Bromodomain-containing protein 2
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 348–455 | 未记录 | HWV N-ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；Protein Buffer: 10 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM NaCl, 0.5mM TCEP Reservoir: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 Cacodylate, pH 5.5 | 分辨率 2.44 Å R-free 0.238 |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 B； UniProt 348–455 | 未记录 | HWV N-ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；Protein Buffer: 10 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM NaCl, 0.5mM TCEP Reservoir: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 Cacodylate, pH 5.5 | 分辨率 2.44 Å R-free 0.238 |
| 3 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 C； UniProt 348–455 | 未记录 | HWV N-ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；Protein Buffer: 10 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM NaCl, 0.5mM TCEP Reservoir: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 Cacodylate, pH 5.5 | 分辨率 2.44 Å R-free 0.238 |
| 4 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 D； UniProt 348–455 | 未记录 | HWV N-ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；Protein Buffer: 10 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM NaCl, 0.5mM TCEP Reservoir: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 Cacodylate, pH 5.5 | 分辨率 2.44 Å R-free 0.238 |
| 5 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 E； UniProt 348–455 | 未记录 | HWV N-ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；Protein Buffer: 10 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM NaCl, 0.5mM TCEP Reservoir: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 Cacodylate, pH 5.5 | 分辨率 2.44 Å R-free 0.238 |
| 6 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 F； UniProt 348–455 | 未记录 | HWV N-ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；Protein Buffer: 10 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM NaCl, 0.5mM TCEP Reservoir: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 Cacodylate, pH 5.5 | 分辨率 2.44 Å R-free 0.238 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 6E6J | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1X0J Crystal structure analysis of the N-terminal bromodomain of human Brd2 提交 2005-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain
链 B
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEGMME 5K, AS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.213 |
| 1X0J Crystal structure analysis of the N-terminal bromodomain of human Brd2 提交 2005-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEGMME 5K, AS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.213 |
| 2DVQ Crystal structure analysis of the N-terminal bromodomain of human BRD2 complexed with acetylated histone H4 peptide 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
链 B
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, Co-crystallizaation；pH 6.5；298 K；PEGMME 5K, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, Co-crystallizaation, temperature 298K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.248 |
| 2DVQ Crystal structure analysis of the N-terminal bromodomain of human BRD2 complexed with acetylated histone H4 peptide 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, Co-crystallizaation；pH 6.5；298 K；PEGMME 5K, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, Co-crystallizaation, temperature 298K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.248 |
| 2DVR Crystal structure analysis of the N-terminal bromodomain of human BRD2 complexed with acetylated histone H4 peptide 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
链 B
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, CO-CRYSTALLIZAATION；pH 6.5；298 K；PEGMME 5K, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, CO-CRYSTALLIZAATION, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.243 |
| 2DVR Crystal structure analysis of the N-terminal bromodomain of human BRD2 complexed with acetylated histone H4 peptide 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, CO-CRYSTALLIZAATION；pH 6.5；298 K；PEGMME 5K, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, CO-CRYSTALLIZAATION, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.243 |
| 2DVS Crystal structure analysis of the N-terminal bromodomain of human BRD2 complexed with acetylated histone H4 peptide 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
链 B
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, CO-CRYSTALLIZAATION；pH 6.5；298 K；PEGMME 5K, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, CO-CRYSTALLIZAATION, temperature 298K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.231 |
| 2DVS Crystal structure analysis of the N-terminal bromodomain of human BRD2 complexed with acetylated histone H4 peptide 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
片段：N-terminal bromodomain, BD1
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, CO-CRYSTALLIZAATION；pH 6.5；298 K；PEGMME 5K, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, CO-CRYSTALLIZAATION, temperature 298K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.231 |
| 2DVV Crystal structure of the second bromodomain of the human Brd2 protein 提交 2006-08-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：Residues 348-455
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；298 K；PEG4000, AMMONIUM ACETATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.239 |
| 2E3K Crystal structure of the human Brd2 second bromodomain in complexed with the acetylated histone H4 peptide 提交 2006-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：The second bromodomain, BD2, residues 348-455
链 C
348–455（108 aa）
片段：The second bromodomain, BD2, residues 348-455
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4000, Ammonium Acetate,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.268 |
| 2E3K Crystal structure of the human Brd2 second bromodomain in complexed with the acetylated histone H4 peptide 提交 2006-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
348–455（108 aa）
片段：The second bromodomain, BD2, residues 348-455
链 D
348–455（108 aa）
片段：The second bromodomain, BD2, residues 348-455
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4000, Ammonium Acetate,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.268 |
| 2G4A Solution structure of a Bromodomain from RING3 protein 提交 2006-02-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：residues 1-116
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.8；298 K；压力 1
NMR样品组成
0.5-1.0mM 15N, 13C-labeled RING3 Bromodomain, 50mM phosphate buffer (pH 5.8), 50mM NaCl, 1mM DTT, 1mM EDTA | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5-1.0mM 15N, 13C-labeled RING3 Bromodomain, 50mM phosphate buffer (pH 5.8), 50mM NaCl, 1mM DTT, 1mM EDTA | 99.96% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2YDW Crystal Structure of the First Bromodomain of Human Brd2 with the inhibitor GW841819X 提交 2011-03-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
|
未记录 | WSH BENZYL [(4R)-1-METHYL-6-PHENYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1,4]BENZODIAZEPIN-4-YL]CARBAMATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；17.5% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS TRIS PH 5.5.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.250 |
| 2YDW Crystal Structure of the First Bromodomain of Human Brd2 with the inhibitor GW841819X 提交 2011-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
|
未记录 | WSH BENZYL [(4R)-1-METHYL-6-PHENYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1,4]BENZODIAZEPIN-4-YL]CARBAMATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；17.5% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS TRIS PH 5.5.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.250 |
| 2YEK Crystal Structure of the First Bromodomain of Human Brd2 with the inhibitor GSK525762 (IBET) 提交 2011-03-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
|
未记录 | EAM 2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-N-ethylacetamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；26% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES PH 7.0.
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.201 |
| 2YEK Crystal Structure of the First Bromodomain of Human Brd2 with the inhibitor GSK525762 (IBET) 提交 2011-03-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
|
未记录 | EAM 2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-N-ethylacetamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；26% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES PH 7.0.
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.201 |
| 3AQA Crystal structure of the human BRD2 BD1 bromodomain in complex with a BRD2-interactive compound, BIC1 提交 2010-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
73–194（122 aa）
片段：residues 73-194
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BYH 1-[2-(1H-benzimidazol-2-ylsulfanyl)ethyl]-3-methyl-1,3-dihydro-2H-benzimidazole-2-thione × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 3AQA Crystal structure of the human BRD2 BD1 bromodomain in complex with a BRD2-interactive compound, BIC1 提交 2010-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
73–194（122 aa）
片段：residues 73-194
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 3AQA Crystal structure of the human BRD2 BD1 bromodomain in complex with a BRD2-interactive compound, BIC1 提交 2010-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
73–194（122 aa）
片段：residues 73-194
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 3AQA Crystal structure of the human BRD2 BD1 bromodomain in complex with a BRD2-interactive compound, BIC1 提交 2010-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
片段：residues 73-194
链 B
73–194（122 aa）
片段：residues 73-194
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BYH 1-[2-(1H-benzimidazol-2-ylsulfanyl)ethyl]-3-methyl-1,3-dihydro-2H-benzimidazole-2-thione × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 3AQA Crystal structure of the human BRD2 BD1 bromodomain in complex with a BRD2-interactive compound, BIC1 提交 2010-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
片段：residues 73-194
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 4A9E N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3-methyl-1,2,3,4- tetrahydroquinazolin-2-one 提交 2011-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | 3PF 3-methyl-3,4-dihydroquinazolin-2(1H)-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1 M HEPES PH 7, 24-28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS.
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.196 |
| 4A9E N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3-methyl-1,2,3,4- tetrahydroquinazolin-2-one 提交 2011-11-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | 3PF 3-methyl-3,4-dihydroquinazolin-2(1H)-one × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1 M HEPES PH 7, 24-28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS.
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.196 |
| 4A9F N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-METHYLPYRROLIDIN-2-ONE 提交 2011-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | MB3 1-methylpyrrolidin-2-one × 2 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1M HEPES PH 7, 24-28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.214 |
| 4A9F N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-METHYLPYRROLIDIN-2-ONE 提交 2011-11-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | MB3 1-methylpyrrolidin-2-one × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1M HEPES PH 7, 24-28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.214 |
| 4A9H N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-(2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-1-yl)ethan-1-one 提交 2011-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 TVP (2S)-1-ACETYL-2-METHYL-1,2,3,4-TETRAHYDROQUINOLINE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；293 K；0.1M HEPES, PH 8.0 30% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4, 20C
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.205 |
| 4A9H N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-(2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-1-yl)ethan-1-one 提交 2011-11-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | TVP (2S)-1-ACETYL-2-METHYL-1,2,3,4-TETRAHYDROQUINOLINE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；293 K；0.1M HEPES, PH 8.0 30% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4, 20C
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.205 |
| 4A9I N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3-methyl-1,2,3,4- tetrahydroquinazolin-2-one 提交 2011-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | P9I 1-[1-(PYRIDIN-2-YL)INDOLIZIN-3-YL]ETHAN-1-ONE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1 M HEPES PH 7.0, 28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.252 |
| 4A9I N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3-methyl-1,2,3,4- tetrahydroquinazolin-2-one 提交 2011-11-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | P9I 1-[1-(PYRIDIN-2-YL)INDOLIZIN-3-YL]ETHAN-1-ONE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1 M HEPES PH 7.0, 28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.252 |
| 4A9J N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-(4-hydroxyphenyl) acetamide 提交 2011-11-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 TYL N-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE (TYLENOL) × 2 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1 M HEPES PH 7.0, 24-28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.218 |
| 4A9J N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-(4-hydroxyphenyl) acetamide 提交 2011-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 TYL N-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE (TYLENOL) × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1 M HEPES PH 7.0, 24-28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.218 |
| 4A9M N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-cyclopentyl-5-(3,5- dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-methylbenzene-1-sulfonamide 提交 2011-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | P9M N-cyclopentyl-5-(3,5-dimethylisoxazol-4-yl)-2-methylbenzenesulfonamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.1 M HEPES, PH 8.5, 24-34% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4.
