SAXSdb — 7wr6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 102–377	突变：C258A	ADP-ribose glycohydrolase AF_1521 × 1 （O28751） 5ZY [[(3~{a}~{S},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2-azanylidene-3-[(4~{R})-4-azanyl-5-oxidanylidene-pentyl]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxazol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；27% PEG 3350, 0.05M CAPSO pH 9.0	分辨率 1.96 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7WR6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6KMZ caspase-4 P22/P10 C258A in complex with human GSDMD-C domain 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 105–289（185 aa）链 B 105–289（185 aa）链 a 290–377（88 aa）链 b 290–377（88 aa）	突变：C258A 突变：C258A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM sodium tartrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 5% glycerol and 4% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol	分辨率 3.61 Å R-free 0.319
6KMZ caspase-4 P22/P10 C258A in complex with human GSDMD-C domain 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 105–289（185 aa）链 D 105–289（185 aa）链 c 290–377（88 aa）链 d 290–377（88 aa）	突变：C258A 突变：C258A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM sodium tartrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 5% glycerol and 4% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol	分辨率 3.61 Å R-free 0.319
6NRY Crystal structure of human caspase-4 提交 2019-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–377（286 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25mM Bis-Tris, 20% PEG3350	分辨率 2.18 Å R-free 0.237
7WR0 P32 of caspase-4 C258A mutant 提交 2022-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–377（276 aa）	突变：C258A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium chloride	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
7WR1 P32 of caspase-4 C258A mutant in complex with OspC3 C-terminal ankyrin-repeat domain 提交 2022-01-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–377（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；5% PEG8000, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, % 2-propanol	分辨率 2.13 Å R-free 0.200
7WR1 P32 of caspase-4 C258A mutant in complex with OspC3 C-terminal ankyrin-repeat domain 提交 2022-01-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 102–377（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；5% PEG8000, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, % 2-propanol	分辨率 2.13 Å R-free 0.200
7WR4 Crystal structure of OspC3-calmodulin-caspase-4 complex 提交 2022-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 102–377（276 aa）	突变：C258A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.3 M NDSB-195	分辨率 2.75 Å R-free 0.270
7WR5 Crystal structure of OspC3-calmodulin-caspase-4 complex binding with 2'-aF-NAD+ 提交 2022-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 102–377（276 aa）	突变：C258A	5ZV [[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(3-aminocarbonylpyridin-1-yl)-4-fluoranyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2 M Potassium acetate	分辨率 3.10 Å R-free 0.272
8J6K Crystal structure of pro-interleukin-18 and caspase-4 complex 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 102–270（169 aa）链 a 290–377（88 aa）	突变：C258A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Calcium acetate, 0.1M Tris-HCl pH 9.0, 13% PEG 8000, 0.01 M L-Glutathione reduced, 0.01 M L-Glutathione oxidized	分辨率 3.12 Å R-free 0.269
8SPB Caspase-4/Pro-IL-18 complex 提交 2023-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 94–270（177 aa）链 B 290–377（88 aa）链 a 94–270（177 aa）链 b 290–377（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–280； UniProt 102–377

