SAXSdb — 6gff

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming growth factor beta-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 4 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–278 链 B； UniProt 279–390 链 C； UniProt 30–278 链 D； UniProt 279–390	片段：LAP 片段：Mature	Leucine-rich repeat-containing protein 32 × 1 （Q14392） MHG-8 Fab light chain × 1 MHG-8 Fab heavy chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；15% (w/v) PEG4000, 0.1 M HEPES pH 6.75	分辨率 3.10 Å R-free 0.268
2	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 3 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 30–278 链 F； UniProt 279–390 链 G； UniProt 30–278 链 H； UniProt 279–390	片段：LAP 片段：Mature	Leucine-rich repeat-containing protein 32 × 1 （Q14392） MHG-8 Fab light chain × 1 MHG-8 Fab heavy chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；15% (w/v) PEG4000, 0.1 M HEPES pH 6.75	分辨率 3.10 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GFF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KLA SOLUTION STRUCTURE OF TGF-B1, NMR, MODELS 1-17 OF 33 STRUCTURES 提交 1996-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.2	分辨率未提供
1KLC SOLUTION STRUCTURE OF TGF-B1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.2	分辨率未提供
1KLD SOLUTION STRUCTURE OF TGF-B1, NMR, MODELS 18-33 OF 33 STRUCTURES 提交 1996-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.2	分辨率未提供
3KFD Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily 提交 2009-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；8-15% Peg 4000-8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3KFD Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily 提交 2009-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 279–390（112 aa）链 D 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；8-15% Peg 4000-8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3KFD Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily 提交 2009-10-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）链 C 279–390（112 aa）链 D 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；8-15% Peg 4000-8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
4KV5 scFv GC1009 in complex with TGF-beta1. 提交 2013-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 279–390（112 aa）片段：unp residues 279-390 链 D 279–390（112 aa）片段：unp residues 279-390	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；294 K；16% PEG 4K, 0.1 M citrate, 4% 2-propanol , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
4KV5 scFv GC1009 in complex with TGF-beta1. 提交 2013-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–390（112 aa）片段：unp residues 279-390 链 B 279–390（112 aa）片段：unp residues 279-390	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；294 K；16% PEG 4K, 0.1 M citrate, 4% 2-propanol , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5FFO Integrin alpha V beta 6 in complex with pro-TGF-beta 提交 2015-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 34–390（357 aa）片段：UNP residues 34-390 链 D 34–390（357 aa）片段：UNP residues 34-390 链 G 34–390（357 aa）片段：UNP residues 34-390 链 H 34–390（357 aa）片段：UNP residues 34-390	未记录	CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG8000 0.1M Immidazole	分辨率 3.49 Å R-free 0.277
5VQP Crystal structure of human pro-TGF-beta1 提交 2017-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–390（361 aa）	突变：C4S,N107Q,N147Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；289 K；100 mM MES pH6.3, 1.68 M Ammonium Sulfate, 11% Dioxane	分辨率 2.90 Å R-free 0.293
6P7J Crystal structure of Latency Associated Peptide unbound to TGF-beta1 提交 2019-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–278（249 aa）	突变：R249A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 4.6；293 K；Reservoir composition: 20% PEG3350, 300 mM NaAc pH 4.6	分辨率 3.50 Å R-free 0.322
7Y1R Human L-TGF-beta1 in complex with the anchor protein LRRC33 提交 2022-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–390（361 aa）链 B 30–390（361 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.01 Å
7Y1T Complex of integrin alphaV/beta8 and L-TGF-beta1 at a ratio of 1:2 提交 2022-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–390（361 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8C7H Cryo-EM Map of the latTGF-beta LHG-10 Fab complex 提交 2023-01-16	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 30–278（249 aa）片段：LAP 链 B 279–390（112 aa）片段：Mature 链 C 30–278（249 aa）片段：LAP 链 D 279–390（112 aa）片段：Mature	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8REW CryoEM structure of human GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fragment derived from an activating antibody. 提交 2023-12-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–390（390 aa）片段：LAP 链 B 1–390（390 aa）片段：LAP 链 C 1–390（390 aa）片段：LAP 链 D 1–390（390 aa）片段：LAP	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
8UDZ The Structure of LTBP-49247 Fab Bound to TGFbeta1 Small Latent Complex 提交 2023-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 30–390（361 aa）链 B 30–390（361 aa）	突变：C33S, R278A 突变：C33S, R278A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；15% PEG 3350, 12% Tacsimate (pH 4.0), 10 mM Magnesium Chloride	分辨率 2.21 Å R-free 0.264
8VSC L-TGF-b1/GARP 提交 2024-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–390（390 aa）链 B 1–390（390 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9FDY Betaglycan Orphan Domain (ratBGo) in complex with TGF-b1 and extracellular domain of TGFBRII 提交 2024-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 279–390（112 aa）片段：Mature 链 B 279–390（112 aa）片段：Mature	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9FKP Zebrafish Betaglycan Orphan Domain (zfBGo) in complex with TGF-b1 and extracellular domain of TGFBRII 提交 2024-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 279–390（112 aa）片段：Mature 链 B 279–390（112 aa）片段：Mature	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
9VJJ Crystal Structure of human Latent TGF-beta1 in complex with SOF10 提交 2025-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 30–390（361 aa）链 B 30–390（361 aa）	突变：C33S 突变：C33S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Imidazole hydrochloride (pH 8.0), 10.0% w/v Polyethylene glycol 8000	分辨率 2.48 Å R-free 0.310

