6e8e

Crystal structure of the Escherichia coli sliding clamp-MutL complex.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.3 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL

Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 466–569 链 B； UniProt 466–569	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 2 M ammonium sulfate.	分辨率 2.25 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MUTL_ECO24
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 414–517； UniProt 466–569 作者链 B； PDB构建体 414–517； UniProt 466–569

Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL

Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC)

UniProt P0A988

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–366 链 B； UniProt 1–366	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 2 M ammonium sulfate.	分辨率 2.25 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6E8E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）	突变：I272A, L273A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.90 Å R-free 0.308
1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–366（366 aa）	突变：I272A, L273A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.90 Å R-free 0.308
1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	突变：I272A, L273A 突变：I272A, L273A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.90 Å R-free 0.308
1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–366（366 aa）	突变：I272A, L273A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.90 Å R-free 0.308
1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–366（366 aa）	突变：I272A, L273A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.90 Å R-free 0.308
1JQL Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of beta-delta (1-140) 提交 2001-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）	突变：I272A, L273A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；TRIS-HCL, polyethylene glycol 4000, MgCl2, dithiothreitol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.50 Å R-free 0.294
1MMI E. COLI DNA POLYMERASE BETA SUBUNIT 提交 2002-09-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100 mM Na/H MES, 50 to 60 mM CaCl2, 30% v/v PEG 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.245
2POL THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE BETA SUBUNIT OF ESCHERICHIA COLI DNA POLYMERASE III HOLOENZYME: A SLIDING DNA CLAMP 提交 1992-11-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
2XUR The G157C mutation in the Escherichia coli sliding clamp specifically affects initiation of replication 提交 2010-10-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.252
3BEP Structure of a sliding clamp on DNA 提交 2007-11-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	5CY 1-(3-hydroxypropyl)-2-{(1E,3E,5E)-5-[1-(3-hydroxypropyl)-3,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene]penta-1,3-dien-1-y l}-3,3-dimethyl-3H-indolium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.9；298 K；26% PEG 400, 75mM MES (pH 5.9), 75mM CaCl2, 5% glycerol, 0.5% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.92 Å R-free 0.268
3D1E Crystal structure of E. coli sliding clamp (beta) bound to a polymerase II peptide 提交 2008-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；295 K；27.5% PEG400, 100 mM MES pH 6.2, 100 mM calcium chloride and 1% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
3D1F Crystal structure of E. coli sliding clamp (beta) bound to a polymerase III peptide 提交 2008-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 323 2-[3,6-bis(dimethylamino)xanthen-9-yl]-5-methanoyl-benzoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；295 K；27.5% PEG400, 100 mM MES pH 6.2, 100 mM calcium chloride and 1% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
3D1G Structure of a small molecule inhibitor bound to a DNA sliding clamp 提交 2008-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	322 [(5R)-5-(2,3-dibromo-5-ethoxy-4-hydroxybenzyl)-4-oxo-2-thioxo-1,3-thiazolidin-3-yl]acetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；295 K；25% PEG400, 100 mM MES pH 6.1, 100 mM calcium chloride, and 3% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.64 Å R-free 0.296
3F1V E. coli Beta Sliding Clamp, 148-153 Ala Mutant 提交 2008-10-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	突变：H148A, Q149A, D150A, V151A, R152A 突变：H148A, Q149A, D150A, V151A, R152A	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；reservior: 13% isopropanol, 100 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.282
3PWE Crystal structure of the E. coli beta clamp mutant R103C, I305C, C260S, C333S at 2.2A resolution 提交 2010-12-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	突变：R103C, I305C, C260S, C333S 突变：R103C, I305C, C260S, C333S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；296 K；100 mM MES pH 6.0, 125 mM calcium chloride, 30% PEG 400 added in a 1:1 ratio to 1.8 mg/mL protein solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3Q4J Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–366（366 aa）链 D 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
3Q4J Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–366（366 aa）链 F 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
3Q4J Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
3Q4K Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400 + 0.2% agarose in drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3Q4L Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.232
3QSB Structure of E. coli polIIIbeta with (Z)-5-(1-((4'-Fluorobiphenyl-4-yl)methoxyimino)butyl)-2,2-dimethyl-4,6-dioxocyclohexanecarbonitrile 提交 2011-02-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	743 (1R,5R)-5-{(1Z)-N-[(4'-fluorobiphenyl-4-yl)methoxy]butanimidoyl}-2,2-dimethyl-4,6-dioxocyclohexanecarbonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM Na MES pH 6.0, 50-60mM CaCl2, 30%(v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.317
4K3K E. Coli sliding clamp in complex with (S)-2-(4-methylpentanamido)-3-phenylpropanoic acid 提交 2013-04-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SFK N-(4-methylpentanoyl)-L-phenylalanine × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.85 Å R-free 0.230
4K3L E. coli sliding clamp in complex with AcLF dipeptide 提交 2013-04-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 2 PHE PHENYLALANINE × 2 CA CALCIUM ION × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 ACE ACETYL GROUP × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.50 Å R-free 0.255
4K3M E.coli sliding clamp in complex with AcALDLF peptide 提交 2013-04-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CA CALCIUM ION × 7 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
4K3O E. coli sliding clamp in complex with AcQADLF 提交 2013-04-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 CA CALCIUM ION × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
4K3P E. coli sliding clamp in complex with AcQLALF 提交 2013-04-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 2.15 Å R-free 0.273
4K3Q E. coli sliding clamp in complex with AcQLDAF 提交 2013-04-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 CA CALCIUM ION × 7 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.85 Å R-free 0.242
4K3R E. coli sliding clamp in complex with AcQLDLA 提交 2013-04-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CA CALCIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.86 Å R-free 0.264
4K3S E. coli sliding clamp in P1 crystal space group 提交 2013-04-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 P4C O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
4MJP E. coli sliding clamp in complex with (R)-Vedaprofen 提交 2013-09-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 27O (2R)-2-(4-cyclohexylnaphthalen-1-yl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
4MJQ E. coli sliding clamp in complex with Bromfenac 提交 2013-09-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	27R [2-amino-3-(4-bromobenzoyl)phenyl]acetic acid × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.73 Å R-free 0.218
4MJR E. coli sliding clamp in complex with (S)-Carprofen 提交 2013-09-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 CL CHLORIDE ION × 3 0LA (2S)-2-(6-chloro-9H-carbazol-2-yl)propanoic acid × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.62 Å R-free 0.225
4N94 E. coli sliding clamp in complex with 3,4-difluorobenzamide 提交 2013-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	2HO 3,4-difluorobenzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.73 Å R-free 0.293
4N95 E. coli sliding clamp in complex with 5-chloroindoline-2,3-dione 提交 2013-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 2HQ 5-chloro-1H-indole-2,3-dione × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
4N96 E. coli sliding clamp in complex with 6-nitroindazole 提交 2013-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	6NI 6-NITROINDAZOLE × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.70 Å R-free 0.275
4N97 E. coli sliding clamp in complex with 5-nitroindole 提交 2013-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	2HU 5-nitro-1H-indole × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.97 Å R-free 0.306
4N98 E. coli sliding clamp in complex with 4'-fluorobiphenyl-4-carboxylic acid 提交 2013-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	4FC 4'-FLUORO-1,1'-BIPHENYL-4-CARBOXYLIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.70 Å R-free 0.296
4N99 E. coli sliding clamp in complex with 6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-7-carboxylic acid 提交 2013-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	2J1 6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-7-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 19 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 10 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.338
4N9A E. coli sliding clamp in complex with (R)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1-carboxylic acid 提交 2013-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 2J2 (1R)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
5FKU cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–366（366 aa）链 C 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.34 Å
5FKV cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–366（366 aa）链 C 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.04 Å
5FKW cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon) 提交 2015-10-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 1–366（366 aa）链 C 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 7.30 Å
5M1S Cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase-clamp-exonuclase-theta complex bound to DNA in the editing mode 提交 2016-10-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–366（366 aa）链 C 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Prior to sample preparation 0.1 volumes of 0.05% Tween 20 were added to the sample 3 microliters were pipetted onto the grid and blotted for 4 seconds	分辨率 6.70 Å
6FVL DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with bound P7 peptide 提交 2018-03-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 11 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；MES 50mM pH 6, CaCl2 50mM PEG400 30% (1 microliter) + Hampton Research PEG Ion kit E6 (1 microliter): 0.2M sodium malonate pH6, 20% PEG 3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.233
6FVL DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with bound P7 peptide 提交 2018-03-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–366（366 aa）链 D 1–366（366 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；MES 50mM pH 6, CaCl2 50mM PEG400 30% (1 microliter) + Hampton Research PEG Ion kit E6 (1 microliter): 0.2M sodium malonate pH6, 20% PEG 3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.233
8CIX DNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in complex with Griselimycin. 提交 2023-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 14 ACT ACETATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；293 K；0.36 M CaCl2 0.13 M MgCl2 0.24 M Na Acetate 8.3 % (v/v) Glycerol 12.2 % (w/v) PEG 3350 0.1 M HEPES/NaOH 7.7 Cryoprotection: 10 % (v/v) (2R,3R)-2,3-butanediol.	分辨率 1.76 Å R-free 0.205
8CIY DNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in complex with Cyclohexyl-Griselimycin. 提交 2023-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；293 K；0.64 M CaCl2 0.5 M Li Acetate 9.4 % (w/v) PEG 8000 0.1 M HEPES/NaOH 7.7 Cryoprotection: 10 % (v/v) (2R,3R)-2,3-butanediol	分辨率 1.54 Å R-free 0.200
8CIZ DNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in complex with Mycoplanecin A. 提交 2023-02-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–366（366 aa）链 B 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.2 M CaCl2 0.15 M MgCl2 8.75 % (v/v) Glycerol 17.5 % (w/v) PEG 3350 0.1 M Tris/HCl pH 9.0 Cryoprotection: 10 % (v/v) (2R,3R)-2,3-butanediol.	分辨率 2.27 Å R-free 0.237
8GIY E. coli clamp loader with closed clamp 提交 2023-03-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–366（366 aa）链 I 1–366（366 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8GIZ E. coli clamp loader with open clamp 提交 2023-03-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–366（366 aa）链 I 1–366（366 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8GJ0 E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 1) 提交 2023-03-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 H 1–366（366 aa）链 I 1–366（366 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.	分辨率 2.90 Å
8GJ1 E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 2) 提交 2023-03-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 H 1–366（366 aa）链 I 1–366（366 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.	分辨率 3.00 Å
8GJ2 E. coli clamp loader with closed clamp on primed template DNA 提交 2023-03-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 H 1–366（366 aa）链 I 1–366（366 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.	分辨率 2.60 Å
8VAL Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-DNAp/t conformation 提交 2023-12-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–366（366 aa）链 G 1–366（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8VAM Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Semi-Open conformation 提交 2023-12-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–366（366 aa）链 G 1–366（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8VAP Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Fully-Open conformation 提交 2023-12-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–366（366 aa）链 G 1–366（366 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8VAQ Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Closed-DNA1 conformation 提交 2023-12-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–366（366 aa）链 G 1–366（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8VAR Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Closed-DNA2 conformation 提交 2023-12-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–366（366 aa）链 G 1–366（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8VAS Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in an Altered-Collar conformation 提交 2023-12-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–366（366 aa）链 G 1–366（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8VAT Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-RNAp/t conformation 提交 2023-12-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–366（366 aa）链 G 1–366（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

