SAXSdb — 6g63

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease E

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 4 RNA 1	;RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 1–510 作者链 G； PDB构建体 1–510； UniProt 1–510 作者链 L； PDB构建体 1–510； UniProt 1–510 作者链 N； PDB构建体 1–510； UniProt 1–510

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6g63
沉积日期 deposition_date	2018-03-31
结构标题 title	RNase E in complex with sRNA RrpA
关键词 keywords	RNase E, small regulatory RNA, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6g63__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6g63__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6g63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.90 Å
Rg（电子密度）	45.72 Å
总 Rg	45.91 Å
原子数	31975
残基数	1997
排除体积	284740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6g63__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonuclease E
分子量 formula_weight	57495.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.12
突变 mutation	D303R,D346R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,L,N
原子数 atom_count	31975

MKRMLINATQQEELRVALVDGQRLYDLDIESPGHEQKKANIYKGKITRIEPSLEAAFVDYGAERHGFLPLKEIAREYFPANYSAHGRPNIKDVLREGQEVIVQIDKEERGNKGAALTTFISLAGSYLVLMPNNPRAGGISRRIEGDDRTELKEALASLELPEGMGLIVRTAGVGKSAEALQWDLSFRLKHWEAIKKAAESRPAPFLIHQESNVIVRAFRDYLRQDIGEILIDNPKVLELARQHIAALGRPDFSSKIKLYTGEIPLFSHYQIESQIESAFQREVRLPSGGSIVIDSTEALTAIRINSARATRGGDIEETAFNTNLEAADEIARQLRLRDLGGLIVIRFIDMTPVRHQRAVENRLREAVRQDRARIQISHISRFGLLEMSRQRLSPSLGESSHHVCPRCSGTGTVRDNESLSLSILRLIEEEALKENTQEVHAIVPVPIASYLLNEKRSAVNAIETRQDGVRCVIVPNDQMETPHYHVLRVRKGEETPTLSYMLPKLHEEAM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	8057.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AAAAAAAAAAAANNNNUUUUUUUUUUU

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	324.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6g63A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	6g63A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonuclease E, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6g63G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	6g63G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonuclease E, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6g63L02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonuclease E, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6g63N02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonuclease E, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	110.630 Å
晶胞边长 b length_b	110.630 Å
晶胞边长 c length_c	466.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.950 Å
最低分辨率 resolution_low	19.947 Å
R 因子 r_factor	0.2757
R_work r_work	0.2747
R_free r_free	0.2962

RNase E in complex with sRNA RrpA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6g63__assembly_1__model_1

6g63__assembly_1__model_1 | I(q)

6g63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

RNase E in complex with sRNA RrpA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6g63__assembly_1__model_1

6g63__assembly_1__model_1 | I(q)

6g63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)