ADP-ribose glycohydrolase AF_1521

Archaeoglobus fulgidus

UniProt O28751

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–192	未记录	Caspase-4 × 1 （P49662） 5ZY [[(3~{a}~{S},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2-azanylidene-3-[(4~{R})-4-azanyl-5-oxidanylidene-pentyl]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxazol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；27% PEG 3350, 0.05M CAPSO pH 9.0	分辨率 1.96 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7WR6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HJZ Crystal structure of AF1521 protein containing a macroH2A domain 提交 2003-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–192（192 aa）片段：MACROH2A	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES BUFFER, PH 6.5 18% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 25MM MANGANESE CHLORIDE	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
1HJZ Crystal structure of AF1521 protein containing a macroH2A domain 提交 2003-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–192（192 aa）片段：MACROH2A	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES BUFFER, PH 6.5 18% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 25MM MANGANESE CHLORIDE	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
1VHU Crystal structure of a putative phosphoesterase 提交 2003-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–199（198 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.34 Å R-free 0.180
2BFQ MACRO DOMAINS ARE ADP-RIBOSE BINDING MOLECULES 提交 2004-12-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–192（192 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；30% PEG 4000, 0.2 AMMONIUM ACETATE, 0.1 TRI SODIUM CITRATE (PH 5.6), 18MG/ML PROTEIN, 1.5 MM ADP-RIBOSE, 5MM DTT. CRYO BUFFER CONTAINED 20% GLYCEROL	分辨率 1.50 Å R-free 0.233
2BFR The Macro domain is an ADP-ribose binding module 提交 2004-12-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–192（192 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；20% PEG 8000, 0.2 MAGNESIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE (PH 4.5). 18MG/ML PROTEIN, 1.5MM ADP, 5MM DTT. CRYOBUFFER CONTAINED 20% GLYCEROL.	分辨率 2.50 Å R-free 0.237
6FX7 Crystal structure of in vitro evolved Af1521 提交 2018-03-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–192（192 aa）	突变：K15R, K35E, Y74C, F97L, I103V, S105G, E110G, Y145R, N162D	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25 %w/v PEG3350, 0,2M sodium chloride, 0.1 M bis-tris, 2mM ADP-ribose	分辨率 1.82 Å R-free 0.212

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y1521_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 9–200； UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7wr6
沉积日期 deposition_date	2022-01-26
结构标题 title	Crystal structure of ADP-riboxanated caspase-4 in complex with Af1521
关键词 keywords	ADP-riboxanation, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.93 Å
零角强度 I(0) i0	41937800.00
分子量 molecular_weight	50308.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63021 Å³
包络体积 envelope_volume	76839 Å³
水化壳体积 shell_volume	25054 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.83 Å
包络 Rg envelope_rg	26.97 Å
形状 Rg shape_rg	26.93 Å
总 Rg total_rg	27.56 Å
总原子数 total_atoms	3531
残基数 n_residues	441
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8620
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.480
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8312000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.895; Smooth: 0.933

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Caspase-4
分子量 formula_weight	32095.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.57
突变 mutation	C258A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3726

SGRPSTDALKLCPHEEFLRLCKERAEEIYPIKERNNRTRLALIICNTEFDHLPPRNGADFDITGMKELLEGLDYSVDVEENLTARDMESALRAFATRPEHKSSDSTFLVLMSHGILEGICGTVHDEKKPDVLLYDTIFQIFNNRNCLSLKDKPKVIIVQAARGANRGELWVRDSPASLEVASSQSSENLEEDAVYKTHVEKDFIAFCSSTPHNVSWRDSTMGSIFITQLITCFQKYSWCCHLEEVFRKVQQSFETPRAKAQMPTIERLSMTRYFYLFPGN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ADP-ribose glycohydrolase AF_1521
分子量 formula_weight	21706.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSGRPMEVLFEAKVGDITLKLAQGDITQYPAKAIVNAANKRLEHGGGVAYAIAKACAGDAGLYTEISKKAMREQFGRDYIDHGEVVVTPAMNLEERGIKYVFHTVGPICSGMWSEELKEKLYKAFLGPLEKAEEMGVESIAFPAVSAGIYGCDLEKVVETFLEAVKNFKGSAVKEVALVIYDRKSAEVALKVFERSL

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[(3~{a}~{S},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2-azanylidene-3-[(4~{R})-4-azanyl-5-oxidanylidene-pentyl]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxazol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	682.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	189

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7wr6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.143 Å
晶胞边长 b length_b	59.920 Å
晶胞边长 c length_c	187.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	38.450 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1962
R_free r_free	0.2283

fit	/app/data/saxs_computation/wr/7wr6/7wr6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wr/7wr6/7wr6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wr/7wr6/7wr6.dat

Crystal structure of ADP-riboxanated caspase-4 in complex with Af1521

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ADP-ribose glycohydrolase AF_1521

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)