6f7f

Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trp operon repressor

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4–106 链 B； UniProt 4–106	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Calcium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 30% PEG 4000	分辨率 2.13 Å R-free 0.229
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 4–106 链 D； UniProt 4–106	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Calcium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 30% PEG 4000	分辨率 2.13 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6F7F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CO0 NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-MTR OPERATOR DNA COMPLEX 提交 1999-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7	分辨率未提供
1JHG TRP REPRESSOR MUTANT V58I 提交 1996-07-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–107（101 aa）	突变：CHAIN A, V58I	PO4 PHOSPHATE ION × 2 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION 2.0 M SODIUM PHOSPHATE, PH 5.0 600 MM AMMONIUM CHLORIDE 5 MM L-TRYPTOPHAN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.30 Å R-free 0.172
1MI7 Crystal Structure of Domain Swapped trp Aporepressor in 30%(v/v) Isopropanol 提交 2002-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–107（107 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 30%(v/v) isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1RCS NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-OPERATOR DNA COMPLEX 提交 1995-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–106（104 aa）链 B 3–106（104 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TRO CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION 提交 1992-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 0–107（108 aa）链 C 0–107（108 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å
1TRO CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION 提交 1992-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 0–107（108 aa）链 G 0–107（108 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å
1TRR TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX 提交 1993-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 G 1–107（107 aa）链 H 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1TRR TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX 提交 1993-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）链 J 1–107（107 aa）链 K 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1WRP FLEXIBILITY OF THE DNA-BINDING DOMAINS OF TRP REPRESSOR 提交 1987-12-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1WRS NMR STUDY OF HOLO TRP REPRESSOR 提交 1995-05-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 3–107（105 aa）链 S 3–107（105 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1WRT NMR STUDY OF APO TRP REPRESSOR 提交 1995-05-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 3–107（105 aa）链 S 3–107（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
2OZ9 E. coli TRP holorepressor, orthorhombic crystal form 提交 2007-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 2–108（107 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；298 K；crystallization conditions: 2.5 M sodium phosphate, 0.6 M ammonium chloride, 2.5 mM L-tryptophan. Prior to data collection the crystal was equilibrated to 2.4 M ammonium sulfate, 0.4 M sodium chloride, 2.4 mM L-tryptophan, 50 mM sodium acetate., pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.65 Å
3SSW E. coli trp aporepressor 提交 2011-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–108（107 aa）链 R 2–108（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；Hampton Research Crystal Screen condition #6: 30% (w/v) PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.67 Å R-free 0.219
3SSX E. coli trp aporeporessor L75F mutant 提交 2011-07-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–108（107 aa）链 R 2–108（107 aa）	突变：L75F 突变：L75F	TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；Hampton Research Crystal Screen condition #6: 30% (w/v) PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.58 Å R-free 0.218
3WRP FLEXIBILITY OF THE DNA-BINDING DOMAINS OF TRP REPRESSOR 提交 1987-12-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
6EJW Tryptophan Repressor TrpR from E.coli wildtype with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
6EJW Tryptophan Repressor TrpR from E.coli wildtype with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
6EKP Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2 P3G 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 Calcium Chloride 0.1M Bis-Tris pH 6.5 30% PEG 550 MME	分辨率 1.46 Å R-free 0.190
6ELB Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81M N87G S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350 0.17M KCl 3% D-(+) Trehalose dihydrate	分辨率 1.44 Å R-free 0.193
6ELF Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81I S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5 12 % PEG 20000	分辨率 1.83 Å R-free 0.217
6ELG Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81I S88Y with Indole-3-acetonitrile 提交 2017-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	3BO 1H-indol-3-ylacetonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Ammonium Formate 20% PEG 3350	分辨率 1.38 Å R-free 0.176
6ENI Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-10-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1 M MMT buffer pH 4 25 % PEG 1500	分辨率 1.10 Å R-free 0.175
6ENN Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M N87G S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-10-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1 M MMT buffer pH 5 25 % PEG 1500	分辨率 1.17 Å R-free 0.180
6F7G Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-Methyltryptamine 提交 2017-12-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–106（103 aa）链 C 4–106（103 aa）	未记录	CVW 2-(5-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethanamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 Sodium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 25% PEG 3350	分辨率 1.66 Å R-free 0.226
6F9K Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-methyl-L-tryptophan as ligand 提交 2017-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	D0Q 5-methyl-L-tryptophan × 8 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1M Citric acid pH3.5, 2.4M Ammonium sulfate, pH4.0 cryo: +25% glycerol	分辨率 1.40 Å R-free 0.206
6FAL Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid as ligand 提交 2017-12-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–108（107 aa）链 B 2–108（107 aa）	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M MgCl2 0.1M Tris HCl, pH8.5 30% PEG 4000	分辨率 1.20 Å R-free 0.179
6ST6 Crystal Structure of Domain Swapped Trp Repressor V58I Variant 提交 2019-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–105（105 aa）	突变：V58I	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 27.5-35%(v/v) isopropanol, pH 7.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.311
6ST7 Crystal Structure of Domain Swapped Trp Repressor V58I Variant with bound L-trp 提交 2019-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–105（105 aa）	突变：V58I	TRP TRYPTOPHAN × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 27.5-35%(v/v) isopropanol, pH 7.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.287

共 26 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPR_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–103； UniProt 4–106 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 4–106 作者链 C； PDB构建体 1–103； UniProt 4–106 作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 4–106

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6f7f
沉积日期 deposition_date	2017-12-08
结构标题 title	Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid
关键词 keywords	Ligand Binding, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.53 Å
零角强度 I(0) i0	37978400.00
分子量 molecular_weight	47457.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59555 Å³
包络体积 envelope_volume	75046 Å³
水化壳体积 shell_volume	25682 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.27 Å
包络 Rg envelope_rg	25.72 Å
形状 Rg shape_rg	25.48 Å
总 Rg total_rg	26.36 Å
总原子数 total_atoms	3340
残基数 n_residues	408
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8541
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.490
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.096
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.880; Smooth: 0.990

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trp operon repressor
分子量 formula_weight	11837.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,D,C
原子数 atom_count	3686

QSPYSAAMAEQRHQEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLTPDEREALGTRVRIVEELLRGEMSQRELKNELGAGIATITRGSNSLKAAPVELRQWLEEVLLK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	INDOLYLPROPIONIC ACID
分子量 formula_weight	189.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	324

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6f7fa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

结构域编号 domain_id	d6f7fb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

结构域编号 domain_id	d6f7fc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

结构域编号 domain_id	d6f7fd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6f7fA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TrpR-like

结构域编号 domain_id	6f7fB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TrpR-like

结构域编号 domain_id	6f7fC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TrpR-like

结构域编号 domain_id	6f7fD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TrpR-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	81.840 Å
晶胞边长 b length_b	81.840 Å
晶胞边长 c length_c	70.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.128 Å
最低分辨率 resolution_low	44.748 Å
R 因子 r_factor	0.1747
R_work r_work	0.1718
R_free r_free	0.2292

fit	/app/data/saxs_computation/f7/6f7f/6f7f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f7/6f7f/6f7f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f7/6f7f/6f7f.dat