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.225 |
| 4A9M N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-cyclopentyl-5-(3,5- dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-methylbenzene-1-sulfonamide 提交 2011-11-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | P9M N-cyclopentyl-5-(3,5-dimethylisoxazol-4-yl)-2-methylbenzenesulfonamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.1 M HEPES, PH 8.5, 24-34% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4.
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.225 |
| 4A9N N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-cyclopropyl-5-(3,5- dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-methylbenzene-1-sulfonamide 提交 2011-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 A9N N-CYCLOPROP-2-EN-1-YL-5-(3,5-DIMETHYL-1,2-OXAZOL-4-YL)-2-METHYL-BENZENESULFONAMIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1 M HEPES PH 7.0, 22-28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS.
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.195 |
| 4A9N N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-cyclopropyl-5-(3,5- dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-methylbenzene-1-sulfonamide 提交 2011-11-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1 M HEPES PH 7.0, 22-28% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 20 DEGREES CELSIUS.
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.195 |
| 4A9O N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5 ethyl-3-methyl-4-phenyl-1, 2-oxazole 提交 2011-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A9O 5-ETHYL-3-METHYL-4-PHENYL-1,2-OXAZOLE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；0.1 M HEPES PH 7.0, 22-26% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.198 |
| 4A9O N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5 ethyl-3-methyl-4-phenyl-1, 2-oxazole 提交 2011-11-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | A9O 5-ETHYL-3-METHYL-4-PHENYL-1,2-OXAZOLE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；0.1 M HEPES PH 7.0, 22-26% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.198 |
| 4AKN N-Terminal Bromodomain of Human BRD2 With tbutyl-phenyl-amino- dimethyl-oxazolyl-quinoline-carboxylic acid 提交 2012-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 S5B 4-[(2-tert-butylphenyl)amino]-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)quinoline-3-carboxylic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；20-26 % PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 100 MM HEPES PH 7.0. AT 20C
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.197 |
| 4AKN N-Terminal Bromodomain of Human BRD2 With tbutyl-phenyl-amino- dimethyl-oxazolyl-quinoline-carboxylic acid 提交 2012-02-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：RESIDUES 67-200
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；20-26 % PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 100 MM HEPES PH 7.0. AT 20C
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.197 |
| 4ALG N-Terminal Bromodomain of Human BRD2 With IBET-151 提交 2012-03-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 1GH 7-(3,5-DIMETHYL-1,2-OXAZOL-4-YL)-8-METHOXY-1-[(1R)-1-(PYRIDIN-2-YL)ETHYL]-1H,2H,3H-IMIDAZO[4,5-C]QUINOLIN-2-ONE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4.7；293 K；150MM NH4SO4, 25%MME, 100MM NAAC PH 4.7, 20C
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.202 |
| 4ALH N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3,5 dimethyl-4-phenyl-1,2- oxazole 提交 2012-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A9P 3,5 DIMETHYL-4-PHENYL-1,2-OXAZOLE × 2 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1M HEPES PH 7.0, 26% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4, 20C
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.203 |
| 4ALH N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3,5 dimethyl-4-phenyl-1,2- oxazole 提交 2012-03-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN (BD1), RESIDUES 67-200
|
未记录 | A9P 3,5 DIMETHYL-4-PHENYL-1,2-OXAZOLE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1M HEPES PH 7.0, 26% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4, 20C
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.203 |
| 4MR5 Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with a quinazolinone ligand (RVX-OH) 提交 2013-09-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：unp residues 344-455
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 1K0 2-[4-(2-hydroxyethoxy)-3,5-dimethylphenyl]-5,7-dimethoxyquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M Na(formate), 0.1M BTProp, 20.0% PEG 3350
10.0% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.170 |
| 4MR6 Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with a quinazolinone ligand (RVX-208) 提交 2013-09-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：unp residues 344-455
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 1K0 2-[4-(2-hydroxyethoxy)-3,5-dimethylphenyl]-5,7-dimethoxyquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% PEG3350, 0.2M KSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.193 |
| 4QEU Crystal structure of BRD2(BD2) mutant in free form 提交 2014-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：unp residues 344-455
|
突变：L383A | ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, 30% PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.189 |
| 4QEV Crystal structure of BRD2(BD2) mutant with ligand ME bound (METHYL (2R)- 2-[(4S)-6-(4-CHLOROPHENYL)-8-METHOXY-1-METHYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1, 4]BENZODIAZEPIN-4-YL]PROPANOATE) 提交 2014-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：unp residues 344-455
|
突变：L383A | 31O methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]propanoate × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 0.2M Imidazole, 41% PEG400, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 4QEV Crystal structure of BRD2(BD2) mutant with ligand ME bound (METHYL (2R)- 2-[(4S)-6-(4-CHLOROPHENYL)-8-METHOXY-1-METHYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1, 4]BENZODIAZEPIN-4-YL]PROPANOATE) 提交 2014-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：unp residues 344-455
|
突变：L383A | 31O methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]propanoate × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 0.2M Imidazole, 41% PEG400, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 4QEV Crystal structure of BRD2(BD2) mutant with ligand ME bound (METHYL (2R)- 2-[(4S)-6-(4-CHLOROPHENYL)-8-METHOXY-1-METHYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1, 4]BENZODIAZEPIN-4-YL]PROPANOATE) 提交 2014-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：unp residues 344-455
|
突变：L383A | 31O methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]propanoate × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 0.2M Imidazole, 41% PEG400, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 4QEW Crystal structure of BRD2(BD2) mutant with ligand ET bound (METHYL (2R)- 2-[(4S)-6-(4-CHLOROPHENYL)-8-METHOXY-1-METHYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1, 4]BENZODIAZEPIN-4-YL]BUTANOATE) 提交 2014-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：unp residues 344-455
|
突变：L383A | GOL GLYCEROL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 31P methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]butanoate × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 0.2M Imidazole, 41% PEG400, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.210 |
| 4QEW Crystal structure of BRD2(BD2) mutant with ligand ET bound (METHYL (2R)- 2-[(4S)-6-(4-CHLOROPHENYL)-8-METHOXY-1-METHYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1, 4]BENZODIAZEPIN-4-YL]BUTANOATE) 提交 2014-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：unp residues 344-455
|
突变：L383A | GOL GLYCEROL × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 31P methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]butanoate × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 0.2M Imidazole, 41% PEG400, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.210 |
| 4UYF N-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, UNP RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；293 K；0.1M BIS TRIS PH 5.5, 18% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4 20C
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.207 |
| 4UYF N-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, UNP RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；293 K；0.1M BIS TRIS PH 5.5, 18% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4 20C
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.207 |
| 4UYF N-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, UNP RESIDUES 67-200
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；293 K；0.1M BIS TRIS PH 5.5, 18% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4 20C
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.207 |
| 4UYG C-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
338–473（136 aa）
片段：C-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 338-473
|
未记录 | 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；83MM NAAC, PH 5.0 33.3% PEG3350, 0.167M (NH4)2SO4.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 4UYG C-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
338–473（136 aa）
片段：C-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 338-473
|
未记录 | 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；83MM NAAC, PH 5.0 33.3% PEG3350, 0.167M (NH4)2SO4.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 4UYG C-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
338–473（136 aa）
片段：C-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 338-473
|
未记录 | 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；83MM NAAC, PH 5.0 33.3% PEG3350, 0.167M (NH4)2SO4.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 4UYG C-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
338–473（136 aa）
片段：C-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 338-473
|
未记录 | 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；83MM NAAC, PH 5.0 33.3% PEG3350, 0.167M (NH4)2SO4.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 4UYG C-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
338–473（136 aa）
片段：C-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 338-473
|
未记录 | 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；83MM NAAC, PH 5.0 33.3% PEG3350, 0.167M (NH4)2SO4.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 4UYG C-Terminal bromodomain of Human BRD2 with I-BET726 (GSK1324726A) 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
338–473（136 aa）
片段：C-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 338-473
|
未记录 | 73B 4-[(2S,4R)-1-acetyl-4-[(4-chlorophenyl)amino]-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]benzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；83MM NAAC, PH 5.0 33.3% PEG3350, 0.167M (NH4)2SO4.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 4UYH N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-((2R,4S)-2-methyl-4-(phenylamino)-6-(4-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl)ethanone 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
|
未记录 | 9S3 1-[(2S,4R)-2-methyl-4-(phenylamino)-6-[4-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl]-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]ethanone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1M HEPES PH 7.0, 26% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4 20C
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.203 |
| 4UYH N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-((2R,4S)-2-methyl-4-(phenylamino)-6-(4-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl)ethanone 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
|
未记录 | 9S3 1-[(2S,4R)-2-methyl-4-(phenylamino)-6-[4-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl]-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]ethanone × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1M HEPES PH 7.0, 26% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4 20C
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.203 |
