6e5s

Crystal structure of holo retinal-bound domain-swapped dimer Q108K:T51D mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	RETINAL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	RETINAL × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	RETINAL × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	RETINAL × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	RETINAL × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	RETINAL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RET2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 B； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 C； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 D； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 E； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 F； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 G； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 H； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 I； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 J； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 K； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 L； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6e5s
沉积日期 deposition_date	2018-07-22
结构标题 title	Crystal structure of holo retinal-bound domain-swapped dimer Q108K:T51D mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II
关键词 keywords	Retinol, iLBP, Protein Switch, CYTOSOLIC PROTEIN, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6e5s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6e5s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6e5s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.75 Å
Rg（电子密度）	21.92 Å
总 Rg	22.59 Å
原子数	2208
残基数	266
排除体积	39043 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6e5s__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6e5s__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6e5s__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6e5s__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6e5s__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6e5s__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Retinol-binding protein 2
分子量 formula_weight	15612.5 kDa
突变 mutation	Q108K, T51D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	13962

TRDQNGTWEMESNENFEGYMKALDIDFATRKIAVRLTQTKVIDQDGDNFKDKTTSTFRNYDVDFTVGVEFDEYTKSLDNRHVKALVTWEGDVLVCVQKGEKENRGWKKWIEGDKLYLELTCGDQVCRQVFKKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Bacterial expression vector pBEN1-SGC

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	647

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d6e5sa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5se_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5si_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

结构域编号 domain_id	d6e5sl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6e5sA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	6e5sL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

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晶胞边长 a length_a	66.199 Å
晶胞边长 b length_b	73.792 Å
晶胞边长 c length_c	353.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.061 Å
最低分辨率 resolution_low	45.459 Å
R 因子 r_factor	0.2234
R_work r_work	0.2223
R_free r_free	0.2735

Crystal structure of holo retinal-bound domain-swapped dimer Q108K:T51D mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6e5s__assembly_1__model_1

6e5s__assembly_1__model_1 | I(q)

6e5s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of holo retinal-bound domain-swapped dimer Q108K:T51D mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6e5s__assembly_1__model_1

6e5s__assembly_1__model_1 | I(q)

6e5s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)