6e7s

Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-5

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–407	片段：Extracellular residues 23-407 突变：N61Q, N371Q	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q00960） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HZ4 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.72 Å R-free 0.234
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–407	片段：Extracellular residues 23-407 突变：N61Q, N371Q	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q00960） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 HZ4 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.72 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6E7S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6E7R Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-4 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYS N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.10 Å R-free 0.218
6E7R Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-4 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYS N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.10 Å R-free 0.218
6E7T Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-6 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYY N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.31 Å R-free 0.225
6E7T Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-6 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HYY N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.31 Å R-free 0.225
6E7U Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-31 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HX7 N-{4-[(2S)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.27 Å R-free 0.237
6E7U Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-31 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HX7 N-{4-[(2S)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.27 Å R-free 0.237
6E7V Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-88 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 T88 N-{4-[(2R)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
6E7V Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-88 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 T88 N-{4-[(2R)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
6E7W Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HXM N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propan-2-yl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.67 Å R-free 0.232
6E7W Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HXM N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propan-2-yl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.67 Å R-free 0.232
6E7X Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 T97 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](2-methylpropyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.58 Å R-free 0.216
6E7X Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–407（385 aa）片段：Extracellular residues 23-407	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 T97 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](2-methylpropyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.58 Å R-free 0.216
7TE6 Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–405（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide	分辨率 4.55 Å R-free 0.324
7TE6 Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 23–405（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide	分辨率 4.55 Å R-free 0.324
8G18 Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-108 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–185（163 aa）链 A 190–386（197 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 YGW N-(4-{3-[4-(3,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxopropoxy}phenyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；sodium formate, HEPES, sodium chloride, Tris	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
8G18 Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-108 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–185（163 aa）链 C 190–386（197 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 YGW N-(4-{3-[4-(3,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxopropoxy}phenyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；sodium formate, HEPES, sodium chloride, Tris	分辨率 2.85 Å R-free 0.246

共 8 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDZ1_XENLA
Isoform	A0A1L8F5J9-8
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–385； UniProt 23–407 作者链 C； PDB构建体 1–385； UniProt 23–407