| 4UYH N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-((2R,4S)-2-methyl-4-(phenylamino)-6-(4-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl)ethanone 提交 2014-08-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；293 K；0.1M HEPES PH 7.0, 26% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4 20C
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.203 |
| 5BT5 Crystal structure of BRD2 second bromodomain in complex with SGC-CBP30 chemical probe 提交 2015-06-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：UNP residues 344-455
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 2LO 2-[2-(3-chloro-4-methoxyphenyl)ethyl]-5-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-[(2S)-2-(morpholin-4-yl)propyl]-1H-benzimidazole × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium/potassium tartrate, 20% PEG 3350, 10% ethylene glycol
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.182 |
| 5DFB Crystal structure of BRD2(BD2) mutant W370F in the free form 提交 2015-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：UNP Residues 344-455
|
突变：W370F | NI NICKEL (II) ION × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.1M Hepes pH 7, 0.2M Imidiazole, 41% PEG 400
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.169 |
| 5DFC Crystal structure of BRD2(BD2) W370F mutant with ligand I-BET 762 bound 提交 2015-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：residues 344-455
|
突变：W370F | GOL GLYCEROL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 EAM 2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-N-ethylacetamide × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.1M Hepes pH 7, 0.2M Imidiazole, 41% PEG 400
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.171 |
| 5DFD Crystal structure of BRD2(BD2) W370F mutant with ligand 28 bound 提交 2015-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
突变：W370F | 59E methyl [(4S)-6-(1H-indol-4-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.1M Hepes pH 7, 0.2M Imidiazole, 41% PEG 400
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.175 |
| 5DW1 X-ray crystal structure of human BRD2(BD2) in complex with RVX297 to 1.55 A resolution 提交 2015-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
345–455（111 aa）
片段：BD2 (UNP residues 345-455)
|
未记录 | 5GD 2-{3,5-dimethyl-4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}-5,7-dimethoxyquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.6 M sodium malonate
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.195 |
| 5DW1 X-ray crystal structure of human BRD2(BD2) in complex with RVX297 to 1.55 A resolution 提交 2015-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
345–455（111 aa）
片段：BD2 (UNP residues 345-455)
|
未记录 | 5GD 2-{3,5-dimethyl-4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}-5,7-dimethoxyquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.6 M sodium malonate
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.195 |
| 5DW1 X-ray crystal structure of human BRD2(BD2) in complex with RVX297 to 1.55 A resolution 提交 2015-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
345–455（111 aa）
片段：BD2 (UNP residues 345-455)
|
未记录 | 5GD 2-{3,5-dimethyl-4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}-5,7-dimethoxyquinazolin-4(3H)-one × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.6 M sodium malonate
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.195 |
| 5DW1 X-ray crystal structure of human BRD2(BD2) in complex with RVX297 to 1.55 A resolution 提交 2015-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
345–455（111 aa）
片段：BD2 (UNP residues 345-455)
|
未记录 | 5GD 2-{3,5-dimethyl-4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}-5,7-dimethoxyquinazolin-4(3H)-one × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.6 M sodium malonate
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.195 |
| 5EK9 Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with a tetrahydroquinoline inhibitor 提交 2015-11-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：UNP residues 344-455
|
未记录 | 5P4 propan-2-yl ~{N}-[(2~{S},4~{R})-1-ethanoyl-6-(furan-2-yl)-2-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-quinolin-4-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG6000, 0.1M citrate pH5
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.223 |
| 5EK9 Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with a tetrahydroquinoline inhibitor 提交 2015-11-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
344–455（112 aa）
片段：UNP residues 344-455
|
未记录 | 5P4 propan-2-yl ~{N}-[(2~{S},4~{R})-1-ethanoyl-6-(furan-2-yl)-2-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-quinolin-4-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG6000, 0.1M citrate pH5
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.223 |
| 5HEL Crystal structure of the N-terminus Y153H bromodomain mutant of human BRD2 提交 2016-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
71–194（124 aa）
片段：UNP residues 71-194
|
突变：Y153H | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG smear high, 0.1 M Mes pH 6.5
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.209 |
| 5HEM Crystal structure of the N-terminus D161Y bromodomain mutant of human BRD2 提交 2016-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
71–194（124 aa）
|
突变：D161Y | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG3350, 0.1M bis-tris propane pH 6.6, 10% ethylene glycol, 0.15M sodium acetate
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.199 |
| 5HEM Crystal structure of the N-terminus D161Y bromodomain mutant of human BRD2 提交 2016-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
71–194（124 aa）
|
突变：D161Y | ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG3350, 0.1M bis-tris propane pH 6.6, 10% ethylene glycol, 0.15M sodium acetate
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.199 |
| 5HEN Crystal structure of the N-terminus R100L bromodomain mutant of human BRD2 提交 2016-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
71–194（124 aa）
|
突变：R100L | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.3
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.223 |
| 5HEN Crystal structure of the N-terminus R100L bromodomain mutant of human BRD2 提交 2016-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
71–194（124 aa）
|
突变：R100L | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.3
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.223 |
| 5HEN Crystal structure of the N-terminus R100L bromodomain mutant of human BRD2 提交 2016-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
71–194（124 aa）
|
突变：R100L | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.3
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.223 |
| 5HFQ Crystal structure of the second bromodomain Q443H mutant of human BRD2 提交 2016-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：UNP residues 344-455
|
突变：Q443H | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2% (v/v) dioxane, 10% PEG 20000, 0.1M bicine pH 9
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.185 |
| 5IBN Ultra high resolution crystal structure of the apo- form of second bromodomain of BRD2. 提交 2016-02-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：UNP residues 348-455
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；300 K；30% PEG MME 2000, 20% glycerol, 50mM NaCl, 50mM Tris pH 7.5
|
分辨率 0.94 Å R-free 0.145 |
| 5IG6 Ultra-high resolution crystal structure of second bromodomain of BRD2 in complex with inhibitor 6B3 提交 2016-02-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–454（107 aa）
片段：UNP residues 348-454
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 6B3 2'-[(6-oxo-5,6-dihydrophenanthridin-3-yl)carbamoyl][1,1'-biphenyl]-2-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；300 K；30% PEG MME 2000, 50mM Tris-HCl pH 7.5, 50mM NaCl, 20% glycerol
|
分辨率 0.91 Å R-free 0.143 |
| 5N2L Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with a tetrahydroquinoline analogue 提交 2017-02-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 8J2 propan-2-yl ~{N}-[(2~{S},4~{R})-6-(3-acetamidophenyl)-1-ethanoyl-2-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-quinolin-4-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；25% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.233 |
| 5N2L Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with a tetrahydroquinoline analogue 提交 2017-02-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
344–455（112 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 8J2 propan-2-yl ~{N}-[(2~{S},4~{R})-6-(3-acetamidophenyl)-1-ethanoyl-2-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-quinolin-4-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；25% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.233 |
| 5N2L Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with a tetrahydroquinoline analogue 提交 2017-02-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
344–455（112 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 8J2 propan-2-yl ~{N}-[(2~{S},4~{R})-6-(3-acetamidophenyl)-1-ethanoyl-2-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-quinolin-4-yl]carbamate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；25% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.233 |
| 5N2L Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with a tetrahydroquinoline analogue 提交 2017-02-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
344–455（112 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；25% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.233 |
| 5O38 Human Brd2(BD2) mutant in free form 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9JB 3-[(2~{R})-2-oxidanylpropoxy]-2-[[(2~{R})-2-oxidanylpropoxy]methyl]-2-[[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]methyl]propan-1-ol × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DQW (2~{S})-1-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH8.0
50% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
0.2M Imidazole
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.141 |
| 5O39 Human Brd2(BD2) mutant in complex with ME 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 31O methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]propanoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DQW (2~{S})-1-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；0.2M Tris pH9
53% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.190 |
| 5O3A Human Brd2(BD2) mutant in complex with ET 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：UNP residues 344-455
|
突变：L383V | 31P methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]butanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.25；293 K；0.1M Tris pH 8.25
55% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
0.2M Imidazole
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.255 |
| 5O3B Human Brd2(BD2) mutant in complex with AL 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9HZ methyl (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]pent-4-enoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 7.5
60% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
0.2M Imidazole pH 8.0
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.244 |
| 5O3B Human Brd2(BD2) mutant in complex with AL 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9HZ methyl (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]pent-4-enoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 7.5
60% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
0.2M Imidazole pH 8.0
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.244 |
| 5O3B Human Brd2(BD2) mutant in complex with AL 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9HZ methyl (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]pent-4-enoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 7.5
60% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
0.2M Imidazole pH 8.0
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.244 |
| 5O3B Human Brd2(BD2) mutant in complex with AL 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9HZ methyl (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]pent-4-enoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 7.5
60% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
0.2M Imidazole pH 8.0
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.244 |
