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6ff5

X-ray structure of bovine heart cytochrome c at high ionic strength

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 45.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c

物种未注明

UniProt P62894

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–105 未记录 HEC HEME C × 1 NO3 NITRATE ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.2-3.4 M ammonium sulfate and 0.4-0.5 M NaNO3 分辨率 1.74 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6FF5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2B4Z Crystal structure of cytochrome C from bovine heart at 1.5 A resolution. 提交 2005-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROSEEDING；pH 7；277 K；PEG 1000, SODIUM PHOSPHATE, pH 7.0, MICROSEEDING, temperature 277K
分辨率 1.50 Å R-free 0.218
2YBB Fitted model for bovine mitochondrial supercomplex I1III2IV1 by single particle cryo-EM (EMD-1876) 提交 2011-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 Y 2–105（104 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 CA CALCIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 5 SMA STIGMATELLIN A × 2 UQ1 UBIQUINONE-1 × 2 HEC HEME C × 2 CDL CARDIOLIPIN × 4 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 10 MM KCL, 15 MM HEPES, RESIDUAL TREHALOSE；pH 7.7；10 MM KCL, 15 MM HEPES, RESIDUAL TREHALOSE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 70, TEMPERATURE- 95, INSTRUMENT- CUSTOM-MADE HAND PLUNGER, METHOD- ONE- SIDED BLOTTING FOR 26 - 30 SECONDS BEFORE PLUNGING, DETAILS- SAMPLE WAS ADSORBED TO CARBON FILM FOR 30 SECONDS BEFORE BLOTTING
分辨率 19.00 Å
3J2T An improved model of the human apoptosome 提交 2012-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 H 2–105（104 aa）
链 I 2–105（104 aa）
链 J 2–105（104 aa）
链 K 2–105（104 aa）
链 L 2–105（104 aa）
链 M 2–105（104 aa）
链 N 2–105（104 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 low salt HEPES buffer；pH 7.5；20mM HEPES, 10mM KCl, 1.5mM MgCl2, 1mM EDTA, 1mM EGTA, 1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2 seconds before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 9.50 Å
5JUY Active human apoptosome with procaspase-9 提交 2016-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 H 2–105（104 aa）
链 I 2–105（104 aa）
链 J 2–105（104 aa）
链 K 2–105（104 aa）
链 L 2–105（104 aa）
链 M 2–105（104 aa）
链 N 2–105（104 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEC HEME C × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer A
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYC_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–104； UniProt 2–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ff5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ff5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ff5
沉积日期 deposition_date2018-01-03
结构标题 titleX-ray structure of bovine heart cytochrome c at high ionic strength
关键词 keywordscytochrome c, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.64 Å
零角强度 I(0) i03423000.00
分子量 molecular_weight12605.0 kDa
排除体积 excluded_volume15618 ų
包络体积 envelope_volume16933 ų
水化壳体积 shell_volume11230 ų
包络直径 envelope_diameter43.2 Å
壳层 Rg shell_rg18.62 Å
包络 Rg envelope_rg13.01 Å
形状 Rg shape_rg12.59 Å
总 Rg total_rg14.06 Å
总原子数 total_atoms882
残基数 n_residues104
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.9 Å
Rg (实空间) rg_real13.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real3.4230e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4780e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3423000.0000
解质量估计 total_estimate0.7975
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.2 Å
偏度 Skewness skewness0.063
峰度 Kurtosis kurtosis-0.347
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha672100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6ff5a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)