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UniProt名称	DPO3B_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 39–404； UniProt 1–366 作者链 B； PDB构建体 39–404； UniProt 1–366

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6e8e
沉积日期 deposition_date	2018-07-28
结构标题 title	Crystal structure of the Escherichia coli sliding clamp-MutL complex.
关键词 keywords	Complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.28 Å
零角强度 I(0) i0	155429000.00
分子量 molecular_weight	99844.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125130 Å³
包络体积 envelope_volume	173520 Å³
水化壳体积 shell_volume	41404 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.6 Å
壳层 Rg shell_rg	42.19 Å
包络 Rg envelope_rg	32.81 Å
形状 Rg shape_rg	34.30 Å
总 Rg total_rg	34.84 Å
总原子数 total_atoms	7000
残基数 n_residues	922
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.3 Å
Rg (实空间) rg_real	35.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	155400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9036
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.048
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.772
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.884

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL
分子量 formula_weight	57098.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7191

MGSSHHHHHHGSGGGNNNNNNNNNNLGIEENLYFQSHMMKFTVEREHLLKPLQQVSGPLGGRPTLPILGNLLLQVADGTLSLTGTDLEMEMVARVALVQPHEPGATTVPARKFFDICRGLPEGAEIAVQLEGERMLVRSGRSRFSLSTLPAADFPNLDDWQSEVEFTLPQATMKRLIEATQFSMAHQDVRYYLNGMLFETEGEELRTVATDGHRLAVCSMPIGQSLPSHSVIVPRKGVIELMRMLDGGDNPLRVQIGSNNIRAHVGDFIFTSKLVDGRFPDYRRVLPKNPDKHLEAGCDLLKQAFARAAILSNEKFRGVRLYVSENQLKITANNPEQEEAEEILDVTYSGAEMEIGFNVSYVLDVLNALKCENVRMMLTDSVSSVQIEDAASQSAAYVVMPMRLVDSGASGGSWLRQAQLTPGEAPVCAQPLLIPLRLKVSAEEKSALEKAQSALAELGIDFQSDAQHVTIRAVPLPLRQQNLQILIPELIGYLAKQSVFEPGNIAQWIARNLMSEH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	331111
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL
分子量 formula_weight	57082.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	331111
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	191

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.390 Å
晶胞边长 b length_b	103.210 Å
晶胞边长 c length_c	141.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	46.830 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/e8/6e8e/6e8e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e8/6e8e/6e8e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e8/6e8e/6e8e.dat

Crystal structure of the Escherichia coli sliding clamp-MutL complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)