6fps

Crystal structure of 4-oxalocrotonate tautomerase triple mutant L8Y/M45Y/F50A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-hydroxymuconate tautomerase

Pseudomonas putida

UniProt Q01468

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–63 链 B; UniProt 2–63 链 C; UniProt 2–63 链 D; UniProt 2–63 链 E; UniProt 2–63 链 F; UniProt 2–63 突变:L8Y, M45Y, F50A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M bistris-propane HCl, pH 7.0 分辨率 1.90 Å R-free 0.222
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 2–63 链 H; UniProt 2–63 链 I; UniProt 2–63 链 J; UniProt 2–63 链 K; UniProt 2–63 链 L; UniProt 2–63 突变:L8Y, M45Y, F50A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M bistris-propane HCl, pH 7.0 分辨率 1.90 Å R-free 0.222
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 2–63 链 N; UniProt 2–63 链 O; UniProt 2–63 链 P; UniProt 2–63 链 Q; UniProt 2–63 链 R; UniProt 2–63 突变:L8Y, M45Y, F50A PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M bistris-propane HCl, pH 7.0 分辨率 1.90 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 4OT1_PSEPU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 B; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 C; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 D; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 E; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 F; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 G; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 H; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 I; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 J; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 K; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 L; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 M; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 N; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 O; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 P; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 Q; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 R; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6fps

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6fps
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6fps
沉积日期 deposition_date2018-02-12
结构标题 titleCrystal structure of 4-oxalocrotonate tautomerase triple mutant L8Y/M45Y/F50A
关键词 keywords2-hydroxymuconate tautomerase, isomerase; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.29
零角强度 I(0) i0215557000.00
分子量 molecular_weight116080.0 kDa
排除体积 excluded_volume145120 ų
包络体积 envelope_volume187000 ų
水化壳体积 shell_volume46692 ų
包络直径 envelope_diameter110.4
壳层 Rg shell_rg40.22
包络 Rg envelope_rg32.78
形状 Rg shape_rg33.29
总 Rg total_rg33.85
总原子数 total_atoms8177
残基数 n_residues1069
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.1
Rg (实空间) rg_real34.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real2.1560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal215600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.9
偏度 Skewness skewness0.225
峰度 Kurtosis kurtosis-0.554
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha39610000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.936

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_idd6fpsa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpse_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsg_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsh_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsi_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsk_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsl_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsm_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsn_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpso_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsp_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsq_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd6fpsr_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id6fpsA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsO00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsQ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fpsR00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)