxbb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.2 — Chalcone synthase-like

结构域编号 domain_id	d6dxbb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.2 — Chalcone synthase-like

结构域编号 domain_id	d6dxbc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.2 — Chalcone synthase-like

结构域编号 domain_id	d6dxbc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.2 — Chalcone synthase-like

结构域编号 domain_id	d6dxbd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.2 — Chalcone synthase-like

结构域编号 domain_id	d6dxbd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.2 — Chalcone synthase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6dxbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	6dxbA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	6dxbB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	6dxbB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	6dxbC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	6dxbC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	6dxbD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	6dxbD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.640 Å
晶胞边长 b length_b	137.560 Å
晶胞边长 c length_c	108.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.549 Å
最低分辨率 resolution_low	38.681 Å
R 因子 r_factor	0.1409
R_work r_work	0.1407
R_free r_free	0.1633

描述 description	Chalcone synthase
分子量 formula_weight	43202.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.74
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,B,D
原子数 atom_count	25857

Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chalcone synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1680

fit	/app/data/saxs_computation/dx/6dxb/6dxb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dx/6dxb/6dxb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dx/6dxb/6dxb.dat