| 5O3C Human Brd2(BD2) mutant in complex with 9-Me 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9J2 methyl (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-9-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]propanoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DQW (2~{S})-1-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Tris pH 8.5
60% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.194 |
| 5O3D Human Brd2(BD2) mutant in complex with 9-ET 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
345–455（111 aa）
|
突变：L383V | 9J5 methyl (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-9-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]butanoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DQW (2~{S})-1-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.25；293 K；0.1M Tris pH8.25
55% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
0.2M Imidazole
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.170 |
| 5O3E Human Brd2(BD2) mutant in complex with Me-Am1 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：UNP residues 344-455
|
突变：L383V | 9HW (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-~{N}-ethyl-propanamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DQW (2~{S})-1-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 7.75
55% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
0.2M Imidazole pH 8
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.165 |
| 5O3F Human Brd2(BD2) mutant in complex with ET-Am1 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：UNP residues 344-455
|
突变：L383V | 9HT (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-~{N}-ethyl-butanamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DQW (2~{S})-1-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Tris pH 8.5
60% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.202 |
| 5O3G Human Brd2(BD2) mutant in complex with AL-Am1 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9J8 (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-~{N}-ethyl-pent-4-enamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.25；293 K；0.1M Tris pH 8.25
55% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.236 |
| 5O3G Human Brd2(BD2) mutant in complex with AL-Am1 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9J8 (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-~{N}-ethyl-pent-4-enamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.25；293 K；0.1M Tris pH 8.25
55% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.236 |
| 5O3H Human Brd2(BD2) mutant in complex with 9-ME-Am1 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9HQ (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-9-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-~{N}-ethyl-propanamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DQW (2~{S})-1-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 9.0
45% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.164 |
| 5O3I Human Brd2(BD2) mutant in complex with AL-tBu 提交 2017-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
突变：L383V | 9HN ~{tert}-butyl (2~{R})-2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]pent-4-enoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DQW (2~{S})-1-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 7.5
60% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.178 |
| 5U5S Solution structures of Brd2 second bromodomain in complex with stat3 peptide 提交 2016-12-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
344–455（112 aa）
片段：UNP residues 344-455
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）null；压力 1
NMR样品组成
10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5U6V X-ray crystal structure of 1,2,3-triazolobenzodiazepine in complex with BRD2(D2) 提交 2016-12-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
347–455（109 aa）
|
未记录 | 7WY 5-[7-(4-chlorophenyl)-1-methyl-6,7-dihydro-5H-[1,2,3]triazolo[1,5-d][1,4]benzodiazepin-9-yl]pyridin-2-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20w/v PEG 4000, 0.1M sodium HEPES pH7.5, 10 v/v2-propanol
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.193 |
| 5UEW BRD2 Bromodomain2 with A-1360579 提交 2017-01-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
347–454（108 aa）
片段：residues 347-454
|
未记录 | 87D N-[3-(4-methoxy-1-methyl-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)-4-phenoxyphenyl]methanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Protein buffer : 10 mM HEPES PH 7.5
100 mM NaCl 5 mM DTT
Crystallization :
15 % (v/v) Ethanol Tris PH 7.0
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.238 |
| 5UEW BRD2 Bromodomain2 with A-1360579 提交 2017-01-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
347–454（108 aa）
片段：residues 347-454
|
未记录 | 87D N-[3-(4-methoxy-1-methyl-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)-4-phenoxyphenyl]methanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Protein buffer : 10 mM HEPES PH 7.5
100 mM NaCl 5 mM DTT
Crystallization :
15 % (v/v) Ethanol Tris PH 7.0
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.238 |
| 5XHE Crystal structure analysis of the second bromodomain of BRD2 covalently linked to b-mercaptoethanol 提交 2017-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：Bromodomain (UNP RESIDUES 348-455)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22% PEG 2000, 5mM b-ME, 10% Glycerol, 50mM Tris-Cl
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.172 |
| 5XHK Crystal structure of the BRD2-BD2 in complex with phenanthridinone 提交 2017-04-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：UNP RESIDUES 348-455
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 2ME METHOXYETHANE × 1 LDR phenanthridin-6(5H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG MME 2000, 10% Glycerol, Tris-Cl
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.192 |
| 6CUI Solution structure of the Extraterminal (ET) Domain of BRD2 提交 2018-03-26 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
621–750（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 1
NMR样品组成
250 uM [U-13C; U-15N] BRD2-ET, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6DB0 N-Terminal bromodomain of Human BRD2 with a Tetrahydroquinoline analogue 提交 2018-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
20–153（134 aa）
链 B
20–153（134 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 G3J 1-[(2S,4R)-4-[(2-chlorophenyl)amino]-2-methyl-6-(1H-pyrazol-3-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]ethan-1-one × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；PEG 3350, ammonium sulfate, HEPES
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.188 |
| 6DB0 N-Terminal bromodomain of Human BRD2 with a Tetrahydroquinoline analogue 提交 2018-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
20–153（134 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；PEG 3350, ammonium sulfate, HEPES
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.188 |
| 6DBC Second bromodomain of Human BRD2 with a Tetrahydroquinoline analogue 提交 2018-05-03 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 G3J 1-[(2S,4R)-4-[(2-chlorophenyl)amino]-2-methyl-6-(1H-pyrazol-3-yl)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]ethan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；PEG 3350, Potassium thicyanate
|
分辨率 1.05 Å R-free 0.132 |
| 6DDI Crystal Structure of the human BRD2 BD1 bromodomain in complex with a Tetrahydroquinoline analogue 提交 2018-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
20–153（134 aa）
链 B
20–153（134 aa）
|
未记录 | G7V 4-{[(2S,4R)-1-acetyl-2-methyl-6-(1H-pyrazol-3-yl)-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-4-yl]amino}benzonitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 03S methanesulfonic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；PEG 3350, ammonium sulfate, HEPES
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.173 |
| 6DDI Crystal Structure of the human BRD2 BD1 bromodomain in complex with a Tetrahydroquinoline analogue 提交 2018-05-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
20–153（134 aa）
|
未记录 | G7V 4-{[(2S,4R)-1-acetyl-2-methyl-6-(1H-pyrazol-3-yl)-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-4-yl]amino}benzonitrile × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；PEG 3350, ammonium sulfate, HEPES
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.173 |
| 6DDJ Crystal Structure of the human BRD2 BD2 bromodimain in complex with a Tetrahydroquinoline analogue 提交 2018-05-10 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | G7V 4-{[(2S,4R)-1-acetyl-2-methyl-6-(1H-pyrazol-3-yl)-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-4-yl]amino}benzonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；HEHPES, PEG3000
|
分辨率 1.05 Å R-free 0.129 |
| 6FFE Human BRD2 C-terminal bromodomain with 2-((4-acetyl-3-cyclopropyl-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl)methyl)benzoic acid 提交 2018-01-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 D7Q 2-((4-acetyl-3-cyclopropyl-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl)methyl)benzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；279.5 K；0.1M MES, pH6.5 30% PEG300
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.230 |
| 6FFF Human BRD2 C-terminal bromodomain with (S)-5-(1-acetyl-2-cyclopropyl-4-(2-(hydroxymethyl)benzyl)-1,2,3,4-tetrahydroquinoxalin-6-yl)pyrimidine-2-carboxamide 提交 2018-01-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 D7H (S)-5-(1-acetyl-2-cyclopropyl-4-(2-(hydroxymethyl)benzyl)-1,2,3,4-tetrahydroquinoxalin-6-yl)pyrimidine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH6.5 30% PEG300
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.210 |
| 6FFG Human BRD2 C-terminal bromodomain with (S)-1-(2-cyclopropyl-4-(2-(hydroxymethyl)benzyl)-6-(1,2,3,6-tetrahydropyridin-4-yl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl)ethanone 提交 2018-01-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 D7B (S)-1-(2-cyclopropyl-4-(2-(hydroxymethyl)benzyl)-6-(1,2,3,6-tetrahydropyridin-4-yl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl)ethanone × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH6.5 30% PEG300
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.205 |
| 6I80 Crystal Structure of the second bromodomain of BRD2 in complex with RT53 提交 2018-11-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | H7B 2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-1-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；30% PEG1000
0.1M MMT pH 7.0
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.143 |
| 6I80 Crystal Structure of the second bromodomain of BRD2 in complex with RT53 提交 2018-11-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
348–455（108 aa）
|
未记录 | H7B 2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-1-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]ethanone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；30% PEG1000
0.1M MMT pH 7.0
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.143 |
| 6I81 Crystal Structure of the second bromodomain of BRD2 in complex with RT56 提交 2018-11-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 H7E [1-[4-[2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]ethanoylamino]phenyl]piperidin-4-yl]-trimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；30% PEG1000
0.1M MMT pH 7.0
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.196 |
| 6JKE Discovery and the crystal structure of NS5 in complex with the N-terminal bromodomain of BRD2. 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | BUX 7-chloranyl-2-[(3-chlorophenyl)amino]pyrano[3,4-e][1,3]oxazine-4,5-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.8M Ammonium sulphate, 100mM MES pH 6.5, 5mM DTT, PEG 10%, 5% Glycerol
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.226 |
| 6JKE Discovery and the crystal structure of NS5 in complex with the N-terminal bromodomain of BRD2. 提交 2019-02-28 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.8M Ammonium sulphate, 100mM MES pH 6.5, 5mM DTT, PEG 10%, 5% Glycerol
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.226 |
| 6K04 Crystal structure of BRD2(BD2)with ligand BY27 bound 提交 2019-05-05 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | CQF (6~{R})-~{N}-(4-chlorophenyl)-1-methyl-8-(1-methylpyrazol-4-yl)-5,6-dihydro-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1]benzazepin-6-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M ammonium sulfate, 25% PEG 4000