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

Rattus norvegicus

UniProt Q00960

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 32–394	片段：Extracellular residues 32-394 突变：N348D	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 1 （A0A1L8F5J9） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HZ4 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.72 Å R-free 0.234
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 32–394	片段：Extracellular residues 32-394 突变：N348D	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 1 （A0A1L8F5J9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 HZ4 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.72 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6E7S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JPW Crystal structure of amino terminal domain of the NMDA receptor subunit NR2B 提交 2009-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–394（363 aa）片段：Amino terminal domain	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 17 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；303 K；3.3M NaCl, 2% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K	分辨率 2.80 Å R-free 0.231
3JPW Crystal structure of amino terminal domain of the NMDA receptor subunit NR2B 提交 2009-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–394（363 aa）片段：Amino terminal domain	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CL CHLORIDE ION × 34 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；303 K；3.3M NaCl, 2% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K	分辨率 2.80 Å R-free 0.231
3JPY Crystal structure of the zinc-bound amino terminal domain of the NMDA receptor subunit NR2B 提交 2009-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–394（363 aa）片段：Amino terminal domain	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；303 K；3.3M NaCl, 2% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M acetate, 0.1mM ZnCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K	分辨率 3.21 Å R-free 0.233
3JPY Crystal structure of the zinc-bound amino terminal domain of the NMDA receptor subunit NR2B 提交 2009-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–394（363 aa）片段：Amino terminal domain	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；303 K；3.3M NaCl, 2% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M acetate, 0.1mM ZnCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K	分辨率 3.21 Å R-free 0.233
3QEL Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with ifenprodil 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394 链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394	突变：N348D 突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3QEL Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with ifenprodil 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394 链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394	突变：N348D 突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3QEM Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981 提交 2011-01-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 QEM 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
3QEM Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981 提交 2011-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 QEM 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
4PE5 Crystal Structure of GluN1a/GluN2B NMDA Receptor Ion Channel 提交 2014-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP residues 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP residues 27-852	突变：S214C, N348D, D557C, C588S, I815C, C838S, C849S, del(C395), del(P396), del(E397), del(E399), del(E400), del(E402) 突变：S214C, N348D, D557C, C588S, I815C, C838S, C849S, del(C395), del(P396), del(E397), del(E399), del(E400), del(E402)	W TUNGSTEN ION × 84 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；PEG 4000, Tris-HCl, NaCl, Magnesium acetate, metatungstate	分辨率 3.96 Å R-free 0.295
5B3J Activation of NMDA receptors and the mechanism of inhibition by ifenprodil 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 31–394（364 aa）片段：UNP residues 31-394	突变：N348D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M sodium acetate, 27% PEG3350, 2.2M sodium formate, 0.05 M calcium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.302
5B3J Activation of NMDA receptors and the mechanism of inhibition by ifenprodil 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：UNP residues 31-394	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M sodium acetate, 27% PEG3350, 2.2M sodium formate, 0.05 M calcium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.302
5FXG GLUN1B-GLUN2B NMDA RECEPTOR IN ACTIVE CONFORMATION 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 6.80 Å
5FXH GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active-1 conformation 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 5.00 Å
5FXI GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure in non-active-2 conformation 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 6.40 Å
5FXJ GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure-Class X 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：ATD, LBD, TMD, UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：ATD, LBD, TMD, UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 6.25 Å
5FXK GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure-Class Y 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 6.40 Å
5TPZ Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in apo closed state 提交 2016-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–393（362 aa）片段：residues 32-393	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；20% PEG 3350, 1.4M Sodium formate, 0.3M Sodium thyocyanate, 0.1M sodium acetate pH 5.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.300
6CNA GluN1-GluN2B NMDA receptors with exon 5 提交 2018-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–843（810 aa）片段：residues 34-843 链 D 34–843（810 aa）片段：residues 34-843	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6E7R Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-4 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYS N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.10 Å R-free 0.218
6E7R Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-4 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYS N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.10 Å R-free 0.218
6E7T Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-6 提交 2018-07-27	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–393（362 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYY N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.31 Å R-free 0.225
6E7T Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-6 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–393（362 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HYY N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.31 Å R-free 0.225
6E7U Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-31 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HX7 N-{4-[(2S)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.27 Å R-free 0.237
6E7U Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-31 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HX7 N-{4-[(2S)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.27 Å R-free 0.237
6E7V Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-88 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 T88 N-{4-[(2R)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
6E7V Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-88 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 T88 N-{4-[(2R)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
6E7W Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HXM N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propan-2-yl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.67 Å R-free 0.232
6E7W Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HXM N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propan-2-yl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.67 Å R-free 0.232
6E7X Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 提交 2018-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 T97 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](2-methylpropyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.58 Å R-free 0.216
6E7X Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 提交 2018-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 T97 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](2-methylpropyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.58 Å R-free 0.216
6WHR GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active 2 conformation at 4 angstrom resolution 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
6WHS GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active 1 conformation at 3.95 angstrom resolution 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6WHT GluN1b-GluN2B NMDA receptor in active conformation at 4.4 angstrom resolution 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.39 Å
6WHU GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with SDZ 220-040 and L689,560, class 1 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
6WHV GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with SDZ 220-040 and L689,560, class 2 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 2 QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
6WI0 GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with GluN1 antagonist L689,560, class 2 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
7SAA Glycine and glutamate bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors in non-active 1 conformation at 2.97 Angstrom resolution 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
7SAB Phencyclidine-bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 1PC 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7SAC S-(+)-ketamine bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors at 3.69 Angstrom resolution 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
7SAD Memantine-bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 377 Memantine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
7TE6 Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 31–394（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide	分辨率 4.55 Å R-free 0.324
7TE6 Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 31–394（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide	分辨率 4.55 Å R-free 0.324
7TE9 Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 class1 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 31–852（822 aa）链 D 31–852（822 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
7TEB Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 non-active1-like 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
7TEE Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 Non-active2-like 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.59 Å
7TEQ Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 active conformation 提交 2022-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.51 Å
7TER Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 non-active2 conformation 提交 2022-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.23 Å
7TES Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 in Non-active1 conformation 提交 2022-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
7TET Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 in non-active2-like conformation 提交 2022-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.45 Å
8G18 Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-108 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 YGW N-(4-{3-[4-(3,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxopropoxy}phenyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；sodium formate, HEPES, sodium chloride, Tris	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
8G18 Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-108 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 YGW N-(4-{3-[4-(3,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxopropoxy}phenyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；sodium formate, HEPES, sodium chloride, Tris	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
8VUY Rat GluN1-2B with Fab 003-102 提交 2024-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 34–845（812 aa）链 D 34–845（812 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.81 Å
8VVH rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–387（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
8XLK Structure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus 提交 2023-12-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–1482（1482 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9ARE Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine, glutamate, and EU-1622-A, in open-channel conformation 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
9ARF Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine, glutamate, and EU-1622-A, in nonactive1 conformation 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
9ARG Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in apo conformation 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
9ARH Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
9ARI Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glutamate 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9JNN Structure of native di-heteromeric GluN1-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 35–845（811 aa）链 D 35–845（811 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.40 Å
9OBS glutamate/glycine-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9OBT TMD of glutamate/glycine-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9OBU glycine/glutamate and Mg2+-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
9OBV Mg2+-bound GluN1a/2B NMDAR (upper) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9OBW Mg2+ bound GluN1a/2B NMDAR (lower) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9OBX glutamate/glycine and Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å
9OBY Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S1) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9OBZ Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S2) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9OC0 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S3) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
9OC1 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S4) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
9OC2 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S5) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9OOU Glycine/Glutamate/EU 1622-240 rGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 A1AFT (5M)-5-(3-bromo-4-fluorophenyl)-6-ethynyl-3-[2-(3-fluoro-3-methylazetidin-1-yl)-2-oxoethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one × 4 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

