6gbu

Crystal structure of the second SH3 domain of FCHSD2 (SH3-2) in complex with the fourth SH3 domain of ITSN1 (SH3d)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-BAR and double SH3 domains protein 2

Homo sapiens

UniProt O94868

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 511–573 链 C; UniProt 511–573 链 E; UniProt 511–573 链 G; UniProt 511–573 未记录 Intersectin-1 × 4 (Q15811) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;0.5M ammonium sulfate, 10% Glycerol, Tris pH8.5 分辨率 3.44 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCSD2_HUMAN
Isoform O94868-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–63; UniProt 511–573 作者链 C; PDB构建体 1–63; UniProt 511–573 作者链 E; PDB构建体 1–63; UniProt 511–573 作者链 G; PDB构建体 1–63; UniProt 511–573

Intersectin-1

Homo sapiens

UniProt Q15811

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1069–1133 链 D; UniProt 1069–1133 链 F; UniProt 1069–1133 链 H; UniProt 1069–1133 未记录 F-BAR and double SH3 domains protein 2 × 4 (O94868) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;0.5M ammonium sulfate, 10% Glycerol, Tris pH8.5 分辨率 3.44 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITSN1_HUMAN
Isoform Q15811-9
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–65; UniProt 1069–1133 作者链 D; PDB构建体 1–65; UniProt 1069–1133 作者链 F; PDB构建体 1–65; UniProt 1069–1133 作者链 H; PDB构建体 1–65; UniProt 1069–1133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6gbu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6gbu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6gbu
沉积日期 deposition_date2018-04-16
结构标题 titleCrystal structure of the second SH3 domain of FCHSD2 (SH3-2) in complex with the fourth SH3 domain of ITSN1 (SH3d)
关键词 keywordsSH3-SH3 complex, Endocytosis; ENDOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.09
零角强度 I(0) i040227900.00
分子量 molecular_weight50390.0 kDa
排除体积 excluded_volume63511 ų
包络体积 envelope_volume87582 ų
水化壳体积 shell_volume26632 ų
包络直径 envelope_diameter95.7
壳层 Rg shell_rg34.57
包络 Rg envelope_rg27.21
形状 Rg shape_rg28.09
总 Rg total_rg28.85
总原子数 total_atoms3581
残基数 n_residues473
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.2
Rg (实空间) rg_real28.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real4.0230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40230000.0000
解质量估计 total_estimate0.9125
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.1
偏度 Skewness skewness0.222
峰度 Kurtosis kurtosis-0.553
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5042000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.958

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6gbuA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id6gbuB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id6gbuC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id6gbuD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id6gbuE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id6gbuF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id6gbuG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id6gbuH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)