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.192 |
| 6K05 Crystal structure of BRD2(BD1)with ligand BY27 bound 提交 2019-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | CQF (6~{R})-~{N}-(4-chlorophenyl)-1-methyl-8-(1-methylpyrazol-4-yl)-5,6-dihydro-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1]benzazepin-6-amine × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25-30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.7
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.210 |
| 6K05 Crystal structure of BRD2(BD1)with ligand BY27 bound 提交 2019-05-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25-30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.7
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.210 |
| 6MO7 N-terminal bromodomain of human BRD2 with N-((4-(3-(N-cyclopentylsulfamoyl)-4-methylphenyl)-3-methylisoxazol-5-yl)methyl)acetamide inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
24–147（124 aa）
|
未记录 | JWA N-({4-[3-(cyclopentylsulfamoyl)-4-methylphenyl]-3-methyl-1,2-oxazol-5-yl}methyl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；33% PEG 3350
150mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.230 |
| 6MO7 N-terminal bromodomain of human BRD2 with N-((4-(3-(N-cyclopentylsulfamoyl)-4-methylphenyl)-3-methylisoxazol-5-yl)methyl)acetamide inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
24–147（124 aa）
|
未记录 | JWA N-({4-[3-(cyclopentylsulfamoyl)-4-methylphenyl]-3-methyl-1,2-oxazol-5-yl}methyl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；33% PEG 3350
150mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.230 |
| 6MO7 N-terminal bromodomain of human BRD2 with N-((4-(3-(N-cyclopentylsulfamoyl)-4-methylphenyl)-3-methylisoxazol-5-yl)methyl)acetamide inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
24–147（124 aa）
|
未记录 | JWA N-({4-[3-(cyclopentylsulfamoyl)-4-methylphenyl]-3-methyl-1,2-oxazol-5-yl}methyl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；33% PEG 3350
150mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.230 |
| 6MO8 N-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with 4,4'-(quinoline-5,7-diyl)bis(3,5-dimethylisoxazole) inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
24–147（124 aa）
|
未记录 | JWD 5,7-bis(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)quinoline × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；29% PEG 3350
225 mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.223 |
| 6MO8 N-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with 4,4'-(quinoline-5,7-diyl)bis(3,5-dimethylisoxazole) inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
24–147（124 aa）
|
未记录 | JWD 5,7-bis(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)quinoline × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；29% PEG 3350
225 mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.223 |
| 6MO8 N-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with 4,4'-(quinoline-5,7-diyl)bis(3,5-dimethylisoxazole) inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
24–147（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；29% PEG 3350
225 mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.223 |
| 6MO9 N-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with N-cyclopentyl-7-(3,5-dimethylisoxazol-4-yl)quinoline-5-sulfonamide inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
24–147（124 aa）
|
未记录 | JVY N-cyclopentyl-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)quinoline-5-sulfonamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 3350
175mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH8.2
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.233 |
| 6MO9 N-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with N-cyclopentyl-7-(3,5-dimethylisoxazol-4-yl)quinoline-5-sulfonamide inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
24–147（124 aa）
|
未记录 | JVY N-cyclopentyl-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)quinoline-5-sulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 3350
175mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH8.2
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.233 |
| 6MO9 N-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with N-cyclopentyl-7-(3,5-dimethylisoxazol-4-yl)quinoline-5-sulfonamide inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
24–147（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 3350
175mM ammonium sulfate
100mM HEPES pH8.2
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.233 |
| 6MOA C-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with 4-(2-cyclopropyl-7-(6-methylquinolin-5-yl)-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-3,5-dimethylisoxazole inhibitor 提交 2018-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
346–455（110 aa）
|
未记录 | JW4 4-(2-cyclopropyl-7-(6-methylquinolin-5-yl)-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-3,5-dimethylisoxazole × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12% PEG 1000
100mM NaTris-HCl pH 8.4
|
分辨率 1.27 Å R-free 0.179 |
| 6ONY BRD2_Bromodomain1 complex with inhibitor 744 提交 2019-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 HWV N-ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；0.665 M Ammonium Tartrate, 0.095 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.233 |
| 6SWO C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH iBET-BD1 (GSK778) 提交 2019-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | LWB 4-[2-(methoxymethyl)-1-[(1~{R})-1-phenylethyl]-8-[[(3~{S})-pyrrolidin-3-yl]methoxy]imidazo[4,5-c]quinolin-7-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.191 |
| 6SWP C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH iBET-BD2 (GSK046) 提交 2019-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 LW5 4-acetamido-3-fluoranyl-~{N}-(4-oxidanylcyclohexyl)-5-[(1~{S})-1-phenylethoxy]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.193 |
| 6TQ1 N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 提交 2019-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 AAA
67–200（134 aa）
链 BBB
67–200（134 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 NUH 5-(3-methoxyphenyl)-1-methyl-pyridin-2-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 24-28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.213 |
| 6TQ1 N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 提交 2019-12-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 CCC
67–200（134 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 NUH 5-(3-methoxyphenyl)-1-methyl-pyridin-2-one × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 24-28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.213 |
| 6TQ2 N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(4-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-5-yl)-1-methylpyridin-2(1H)-one 提交 2019-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 AAA
67–200（134 aa）
链 BBB
67–200（134 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 NUQ 5-[5-(4-fluorophenyl)-1~{H}-imidazol-4-yl]-1-methyl-pyridin-2-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 24-28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.269 |
| 6TQ2 N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(4-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-5-yl)-1-methylpyridin-2(1H)-one 提交 2019-12-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 CCC
67–200（134 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 NUQ 5-[5-(4-fluorophenyl)-1~{H}-imidazol-4-yl]-1-methyl-pyridin-2-one × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 24-28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.269 |
| 6U71 BRD2-BD2 in complex with the cyclic peptide 3.1_3 提交 2019-08-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
347–455（109 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MMT pH 9.0, 25 % w/v PEG 1500
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.199 |
| 6ULT BRD2-BD2 in complex with the cyclic peptide 4.2_3 提交 2019-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
347–454（108 aa）
链 C
347–454（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% w/v Polyethylene glycol 20,000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.335 |
| 6ULT BRD2-BD2 in complex with the cyclic peptide 4.2_3 提交 2019-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
347–454（108 aa）
链 D
347–454（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% w/v Polyethylene glycol 20,000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.335 |
| 6ULT BRD2-BD2 in complex with the cyclic peptide 4.2_3 提交 2019-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
347–454（108 aa）
链 G
347–454（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% w/v Polyethylene glycol 20,000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.335 |
| 6ULT BRD2-BD2 in complex with the cyclic peptide 4.2_3 提交 2019-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
347–454（108 aa）
链 H
347–454（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% w/v Polyethylene glycol 20,000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.335 |
| 6VIY BRD2_Bromodomain2 complex with pyrrolopyridone compound 27 提交 2020-01-14 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：Bromodomain 2
|
未记录 | QYY 4-[2-(2,6-dimethylphenoxy)-5-(ethylsulfonyl)phenyl]-N-ethyl-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；25% PEG1500, 0.2M AmSO4, 0.1M Na Cacodylate, pH 5.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.255 |
| 6VIY BRD2_Bromodomain2 complex with pyrrolopyridone compound 27 提交 2020-01-14 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
348–455（108 aa）
片段：Bromodomain 2
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；25% PEG1500, 0.2M AmSO4, 0.1M Na Cacodylate, pH 5.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.255 |
| 6WWB Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the compound 3b 提交 2020-05-08 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 YA3 2-((S)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl)-N-((1-(4-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)amino)acetamido)butyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；HEPES, PEG 400
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.146 |
| 6YTM Human Brd2(BD2) L383V mutant in complex with ET-JQ1-OMe 提交 2020-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
345–455（111 aa）
|
突变：L383V | PMW methyl (2R)-2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]butanoate × 1 PXN (2S)-1-[3-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}-2,2-bis({[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}methyl)propoxy]propan-2-ol × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.75；293 K；0.1 M Tris pH 8.75, 55% pentaerythiol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.204 |
| 6YTM Human Brd2(BD2) L383V mutant in complex with ET-JQ1-OMe 提交 2020-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
345–455（111 aa）
|
突变：L383V | PMW methyl (2R)-2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]butanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.75；293 K；0.1 M Tris pH 8.75, 55% pentaerythiol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.204 |
| 6Z7F C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-(2-(1H-imidazol-4-yl)ethyl)-4-acetamido-3-(benzyloxy)benzamide 提交 2020-05-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 QB5 N-(2-(1H-imidazol-4-yl)ethyl)-4-acetamido-3-(benzyloxy)benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；30% PEG300, 0.1M MES
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.180 |
| 6Z8P C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK973 提交 2020-06-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1 QC8 (2~{S},3~{S})-2-(fluoranylmethyl)-~{N}7-methyl-~{N}5-[(1~{R},5~{S})-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-3-phenyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-5,7-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.195 |
| 6ZB0 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-benzyl-N-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide 提交 2020-06-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 QCW ~{N}-methyl-2-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)pyridine-3-carboxamide × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.177 |
