SAXSdb — 6gfb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galectin-3-binding protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 124–250 链 B； UniProt 124–250	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；9% PEG 8000 0.2M zinc acetate 0.1M imidazole pH 6.8	分辨率 2.08 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GFB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BY2 STRUCTURE OF M2BP SCAVENGER RECEPTOR CYSTEINE-RICH DOMAIN 提交 1998-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–133（115 aa）片段：SCAVENGER RECEPTOR CYSTEINE-RICH (SRCR) DOMAIN	突变：N-TERMINAL APLA	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.218

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LG3BP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–129； UniProt 124–250 作者链 B； PDB构建体 3–129； UniProt 124–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gfb
沉积日期 deposition_date	2018-04-29
结构标题 title	Structure of the BTB/POZ domain of human 90K
关键词 keywords	BTB/POZ domain, 90K, HIV restriction factor, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.61 Å
零角强度 I(0) i0	13484300.00
分子量 molecular_weight	26691.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33092 Å³
包络体积 envelope_volume	39936 Å³
水化壳体积 shell_volume	17348 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.94 Å
包络 Rg envelope_rg	20.91 Å
形状 Rg shape_rg	20.54 Å
总 Rg total_rg	21.58 Å
总原子数 total_atoms	1863
残基数 n_residues	242
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8454
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.505
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.200
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3009000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.930

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Galectin-3-binding protein
分子量 formula_weight	18086.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1905

RSTNETRSTHTLDLSRELSEALGQIFDSQRGCDLSISVNVQGEDALGFCGHTVILTANLEAQALWKEPGSNVTMSVDAECVPMVRDLLRYFYSRRIDITLSSVKCFHKLASAYGARQLQGYCASLFAILSRDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.340 Å
晶胞边长 b length_b	70.340 Å
晶胞边长 c length_c	105.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	20.770 Å
R 因子 r_factor	0.2099
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2433

fit	/app/data/saxs_computation/gf/6gfb/6gfb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gf/6gfb/6gfb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gf/6gfb/6gfb.dat

Structure of the BTB/POZ domain of human 90K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galectin-3-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction