SAXSdb — 6g10

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Resistance protein Pikp-1

Oryza sativa subsp. japonica

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AVR-Pik protein × 1 （C4B8B8） CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E9KPB5_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–80； UniProt 186–263 作者链 B； PDB构建体 3–80； UniProt 186–263

AVR-Pik protein

Magnaporthe oryzae

UniProt C4B8B8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Resistance protein Pikp-1 × 2 （E9KPB5） CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C4B8B8_MAGOR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–93； UniProt 22–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6g10
沉积日期 deposition_date	2018-03-20
结构标题 title	Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikD with the HMA domain of Pikp-1 from rice (Oryza sativa)
关键词 keywords	Plant NLR, fungal effector, Plant immunity, Complex, ANTIFUNGAL PROTEIN; ANTIFUNGAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6g10__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6g10__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6g10__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.17 Å
Rg（电子密度）	18.11 Å
总 Rg	19.12 Å
原子数	1760
残基数	230
排除体积	31711 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6g10__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Resistance protein Pikp-1
分子量 formula_weight	8373.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2024

GPGLKQKIVIKVAMEGNNCRSKAMALVASTGGVDSVALVGDLRDKIEVVGYGIDPIKLISALRKKVGDAELLQVSQANKD

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa subsp. japonica
通用名 common_name	Rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH1

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AVR-Pik protein
分子量 formula_weight	10827.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

METGNKYIEKRAIDLSRERDPNFFDHPGIPVPECFWFMFKNNVRQDAGTCYSSWKMDMKVGPNWVHIKSDDNCNLSGDFPPGWIVLGKKRPGF

来源 Source

来源生物 organism	Magnaporthe oryzae
通用名 common_name	Rice blast fungus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	318829
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6g10A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	6g10B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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晶胞边长 a length_a	40.500 Å
晶胞边长 b length_b	66.261 Å
晶胞边长 c length_c	45.739 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.350 Å
最低分辨率 resolution_low	42.000 Å
R 因子 r_factor	0.1447
R_work r_work	0.1427
R_free r_free	0.1835

Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikD with the HMA domain of Pikp-1 from rice (Oryza sativa)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Resistance protein Pikp-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

AVR-Pik protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6g10__assembly_1__model_1

6g10__assembly_1__model_1 | I(q)

6g10__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikD with the HMA domain of Pikp-1 from rice (Oryza sativa)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Resistance protein Pikp-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AVR-Pik protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6g10__assembly_1__model_1

6g10__assembly_1__model_1 | I(q)

6g10__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)