| 6ZB1 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK620 提交 2020-06-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 QCZ ~{N}5-cyclopropyl-~{N}3-methyl-2-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)pyridine-3,5-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.185 |
| 6ZB2 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK549 提交 2020-06-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 QD5 ~{N}5-cyclopropyl-1-(1~{H}-indol-4-ylmethyl)-~{N}3-methyl-2-oxidanylidene-pyridine-3,5-dicarboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.234 |
| 7DPN Crystal structure of BRD2(BD1)with ligand ZB-BD-224 bound 提交 2020-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | HFU 5-(1-naphthoyl)-11-methyl-8-((methylsulfonyl)methyl)-4,5-dihydro-2,3a1,5-triazadibenzo[cd,h]azulen-1(2H)-one × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；25-30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.7
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.219 |
| 7DPO Crystal Structure of BRD2(BD2)with Ligand ZB-BD-224 bound 提交 2020-12-21 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | HFU 5-(1-naphthoyl)-11-methyl-8-((methylsulfonyl)methyl)-4,5-dihydro-2,3a1,5-triazadibenzo[cd,h]azulen-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M ammonium sulfate, 25% PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.242 |
| 7ENV crystal structure of NS5 in complex with the N-terminal bromodomain of BRD2 (BRD2-BD1). 提交 2021-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | BUX 7-chloranyl-2-[(3-chlorophenyl)amino]pyrano[3,4-e][1,3]oxazine-4,5-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.5, 28% PEG MME2000, 5% glycerol
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.259 |
| 7ENV crystal structure of NS5 in complex with the N-terminal bromodomain of BRD2 (BRD2-BD1). 提交 2021-04-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.5, 28% PEG MME2000, 5% glycerol
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.259 |
| 7ENZ Crystal structure of Phenanthredinone moiety in complex with the second bromodomain of BRD2 (BRD2-BD2). 提交 2021-04-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：UNP RESIDUES 348-455
|
未记录 | LDR phenanthridin-6(5H)-one × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 25% PEG MME 2000
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 7EO5 Crystal structure of pyrano 1,3, oxazine derivative in complex with the second bromodomain of BRD2 提交 2021-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：UNP RESIDUES 348-455
|
未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 BUX 7-chloranyl-2-[(3-chlorophenyl)amino]pyrano[3,4-e][1,3]oxazine-4,5-dione × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 30% PEG MME 2000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.224 |
| 7JX7 BRD2-BD2 in complex with a diacetylated-H2A.Z peptide 提交 2020-08-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
347–455（109 aa）
片段：the second bromodomain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；24% w/v PEG 1500, 20% w/v glycerol
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.210 |
| 7L6D Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to bromosporine 提交 2020-12-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | BMF Bromosporine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.190 |
| 7L9G Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to BI2536 提交 2021-01-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 R78 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.36 Å R-free 0.172 |
| 7L9J Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to Ro3280 提交 2021-01-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | 79C 4-[(9-cyclopentyl-7,7-difluoro-5-methyl-6-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-yl)amino]-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.206 |
| 7L9J Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to Ro3280 提交 2021-01-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | 79C 4-[(9-cyclopentyl-7,7-difluoro-5-methyl-6-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-yl)amino]-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.206 |
| 7L9K Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to LRRK2-IN-1 提交 2021-01-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1 4K4 2-[(2-methoxy-4-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}phenyl)amino]-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES 7.5, 2.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 7L9K Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to LRRK2-IN-1 提交 2021-01-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
344–455（112 aa）
|
未记录 | 4K4 2-[(2-methoxy-4-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}phenyl)amino]-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES 7.5, 2.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 7NPY C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 6-benzyl-N2-methyl-N4-((1S,2S)-2-methylcyclopropyl)pyridine-2,4-dicarboxamide 提交 2021-02-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | UL5 ~{N}2-methyl-~{N}4-[(1~{S},2~{S})-2-methylcyclopropyl]-6-(phenylmethyl)pyridine-2,4-dicarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.173 |
| 7NPZ C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (R)-N5-cyclopropyl-N3-methyl-2-oxo-1-(1-phenylethyl)-1,2-dihydropyridine-3,5-dicarboxamide 提交 2021-02-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ULH ~{N}5-cyclopropyl-~{N}3-methyl-2-oxidanylidene-1-[(1~{R})-1-phenylethyl]pyridine-3,5-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.193 |
| 7NQ0 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH oxabicyclo(hexan-6-yl)-N2-methyl-6-((S)-1-phenylethyl)pyridine-2,4-dicarboxamide 提交 2021-02-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 ULN ~{N}2-methyl-~{N}4-[(1~{R},5~{S})-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-6-[(1~{S})-1-phenylethyl]pyridine-2,4-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.192 |
| 7NQ1 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 6-((S)-hydroxy(phenyl)methyl)-N2-methyl-N4-((1S,2S)-2-methylcyclopropyl)pyridine-2,4-dicarboxamide 提交 2021-02-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ULK ~{N}2-methyl-~{N}4-[(1~{S},2~{S})-2-methylcyclopropyl]-6-[(~{S})-oxidanyl(phenyl)methyl]pyridine-2,4-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；of 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.193 |
| 7NQ2 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-N4-cyclopropyl-N2-methyl-6-(1-phenylethyl)pyridine-2,4-dicarboxamide 提交 2021-02-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | ULE ~{N}4-cyclopropyl-~{N}2-methyl-6-[(1~{S})-1-phenylethyl]pyridine-2,4-dicarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.194 |
| 7NQ3 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N4-((1R,5S,6r)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl)-6-((S)-methoxy(phenyl)methyl)-N2-methylpyridine-2,4-dicarboxamide 提交 2021-02-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ULQ 6-[(~{S})-methoxy(phenyl)methyl]-~{N}2-methyl-~{N}4-[(1~{S},5~{R})-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]pyridine-2,4-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.194 |
| 7NQ5 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3-(2-(benzyloxy)phenyl)-5-methyl-1H-1,2,4-triazole 提交 2021-03-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 ULB 3-methyl-5-(2-phenylmethoxyphenyl)-4~{H}-1,2,4-triazole × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.188 |
| 7NQ7 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-N-ethyl-3-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-4-(1-phenylethoxy)benzamide 提交 2021-03-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 UL8 ~{N}-ethyl-3-(1-methyl-1,2,3-triazol-4-yl)-4-[(1~{S})-1-phenylethoxy]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.232 |
| 7NQ8 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-ethyl-3-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-4-(pyridin-2-ylmethoxy)benzamide 提交 2021-03-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 UM5 N-ethyl-3-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-4-(pyridin-2-ylmethoxy)benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.205 |
| 7NQ9 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 2-benzyl-N-cyclopropyl-6-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)isonicotinamide 提交 2021-03-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | UMB 6-benzyl-N4-((1r,3r)-3-hydroxycyclobutyl)-N2-methylpyridine-2,4-dicarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.178 |
| 7NQI C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 2-benzyl-N-cyclopropyl-6-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)isonicotinamide 提交 2021-03-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | UM8 2-benzyl-N-cyclopropyl-6-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)isonicotinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.205 |
| 7NQJ C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-ethyl-2-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-6-(1-phenylethyl)isonicotinamide 提交 2021-03-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | UME N-ethyl-2-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-6-(1-phenylethyl)isonicotinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.196 |
| 7OE4 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-methyl-4-propionyl-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2021-05-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 V9B N-methyl-4-propanoyl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.185 |
| 7OE5 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N5-hydroxycyclohexyl-N3-methyl-1-phenylethyl-1H-pyrazole-3,5-dicarboxamide 提交 2021-05-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | V9H 3N-methyl-5N-(4-oxidanylcyclohexyl)-1-[(1S)-1-phenylethyl]pyrazole-3,5-dicarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.188 |
| 7OE6 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N4-hydroxycyclohexyl-N2-methyl-5-phenylethyl-furan-2,4-dicarboxamide 提交 2021-05-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | V9K 2N-methyl-4N-(4-oxidanylcyclohexyl)-5-[(1S)-1-phenylethyl]furan-2,4-dicarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.189 |
| 7OE8 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N5-((1R,5S,6r)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl)-3-(1H-indol-4-yl)-N7-methyl-2,3-dihydrobenzofuran-5,7-dicarboxamide 提交 2021-05-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 V9Q (3S)-3-(1H-indol-4-yl)-N7-methyl-N5-[(1R,5S)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-2,3-dihydro-1-benzofuran-5,7-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.215 |
| 7OE9 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH rac-N5-((1R,5S)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl)-N7,3-dimethyl-3-phenyl-2,3-dihydrobenzofuran-5,7-dicarboxamide 提交 2021-05-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | V9N (3S)-N7,3-dimethyl-N5-[(1R,5S)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-3-phenyl-2H-1-benzofuran-5,7-dicarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.201 |
| 7OEP C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 提交 2021-05-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 NV2 5-[1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholin-4-yl-benzimidazol-2-yl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.237 |
| 7OER C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-(2,2-diphenylethyl)-1,5-dimethyl-N-(2-(methylamino)-2-oxoethyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide 提交 2021-05-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | VBH N-(2,2-diphenylethyl)-1,5-dimethyl-N-[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]-6-oxidanylidene-pyridine-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.179 |
| 7OES C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1,5-dimethyl-N-(2-(methylamino)-2-oxoethyl)-6-oxo-N-(2-phenylpropyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide 提交 2021-05-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 VBE 1,5-dimethyl-N-[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]-6-oxidanylidene-N-[(2S)-2-phenylpropyl]pyridine-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.183 |
