6eoq

DPP9 - Apo

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 188.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 9

Homo sapiens

UniProt Q86TI2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–863 链 C; UniProt 1–863 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25, 分辨率 3.00 Å R-free 0.334
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–863 链 D; UniProt 1–863 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25, 分辨率 3.00 Å R-free 0.334

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPP9_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–863; UniProt 1–863 作者链 B; PDB构建体 1–863; UniProt 1–863 作者链 C; PDB构建体 1–863; UniProt 1–863 作者链 D; PDB构建体 1–863; UniProt 1–863

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6eoq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6eoq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6eoq
沉积日期 deposition_date2017-10-10
结构标题 titleDPP9 - Apo
关键词 keywordsDPP9, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.78
零角强度 I(0) i01668400000.00
分子量 molecular_weight351740.0 kDa
排除体积 excluded_volume442480 ų
包络体积 envelope_volume636120 ų
水化壳体积 shell_volume90744 ų
包络直径 envelope_diameter186.7
壳层 Rg shell_rg62.75
包络 Rg envelope_rg54.65
形状 Rg shape_rg56.78
总 Rg total_rg56.93
总原子数 total_atoms24880
残基数 n_residues3064
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax188.2
Rg (实空间) rg_real56.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.30
I(0) (实空间) i0_real1.6680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1668000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8853
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary80.6
偏度 Skewness skewness0.179
峰度 Kurtosis kurtosis-0.704
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha309200000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.792

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6eoqA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id6eoqA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6eoqB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id6eoqB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6eoqC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id6eoqC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6eoqD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id6eoqD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)