6e5u

Crystal structure of the mRNA export receptor NXF1/NXT1 in complex with influenza virus NS1 protein

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear RNA export factor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NTF2-related export protein 1 × 2 （Q9UKK6） Non-structural protein 1 × 2 （I7CAR2） Non-structural protein 1 × 2 （I7CAR2）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NTF2-related export protein 1 × 2 （Q9UKK6） Non-structural protein 1 × 2 （I7CAR2） Non-structural protein 1 × 2 （I7CAR2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NXF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–508； UniProt 116–619 作者链 C； PDB构建体 5–508； UniProt 116–619 作者链 E； PDB构建体 5–508； UniProt 116–619 作者链 G； PDB构建体 5–508； UniProt 116–619

NTF2-related export protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9UKK6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nuclear RNA export factor 1 × 2 （Q9UBU9） Non-structural protein 1 × 2 （I7CAR2） Non-structural protein 1 × 2 （I7CAR2）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nuclear RNA export factor 1 × 2 （Q9UBU9） Non-structural protein 1 × 2 （I7CAR2） Non-structural protein 1 × 2 （I7CAR2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NXT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 D； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 F； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 H； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140

Non-structural protein 1

Influenza A virus

UniProt I7CAR2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nuclear RNA export factor 1 × 2 （Q9UBU9） NTF2-related export protein 1 × 2 （Q9UKK6）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nuclear RNA export factor 1 × 2 （Q9UBU9） NTF2-related export protein 1 × 2 （Q9UKK6）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I7CAR2_9INFA
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 6–77； UniProt 1–72 作者链 K； PDB构建体 6–77； UniProt 1–72 作者链 L； PDB构建体 6–77； UniProt 1–72 作者链 M； PDB构建体 6–77； UniProt 1–72 作者链 U； PDB构建体 1–153； UniProt 73–230 作者链 V； PDB构建体 1–153； UniProt 73–230 作者链 X； PDB构建体 1–153； UniProt 73–230 作者链 Y； PDB构建体 1–153； UniProt 73–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6e5u
沉积日期 deposition_date	2018-07-23
结构标题 title	Crystal structure of the mRNA export receptor NXF1/NXT1 in complex with influenza virus NS1 protein
关键词 keywords	mRNA nuclear export, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6e5u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6e5u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6e5u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.98 Å
Rg（电子密度）	48.19 Å
总 Rg	48.37 Å
原子数	10217
残基数	1288
排除体积	182000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6e5u__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6e5u__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear RNA export factor 1
分子量 formula_weight	57482.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	20434

GAMGSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTRSAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NTF2-related export protein 1
分子量 formula_weight	15859.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MASVDFKTYVDQACRAAEEFVNVYYTTMDKRRRLLSRLYMGTATLVWNGNAVSGQESLSEFFEMLPSSEFQISVVDCQPVHDEATPSQTTVLVVICGSVKFEGNKQRDFNQNFILTAQASPSNTVWKIASDCFRFQDWAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Non-structural protein 1
分子量 formula_weight	8449.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,J

GAMGSMDSNTVSSFQVDCFLWHVRKQVADQELGDAPFLDRLRADQASLKGRGSTLGLNIETATCVGKQIVERILKEE

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Non-structural protein 1
分子量 formula_weight	17160.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V,X,Y

SDEAFKMPASRYLTDMTIEEMSRDWFMLMPKQKVAGPLCVRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLTLLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTNEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRSSNENGGPPLTPTQKRKMAGTIRSEV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	6e5uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	6e5uA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6e5uB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6e5uC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	6e5uC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6e5uD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6e5uE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	6e5uE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6e5uF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6e5uG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	6e5uG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6e5uH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6e5uK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — S15/NS1, RNA-binding

结构域编号 domain_id	6e5uM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — S15/NS1, RNA-binding

结构域编号 domain_id	6e5uU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Influenza virus non-structural protein, effector domain

结构域编号 domain_id	6e5uV00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Influenza virus non-structural protein, effector domain

结构域编号 domain_id	6e5uX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Influenza virus non-structural protein, effector domain

结构域编号 domain_id	6e5uY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Influenza virus non-structural protein, effector domain

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晶胞边长 a length_a	101.905 Å
晶胞边长 b length_b	101.905 Å
晶胞边长 c length_c	949.476 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	44.126 Å
R 因子 r_factor	0.2375
R_work r_work	0.2356
R_free r_free	0.2825

Crystal structure of the mRNA export receptor NXF1/NXT1 in complex with influenza virus NS1 protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear RNA export factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NTF2-related export protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Non-structural protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6e5u__assembly_1__model_1

6e5u__assembly_1__model_1 | I(q)

6e5u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the mRNA export receptor NXF1/NXT1 in complex with influenza virus NS1 protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear RNA export factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NTF2-related export protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Non-structural protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6e5u__assembly_1__model_1

6e5u__assembly_1__model_1 | I(q)

6e5u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)