| 7OET C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1,5-dimethyl-N-(2-(methylamino)-2-oxo-1-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)ethyl)-6-oxo-N-(2-phenyl-2-(pyridin-2-yl)ethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide 提交 2021-09-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | 80Z 1,5-dimethyl-~{N}-[(1~{R})-2-(methylamino)-1-(oxan-4-yl)-2-oxidanylidene-ethyl]-6-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-2-phenyl-2-pyridin-2-yl-ethyl]pyridine-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.196 |
| 7OGY C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-benzyl-N5-cyclopropyl-N3-methyl-1H-pyrazole-3,5-dicarboxamide 提交 2021-05-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 VE5 N5-cyclopropyl-N3-methyl-1-(phenylmethyl)pyrazole-3,5-dicarboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.192 |
| 7Q5O Bromodomain-containing 2 BD2 in complex with the inhibitor CRCM5484 提交 2021-11-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
346–454（109 aa）
|
未记录 | 8M6 2-[[11-ethanoyl-4-(furan-2-ylmethyl)-3-oxidanylidene-8-thia-4,6,11-triazatricyclo[7.4.0.0^{2,7}]trideca-1(9),2(7),5-trien-5-yl]sulfanyl]-~{N}-(2-methylpyridin-3-yl)ethanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.246 |
| 7USG BRD2-BD2 in complex with MDP5 提交 2022-04-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：BD2
|
未记录 | O6O (8M)-8-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-1-benzopyran-4-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298.15 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 16 % W/V PEG 3350
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.197 |
| 7USH BRD2-BD2 in complex with SF2523 提交 2022-04-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
片段：BD2
|
未记录 | 82V 3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-5-(morpholin-4-yl)-7H-thieno[3,2-b]pyran-7-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 16 % PEG 3350
|
分辨率 1.27 Å R-free 0.191 |
| 7USI BRD2-BD1 in complex with MDP5 提交 2022-04-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
73–183（111 aa）
片段：BD1
|
未记录 | O6O (8M)-8-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-1-benzopyran-4-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate pH 7.5 and 20 % w/v PEG 1000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 7USI BRD2-BD1 in complex with MDP5 提交 2022-04-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
73–183（111 aa）
片段：BD1
|
未记录 | O6O (8M)-8-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-1-benzopyran-4-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate pH 7.5 and 20 % w/v PEG 1000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 7USI BRD2-BD1 in complex with MDP5 提交 2022-04-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
73–183（111 aa）
片段：BD1
|
未记录 | O6O (8M)-8-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-1-benzopyran-4-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate pH 7.5 and 20 % w/v PEG 1000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 7USI BRD2-BD1 in complex with MDP5 提交 2022-04-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
73–183（111 aa）
片段：BD1
|
未记录 | O6O (8M)-8-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-1-benzopyran-4-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate pH 7.5 and 20 % w/v PEG 1000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 7USI BRD2-BD1 in complex with MDP5 提交 2022-04-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
73–183（111 aa）
片段：BD1
|
未记录 | O6O (8M)-8-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-1-benzopyran-4-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate pH 7.5 and 20 % w/v PEG 1000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 7USI BRD2-BD1 in complex with MDP5 提交 2022-04-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
73–183（111 aa）
片段：BD1
|
未记录 | O6O (8M)-8-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-1-benzopyran-4-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate pH 7.5 and 20 % w/v PEG 1000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 7UU0 Crystal structure of the BRD2-BD2 in complex with a ligand 提交 2022-04-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
297–408（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 QJ1 methyl (7S)-7-(thiophen-2-yl)-1,4-thiazepane-4-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M sodium acetate
20% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.170 |
| 7VRH crystal structure of BRD2-BD1 in complex with guanosine analog 提交 2021-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | AC2 9-HYROXYETHOXYMETHYLGUANINE × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.8M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 7VRH crystal structure of BRD2-BD1 in complex with guanosine analog 提交 2021-10-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.8M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 7VRI crystal structure of BRD2-BD2 in complex with guanosine analog 提交 2021-10-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
突变：K358S, K363S | AC2 9-HYROXYETHOXYMETHYLGUANINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 2000, 50mM Tris, 50mM Nacl
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.228 |
| 7VRK crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative 提交 2021-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | TEP THEOPHYLLINE × 3 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.1M MES
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.236 |
| 7VRK crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative 提交 2021-10-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | TEP THEOPHYLLINE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.1M MES
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.236 |
| 7VRM crystal structure of BRD2-BD2 in complex with purine derivative 提交 2021-10-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | TEP THEOPHYLLINE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 2000, 50mM Tris, 50mM NaCl
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.180 |
| 7VRO crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative 提交 2021-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | 37T THEOBROMINE × 3 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.1M MES
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.232 |
| 7VRO crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative 提交 2021-10-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | 37T THEOBROMINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.1M MES
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.232 |
| 7VRQ crystal structure of BRD2-BD2 in complex with purine derivative 提交 2021-10-23 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
突变：K427E | 37T THEOBROMINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 2000, 50mM Tris, 50mM NaCl
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.165 |
| 7VRZ crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative 提交 2021-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | 7UH Doxofylline × 3 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.1M MES
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.212 |
| 7VRZ crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative 提交 2021-10-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | 7UH Doxofylline × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.1M MES
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.212 |
| 7VS0 crystal structure of BRD2-BD2 in complex with purine derivative 提交 2021-10-25 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | 7UH Doxofylline × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 2000, 50mM Tris, 50mM NaCl
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.179 |
| 7VS1 crystal structure of BRD2-BD2 in complex with purine derivative 提交 2021-10-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
突变：K363S | 7UM 3-methyl-7-propyl-purine-2,6-dione × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 2000, 50mM Tris, 50mM NaCl
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.185 |
| 7VSF crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative 提交 2021-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
73–194（122 aa）
链 B
73–194（122 aa）
|
未记录 | 7UM 3-methyl-7-propyl-purine-2,6-dione × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.1M MES
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.255 |
| 7VSF crystal structure of BRD2-BD1 in complex with purine derivative 提交 2021-10-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
73–194（122 aa）
|
未记录 | 7UM 3-methyl-7-propyl-purine-2,6-dione × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG MME 5000, 0.1M MES
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.255 |
| 7WLN Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13153 提交 2022-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
224–335（112 aa）
链 B
224–335（112 aa）
链 C
224–335（112 aa）
链 D
224–335（112 aa）
|
未记录 | JFR 2-(2-cyclopentyl-1~{H}-imidazol-5-yl)-7-[2-(4-fluoranyl-2,6-dimethyl-phenoxy)-5-(2-oxidanylpropan-2-yl)phenyl]-5-methyl-furo[3,2-c]pyridin-4-one × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.232 |
| 7WMQ Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13157 提交 2022-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
224–335（112 aa）
链 B
224–335（112 aa）
链 C
224–335（112 aa）
链 D
224–335（112 aa）
|
未记录 | JFL 2-(2-cyclobutyl-1~{H}-imidazol-5-yl)-7-[2-(4-fluoranyl-2,6-dimethyl-phenoxy)-5-(2-oxidanylpropan-2-yl)phenyl]-5-methyl-furo[3,2-c]pyridin-4-one × 4 GOL GLYCEROL × 6 FMT FORMIC ACID × 15 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；3.5 M Sodium formate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.211 |
| 7WMU Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13146 提交 2022-01-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
224–335（112 aa）
|
未记录 | JGF ~{N}-[4-[2,4-bis(fluoranyl)phenoxy]-3-[2-(2-cyclobutyl-1~{H}-imidazol-5-yl)-5-methyl-4-oxidanylidene-furo[3,2-c]pyridin-7-yl]phenyl]ethanesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.185 |
| 7WN5 Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13142 提交 2022-01-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
224–335（112 aa）
链 B
224–335（112 aa）
|
未记录 | JGL ~{N}-[4-[2,4-bis(fluoranyl)phenoxy]-3-[2-(1~{H}-imidazol-5-yl)-5-methyl-4-oxidanylidene-furo[3,2-c]pyridin-7-yl]phenyl]ethanesulfonamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.269 |
| 7WNA Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13120 提交 2022-01-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
224–335（112 aa）
链 B
224–335（112 aa）
链 C
224–335（112 aa）
链 D
224–335（112 aa）
链 E
224–335（112 aa）
链 F
224–335（112 aa）
|
未记录 | JGR ~{N}-[4-(4-fluoranyl-2,6-dimethyl-phenoxy)-3-[2-[4-(2-hydroxyethyloxy)-3,5-dimethyl-phenyl]-5-methyl-4-oxidanylidene-furo[3,2-c]pyridin-7-yl]phenyl]ethanesulfonamide × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.268 |
| 7WNI Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13158 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
224–335（112 aa）
链 B
224–335（112 aa）
|
未记录 | JGU 7-[2-[2,4-bis(fluoranyl)phenoxy]-5-(2-oxidanylpropan-2-yl)phenyl]-2-[4-(2-hydroxyethyloxy)-3,5-dimethyl-phenyl]-5-methyl-furo[3,2-c]pyridin-4-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Sodium malonate pH 4.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.258 |
| 8B5G C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-3-methyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one 提交 2022-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 P4M 7,8-dimethoxy-3-methyl-1~{H}-3-benzazepin-2-one × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.183 |
| 8B5H C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (R)-7-((R)-1,2-dihydroxyethyl)-1,3-dimethyl-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one 提交 2022-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 P4X (1~{R})-7-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-1,3-dimethyl-5-(1-methylpyrazol-4-yl)-1~{H}-3-benzazepin-2-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.179 |
| 8B5I C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-1,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one 提交 2022-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 P0U (1~{R})-7,8-dimethoxy-1,3-dimethyl-1~{H}-3-benzazepin-2-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.179 |