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UniProt名称	NMDE2_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–363； UniProt 32–394 作者链 D； PDB构建体 1–363； UniProt 32–394

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6e7s
沉积日期 deposition_date	2018-07-27
结构标题 title	Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-5
关键词 keywords	NMDA Receptor, Ion channel, Allosteric modulation, Extracellular domain, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.15 Å
零角强度 I(0) i0	365193000.00
分子量 molecular_weight	159400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	200330 Å³
包络体积 envelope_volume	264650 Å³
水化壳体积 shell_volume	54189 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.7 Å
壳层 Rg shell_rg	46.10 Å
包络 Rg envelope_rg	40.37 Å
形状 Rg shape_rg	41.17 Å
总 Rg total_rg	41.31 Å
总原子数 total_atoms	11214
残基数 n_residues	1441
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.2 Å
Rg (实空间) rg_real	41.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	365200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8263
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.684
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	43162.3 kDa
突变 mutation	N61Q, N371Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	11392

DPKIVNIGAVLSTKKHEQIFREAVNQANKRHFTRKIQLQATSVTHRPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPAPTDHLTPTPISYTAGFYRIPVIGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQALVWFEMMRLFNWNHVILIVSDDHEGRAAQKKLETLLEGKESKSKKRNYENLDQLSYDNKRGPKADKVLQFEPGTKNLTALLLEAKELEARVIILSASEDDATAVYKSAAMLDMTGAGYVWLVGEREISGSALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVAVVAQAIHELFEMENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYPDGVTGRIEFNEDGDRKFAQYSIMNLQNRKLVQVGIFNGSYIIQNDRKIIWPGGET

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
分子量 formula_weight	41280.8 kDa
突变 mutation	N348D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

PPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRDLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRM

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide
分子量 formula_weight	461.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	178

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6e7sA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	6e7sA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	6e7sB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	6e7sB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	6e7sC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	6e7sC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	6e7sD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	6e7sD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	268.430 Å
晶胞边长 b length_b	60.633 Å
晶胞边长 c length_c	145.391 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.720 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1909
R_work r_work	0.1887
R_free r_free	0.2343

fit	/app/data/saxs_computation/e7/6e7s/6e7s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e7/6e7s/6e7s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e7/6e7s/6e7s.dat

Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)