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6ehl

Model of the Ebola virus nucleoprotein in recombinant nucleocapsid-like assemblies

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 87.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76)

UniProt P18272

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–739 突变：Truncation mutant (residues 1-450) 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6EHL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4QAZ The crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Zaire) nucleoprotein 提交 2014-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 641–739（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19.3% PEG3350, 0.3M Magnesium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.98 Å R-free 0.229
4QB0 The crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Zaire) nucleoprotein 提交 2014-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 641–739（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；19.3% PEG3350, 0.05M Magnesium Formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.225
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 38–385（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–385（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 38–385（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 38–385（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4Z9P Crystal structure of Ebola virus nucleoprotein core domain at 1.8A resolution 提交 2015-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–351（316 aa） 片段：core domain (UNP RESIDUES 36-351)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；289 K；200mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.79 Å R-free 0.225
4ZTA Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide I212121 提交 2015-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–367（335 aa） 片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367,UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；2.2M Sodium formate, 100mM NaOAc pH 4.7
分辨率 2.40 Å R-free 0.233
4ZTG Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P22121 提交 2015-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–367（335 aa） 片段：UNP Q05127 residues 15-59, UNP P18272 residues 33-367
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 6000, 100 mM MES pH 5.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–367（335 aa） 片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4
分辨率 2.40 Å R-free 0.247
4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 33–367（335 aa） 片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4
分辨率 2.40 Å R-free 0.247
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 B 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 D 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 F 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 H 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 J 600–627（28 aa） 片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
6EHM Model of the Ebola virus nucleocapsid subunit from recombinant virus-like particles 提交 2017-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–739（739 aa）
链 B 1–739（739 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
6NUT Ebola virus nucleoprotein - RNA complex 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 50 PDB 声明：100-meric
链 A 1–450（450 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6NUT Ebola virus nucleoprotein - RNA complex 提交 2019-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–450（450 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8USN Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom 提交 2023-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–739（739 aa）
链 B 1–739（739 aa）
链 E 1–739（739 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.90 Å
8UST In-virion structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) 提交 2023-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–739（739 aa）
链 B 1–739（739 aa）
链 E 1–739（739 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
8Y9J Structure of the Ebola virus nucleocapsid subunit 提交 2024-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 A 1–739（739 aa）
链 B 1–739（739 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was applied to both sides of the grid. The grids were blotted for 14 seconds.
分辨率 4.60 Å

共 13 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCAP_EBOZM
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–739； UniProt 1–739

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ehl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ehl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ehl
沉积日期 deposition_date2017-09-13
结构标题 titleModel of the Ebola virus nucleoprotein in recombinant nucleocapsid-like assemblies
关键词 keywordsnucleocapsid, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.43 Å
零角强度 I(0) i030163500.00
分子量 molecular_weight43668.0 kDa
排除体积 excluded_volume53928 ų
包络体积 envelope_volume45653 ų
水化壳体积 shell_volume16987 ų
包络直径 envelope_diameter88.5 Å
壳层 Rg shell_rg28.78 Å
包络 Rg envelope_rg24.53 Å
形状 Rg shape_rg26.24 Å
总 Rg total_rg26.64 Å
总原子数 total_atoms—
残基数 n_residues—
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.2 Å
Rg (实空间) rg_real27.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8945
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6 Å
偏度 Skewness skewness0.402
峰度 Kurtosis kurtosis-0.388
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3723000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.951
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)