| 8B5J C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 7,8-dimethoxy-1,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one 提交 2022-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 P3R (5~{R})-7,8-dimethoxy-3,5-dimethyl-2,5-dihydro-1~{H}-3-benzazepin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.171 |
| 8CV7 Peptide 2.2E in complex with BRD2-BD2 提交 2022-05-18 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
300–408（109 aa）
片段：BD2 (UNP residues 300-408)
|
未记录 | ACE ACETYL GROUP × 1 NH2 AMINO GROUP × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.198 |
| 8CV7 Peptide 2.2E in complex with BRD2-BD2 提交 2022-05-18 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
300–408（109 aa）
片段：BD2 (UNP residues 300-408)
|
未记录 | ACE ACETYL GROUP × 1 NH2 AMINO GROUP × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.198 |
| 8PX2 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1,3-dimethyl-5-(1-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)pyridin-2(1H)-one 提交 2023-07-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | NUB 1,3-dimethyl-5-[1-(oxan-4-ylmethyl)benzimidazol-2-yl]pyridin-2-one × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.177 |
| 8PX8 C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-5-(1-((1-acetylpiperidin-3-yl)methyl)-5-bromo-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 提交 2023-07-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 I0U 5-[5-bromanyl-1-[[(3~{S})-1-ethanoylpiperidin-3-yl]methyl]benzimidazol-2-yl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.171 |
| 8UGU Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 4IND 提交 2023-10-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 59E methyl [(4S)-6-(1H-indol-4-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, and 20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.195 |
| 8UGU Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 4IND 提交 2023-10-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
348–455（108 aa）
|
未记录 | 59E methyl [(4S)-6-(1H-indol-4-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, and 20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.195 |
| 8UGU Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 4IND 提交 2023-10-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
348–455（108 aa）
|
未记录 | PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 2 59E methyl [(4S)-6-(1H-indol-4-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, and 20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.195 |
| 8UGU Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 4IND 提交 2023-10-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
348–455（108 aa）
|
未记录 | PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 59E methyl [(4S)-6-(1H-indol-4-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, and 20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.195 |
| 8UGV Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 6IND 提交 2023-10-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | WNX methyl [(4S,6P,10aM)-6-(1H-indol-6-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M TRIS-HCl pH 8.5 and 28% (v/v) PEG 550 MME
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.206 |
| 8UGV Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 6IND 提交 2023-10-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
348–455（108 aa）
|
未记录 | WNX methyl [(4S,6P,10aM)-6-(1H-indol-6-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M TRIS-HCl pH 8.5 and 28% (v/v) PEG 550 MME
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.206 |
| 8WYG Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor 22 提交 2023-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
344–455（112 aa）
链 B
344–455（112 aa）
链 C
344–455（112 aa）
链 D
344–455（112 aa）
|
未记录 | XHN 2-[[5-[2-(4-fluoranyl-2,6-dimethyl-phenoxy)-5-(2-oxidanylpropan-2-yl)phenyl]-1-methyl-2-oxidanylidene-pyridin-4-yl]amino]-~{N}-(4-oxidanylcyclohexyl)ethanamide × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；60% v/v Tacsimate pH 7.0
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.257 |
| 8Z69 Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 BD2 in complex with the inhibitor Y13195 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
224–335（112 aa）
链 B
224–335（112 aa）
链 C
224–335（112 aa）
链 D
224–335（112 aa）
|
未记录 | A1L0Y 7-(2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl)-5-methyl-2-(2-phenyl-1H-imidazol-5-yl)furo[3,2-c]pyridin-4(5H)-one × 4 FMT FORMIC ACID × 10 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 NA SODIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；3.5 M Sodium formate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.199 |
| 9D5O Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 3IND 提交 2024-08-14 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | A1A12 methyl [(4S,6M,10aM)-6-(1H-indol-3-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, and 18% (w/v) PEG3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.260 |
| 9D5O Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 3IND 提交 2024-08-14 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
348–455（108 aa）
|
未记录 | A1A12 methyl [(4S,6M,10aM)-6-(1H-indol-3-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, and 18% (w/v) PEG3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.260 |
| 9D5O Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 3IND 提交 2024-08-14 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
348–455（108 aa）
|
未记录 | A1A12 methyl [(4S,6M,10aM)-6-(1H-indol-3-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, and 18% (w/v) PEG3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.260 |
| 9D5O Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 3IND 提交 2024-08-14 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
348–455（108 aa）
|
未记录 | A1A12 methyl [(4S,6M,10aM)-6-(1H-indol-3-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, and 18% (w/v) PEG3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.260 |
| 9FBX C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(1-benzyl-4-chloro-1H-imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 提交 2024-05-14 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
344–455（112 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 A1IBV 5-(1-benzyl-4-chloro-1H-imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；30% PEG 300 0.1M MES buffer pH6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.175 |
| 9L61 Crystal Structure of BRD2 BD2 domain in complex with small molecule inhibitor Mivebresib ABBV-075 提交 2024-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
347–455（109 aa）
片段：BD2 domain
链 B
347–455（109 aa）
片段：BD2 domain
|
未记录 | 8NG N-[4-(2,4-difluorophenoxy)-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)phenyl]ethanesulfonamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis tris (5.5), 25% PEG 3350, 0.2M Sod chloride
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.304 |
| 9L6M Crystal Structure of BRD2 BD1 domain in complex with small molecule inhibitor Isoxazole azepine compound. 提交 2024-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
67–200（134 aa）
片段：BD1 domain
链 B
67–200（134 aa）
片段：BD1 domain
|
未记录 | 1XB 2-[(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-[1,2]oxazolo[5,4-c]thieno[2,3-e]azepin-6-yl]acetamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298.15 K；0.1M HEPES (7.5), 26% PEG 3350, 0.2M Amm sulphate
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.248 |
| 9L6M Crystal Structure of BRD2 BD1 domain in complex with small molecule inhibitor Isoxazole azepine compound. 提交 2024-12-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
67–200（134 aa）
片段：BD1 domain
|
未记录 | 1XB 2-[(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-[1,2]oxazolo[5,4-c]thieno[2,3-e]azepin-6-yl]acetamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298.15 K；0.1M HEPES (7.5), 26% PEG 3350, 0.2M Amm sulphate
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.248 |
| 9MPG BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1A 提交 2024-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
65–194（130 aa）
链 D
65–194（130 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.218 |
| 9MPG BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1A 提交 2024-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
65–194（130 aa）
链 C
65–194（130 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.218 |
| 9MPJ BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C 提交 2024-12-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
65–194（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.002 M Zinc chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.243 |
| 9MPJ BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C 提交 2024-12-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
65–194（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.002 M Zinc chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.243 |
| 9MPJ BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C 提交 2024-12-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
65–194（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.002 M Zinc chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.243 |
| 9MPJ BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C 提交 2024-12-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
65–194（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.002 M Zinc chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.243 |
| 9MPL BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-W11A 提交 2024-12-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
65–194（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.268 |
| 9MPL BRD2-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-W11A 提交 2024-12-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
65–194（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.268 |
| 9NN3 BET BRD2-BD1 in complex with peptide 6.2 提交 2025-03-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
75–185（111 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M tri-Sodium citrate pH 5.5 PEG 3000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.182 |
| 9NN3 BET BRD2-BD1 in complex with peptide 6.2 提交 2025-03-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
75–185（111 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M tri-Sodium citrate pH 5.5 PEG 3000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.182 |
| 9QRK Structure of BromoCatch: Brd2BD2 L383A,D434C in complex with MR116. 提交 2025-04-03 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
348–455（108 aa）
|
未记录 | A1I9R methyl (2R)-2-[4,5,13-trimethyl-7-[4-(propanoylamino)phenyl]-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]butanoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；Morpheus: PEG 500 MME 40% (v/v), PEG 20,000 20 % (w/v), 0.12 M ethylene glycols, 0.1 M Tris-BICINE pH 8.5
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.163 |
| 9X7C Crystal Structure of BRD2 BD1 domain in complex with small molecule inhibitor Mivebresib ABBV-075 提交 2025-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
76–183（108 aa）
链 B
76–183（108 aa）
|
未记录 | 8NG N-[4-(2,4-difluorophenoxy)-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)phenyl]ethanesulfonamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1M Hepes (7.5),
26% PEG 3350,
0.2M Amm sulphate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.284 |
| 9X7C Crystal Structure of BRD2 BD1 domain in complex with small molecule inhibitor Mivebresib ABBV-075 提交 2025-10-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
76–183（108 aa）
|
未记录 | 8NG N-[4-(2,4-difluorophenoxy)-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)phenyl]ethanesulfonamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1M Hepes (7.5),
26% PEG 3350,
0.2M Amm sulphate
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分辨率 2.30 Å R-free 0.284 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | BRD2_HUMAN |
| Isoform | P25440-2 |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 5–112； UniProt 348–455 作者链 B； PDB构建体 5–112； UniProt 348–455 作者链 C； PDB构建体 5–112； UniProt 348–455 作者链 D； PDB构建体 5–112； UniProt 348–455 作者链 E； PDB构建体 5–112； UniProt 348–455 作者链 F； PDB构建体 5–112； UniProt 348–455 |
