← 返回搜索
6f57

Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with single CpG-containing DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

Homo sapiens

UniProt Q9Y6K1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like × 1 （Q9UJW3） ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*ZP*GP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like × 1 （Q9UJW3） ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*ZP*GP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3a1a 3llr 3llr 3llr 3llr 3llr 8ba5

共 7 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体
8tdr 8tdr 8te1 8te1 8te3 8te3 8te4 8te4

共 8 个 assembly

其他同源多聚体
9mpo

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
2qrv 2qrv 3a1b 3svm 3svm 4qbq 4qbr 4qbr 4qbs 4u7p 4u7t 5yx2

共 41 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNM3A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–285； UniProt 628–912 作者链 D； PDB构建体 1–285； UniProt 628–912

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like

Homo sapiens

UniProt Q9UJW3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 1 （Q9Y6K1） ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*ZP*GP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 1 （Q9Y6K1） ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*ZP*GP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2pv0 2pv0 2pv0

共 3 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2pvc 2pvc 2pvc 2qrv 2qrv 4u7p 4u7t 5yx2 6brr 6f57 6f57 6kda

共 36 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNM3L_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–209； UniProt 178–386 作者链 C； PDB构建体 1–209； UniProt 178–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6f57
沉积日期 deposition_date2017-12-01
结构标题 titleCrystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with single CpG-containing DNA
关键词 keywordsDNMT3A, DNMT3L, DNA methylation, DNA binding protein, transferase-DNA complex; transferase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6f57__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6f57__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6f57__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）25.40 Å
Rg（电子密度）24.71 Å
总 Rg25.42 Å
原子数3794
残基数454
排除体积66074 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6f57__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6f57__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6f57B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id6f57C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
▶

7. 引用文献 (1)