6fso

Crystal Structure of TGT in complex with methyl({[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methyl})amine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Queuine tRNA-ribosyltransferase

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 N-methyl-1-[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methanamine × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ACETATE ION × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TGT_ZYMMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–375； UniProt 10–384

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6fso
沉积日期 deposition_date	2018-02-20
结构标题 title	Crystal Structure of TGT in complex with methyl({[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methyl})amine
关键词 keywords	TGT, TRNA, GUANINE EXCHANGE ENZYME, PROTEIN INTERFACE, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6fso__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6fso__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6fso__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.92 Å
Rg（电子密度）	30.28 Å
总 Rg	30.69 Å
原子数	11002
残基数	736
排除体积	102000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6fso__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Queuine tRNA-ribosyltransferase
分子量 formula_weight	41763.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.29
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5872

DRPRFSFSIAAREGKARTGTIEMKRGVIRTPAFMPVGTAATVKALKPETVRATGADIILGNTYHLMLRPGAERIAKLGGLHSFMGWDRPILTDSGGYQVMSLSSLTKQSEEGVTFKSHLDGSRHMLSPERSIEIQHLLGSDIVMAFDECTPYPATPSRAASSMERSMRWAKRSRDAFDSRKEQAENAALFGIQQGSVFENLRQQSADALAEIGFDGYAVGGLAVGEGQDEMFRVLDFSVPMLPDDKPHYLMGVGKPDDIVGAVERGIDMFDCVLPTRSGRNGQAFTWDGPINIRNARFSEDLKPLDSECHCAVCQKWSRAYIHHLIRAGEILGAMLMTEHNIAFYQQLMQKIRDSISEGRFSQFAQDFRARYFAR

来源 Source

来源生物 organism	Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	264203
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-methyl-1-[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methanamine
分子量 formula_weight	204.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	252

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6fsoa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.20 — tRNA-guanine transglycosylase
家族 Family family	c.1.20.1 — tRNA-guanine transglycosylase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6fsoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	105 — Queuine tRNA-ribosyltransferase-like

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晶胞边长 a length_a	90.460 Å
晶胞边长 b length_b	64.713 Å
晶胞边长 c length_c	70.552 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.449 Å
最低分辨率 resolution_low	43.289 Å
R 因子 r_factor	0.1668
R_work r_work	0.1658
R_free r_free	0.1856

Crystal Structure of TGT in complex with methyl({[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methyl})amine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Queuine tRNA-ribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6fso__assembly_1__model_1

6fso__assembly_1__model_1 | I(q)

6fso__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of TGT in complex with methyl({[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methyl})amine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Queuine tRNA-ribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6fso__assembly_1__model_1

6fso__assembly_1__model_1 | I(q)

6fso__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)