SAXSdb — 6fx7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[Protein ADP-ribosylglutamate] hydrolase AF_1521

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–192	突变：K15R, K35E, Y74C, F97L, I103V, S105G, E110G, Y145R, N162D	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25 %w/v PEG3350, 0,2M sodium chloride, 0.1 M bis-tris, 2mM ADP-ribose	分辨率 1.82 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6FX7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HJZ Crystal structure of AF1521 protein containing a macroH2A domain 提交 2003-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–192（192 aa）片段：MACROH2A	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES BUFFER, PH 6.5 18% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 25MM MANGANESE CHLORIDE	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
1HJZ Crystal structure of AF1521 protein containing a macroH2A domain 提交 2003-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–192（192 aa）片段：MACROH2A	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES BUFFER, PH 6.5 18% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 25MM MANGANESE CHLORIDE	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
1VHU Crystal structure of a putative phosphoesterase 提交 2003-12-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–199（198 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.34 Å R-free 0.180
2BFQ MACRO DOMAINS ARE ADP-RIBOSE BINDING MOLECULES 提交 2004-12-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–192（192 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；30% PEG 4000, 0.2 AMMONIUM ACETATE, 0.1 TRI SODIUM CITRATE (PH 5.6), 18MG/ML PROTEIN, 1.5 MM ADP-RIBOSE, 5MM DTT. CRYO BUFFER CONTAINED 20% GLYCEROL	分辨率 1.50 Å R-free 0.233
2BFR The Macro domain is an ADP-ribose binding module 提交 2004-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–192（192 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；20% PEG 8000, 0.2 MAGNESIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE (PH 4.5). 18MG/ML PROTEIN, 1.5MM ADP, 5MM DTT. CRYOBUFFER CONTAINED 20% GLYCEROL.	分辨率 2.50 Å R-free 0.237
7WR6 Crystal structure of ADP-riboxanated caspase-4 in complex with Af1521 提交 2022-01-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	5ZY [[(3~{a}~{S},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2-azanylidene-3-[(4~{R})-4-azanyl-5-oxidanylidene-pentyl]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxazol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；27% PEG 3350, 0.05M CAPSO pH 9.0	分辨率 1.96 Å R-free 0.228

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y1521_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–215； UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6fx7
沉积日期 deposition_date	2018-03-08
结构标题 title	Crystal structure of in vitro evolved Af1521
关键词 keywords	Macro domain, ADP-ribose binding, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.47 Å
零角强度 I(0) i0	8577820.00
分子量 molecular_weight	21590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27048 Å³
包络体积 envelope_volume	29726 Å³
水化壳体积 shell_volume	15796 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.0 Å
壳层 Rg shell_rg	21.83 Å
包络 Rg envelope_rg	15.78 Å
形状 Rg shape_rg	15.44 Å
总 Rg total_rg	16.61 Å
总原子数 total_atoms	1512
残基数 n_residues	193
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.5 Å
Rg (实空间) rg_real	16.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5780e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7590e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8578000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8977
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.054
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.455
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2284000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	[Protein ADP-ribosylglutamate] hydrolase AF_1521
分子量 formula_weight	23575.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.-
突变 mutation	K15R, K35E, Y74C, F97L, I103V, S105G, E110G, Y145R, N162D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1642

MGHHHHHHHHHHSSGHIDDDDKHMEVLFEAKVGDITLRLAQGDITQYPAKAIVNAANERLEHGGGVAYAIAKACAGDAGLYTEISKKAMREQFGRDCIDHGEVVVTPAMNLEERGIKYVLHTVGPVCGGMWSGELKEKLYKAFLGPLEKAEEMGVESIAFPAVSAGIRGCDLEKVVETFLEAVKDFKGSAVKEVALVIYDRKSAEVALKVFERSL

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6fx7a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.50.1 — Macro domain-like
家族 Family family	c.50.1.2 — Macro domain

结构域编号 domain_id	d6fx7a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6fx7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	141.312 Å
晶胞边长 b length_b	39.535 Å
晶胞边长 c length_c	35.964 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	70.020 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2120

fit	/app/data/saxs_computation/fx/6fx7/6fx7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fx/6fx7/6fx7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fx/6fx7/6fx7.dat

Crystal structure of in vitro evolved Af1521

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[Protein ADP-ribosylglutamate] hydrolase AF_1521

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction