6e3e

Structure of RORgt in complex with a novel inverse agonist.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor ROR-gamma

Homo sapiens

UniProt P51449

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 265–481 未记录 SO4 SULFATE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 HQ7 5-[(5R)-5-[(7-fluoro-1,1-dimethyl-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl)carbamoyl]-2-methoxy-7,8-dihydro-1,6-naphthyridin-6(5H)-yl]-5-oxopentanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;291 K;2%MPD, 1.2M NaFormate, 0.1M Hepes 7.5 分辨率 2.47 Å R-free 0.213
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 265–481 未记录 SO4 SULFATE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 HQ7 5-[(5R)-5-[(7-fluoro-1,1-dimethyl-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl)carbamoyl]-2-methoxy-7,8-dihydro-1,6-naphthyridin-6(5H)-yl]-5-oxopentanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;291 K;2%MPD, 1.2M NaFormate, 0.1M Hepes 7.5 分辨率 2.47 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、266 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RORG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–217; UniProt 265–481 作者链 B; PDB构建体 1–217; UniProt 265–481

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6e3e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6e3e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6e3e
沉积日期 deposition_date2018-07-13
结构标题 titleStructure of RORgt in complex with a novel inverse agonist.
关键词 keywordsNuclear hormone receptor, inverse agonist, nuclear protein-agonist complex; nuclear protein/agonist
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.18
零角强度 I(0) i045493600.00
分子量 molecular_weight51746.0 kDa
排除体积 excluded_volume64662 ų
包络体积 envelope_volume83366 ų
水化壳体积 shell_volume27584 ų
包络直径 envelope_diameter85.2
壳层 Rg shell_rg32.34
包络 Rg envelope_rg24.83
形状 Rg shape_rg25.18
总 Rg total_rg26.01
总原子数 total_atoms3628
残基数 n_residues434
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.5
Rg (实空间) rg_real26.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real4.5490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal45490000.0000
解质量估计 total_estimate0.8994
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.2
偏度 Skewness skewness0.116
峰度 Kurtosis kurtosis-0.626
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9958000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.983

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6e3ea_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6e3eb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6e3eA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id6e3eB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)