共 17 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TGFB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–249； UniProt 30–278 作者链 C； PDB构建体 1–249； UniProt 30–278 作者链 E； PDB构建体 1–249； UniProt 30–278 作者链 G； PDB构建体 1–249； UniProt 30–278 作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 279–390 作者链 D； PDB构建体 1–112； UniProt 279–390 作者链 F； PDB构建体 1–112； UniProt 279–390 作者链 H； PDB构建体 1–112； UniProt 279–390

Leucine-rich repeat-containing protein 32

Homo sapiens

UniProt Q14392

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 4 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 20–628	未记录	Transforming growth factor beta-1 × 2 （P01137） Transforming growth factor beta-1 × 2 （P01137） MHG-8 Fab light chain × 1 MHG-8 Fab heavy chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；15% (w/v) PEG4000, 0.1 M HEPES pH 6.75	分辨率 3.10 Å R-free 0.268
2	其他组合异源复合物蛋白 × 7 其他聚合物 3 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 20–628	未记录	Transforming growth factor beta-1 × 2 （P01137） Transforming growth factor beta-1 × 2 （P01137） MHG-8 Fab light chain × 1 MHG-8 Fab heavy chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；15% (w/v) PEG4000, 0.1 M HEPES pH 6.75	分辨率 3.10 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GFF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8C7H Cryo-EM Map of the latTGF-beta LHG-10 Fab complex 提交 2023-01-16	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 I 20–620（601 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8REW CryoEM structure of human GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fragment derived from an activating antibody. 提交 2023-12-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 E 1–628（628 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
8VSB L-TGF-b3/GARP 提交 2024-01-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 20–627（608 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
8VSC L-TGF-b1/GARP 提交 2024-01-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 20–627（608 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8VSD avb8/L-TGF-b1/GARP 提交 2024-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 26–591（566 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LRC32_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–609； UniProt 20–628 作者链 J； PDB构建体 1–609； UniProt 20–628

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gff
沉积日期 deposition_date	2018-04-30
结构标题 title	Structure of GARP (LRRC32) in complex with latent TGF-beta1 and MHG-8 Fab
关键词 keywords	GARP, TGF-B1, Activation, Treg, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.17 Å
零角强度 I(0) i0	1403480000.00
分子量 molecular_weight	307520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	382390 Å³
包络体积 envelope_volume	578100 Å³
水化壳体积 shell_volume	92245 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.0 Å
壳层 Rg shell_rg	54.49 Å
包络 Rg envelope_rg	52.67 Å
形状 Rg shape_rg	53.24 Å
总 Rg total_rg	52.94 Å
总原子数 total_atoms	21668
残基数 n_residues	2953
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	181.7 Å
Rg (实空间) rg_real	53.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4030e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4850e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1403000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8482
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.487
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.075
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	109500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.628

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transforming growth factor beta-1
分子量 formula_weight	28531.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	21668

LSTCKTIDMELVKRKRIEAIRGQILSKLRLASPPSQGEVPPGPLPEAVLALYNSTRDRVAGESAEPEPEPEADYYAKEVTRVLMVETHNEIYDKFKQSTHSIYMFFNTSELREAVPEPVLLSRAELRLLRLKLKVEQHVELYQKYSNNSWRYLSNRLLAPSDSPEWLSFDVTGVVRQWLSRGGEIEGFRLSAHCSCDSRDNTLQVDINGFTTGRRGDLATIHGMNRPFLLLMATPLERAQHLQSSRHRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transforming growth factor beta-1
分子量 formula_weight	12809.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

ALDTNYCFSSTEKNCCVRQLYIDFRKDLGWKWIHEPKGYHANFCLGPCPYIWSLDTQYSKVLALYNQHNPGASAAPCCVPQALEPLPIVYYVGRKPKVEQLSNMIVRSCKCS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat-containing protein 32
分子量 formula_weight	67235.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

HQDKVPCKMVDKKVSCQVLGLLQVPSVLPPDTETLDLSGNQLRSILASPLGFYTALRHLDLSTNEISFLQPGAFQALTHLEHLSLAHNRLAMATALSAGGLGPLPRVTSLDLSGNSLYSGLLERLLGEAPSLHTLSLAENSLTRLTRHTFRDMPALEQLDLHSNVLMDIEDGAFEGLPRLTHLNLSRNSLTCISDFSLQQLRVLDLSCNSIEAFQTASQPQAEFQLTWLDLRENKLLHFPDLAALPRLIYLNLSNNLIRLPTGPPQDSKGIHAPSEGWSALPLSAPSGNASGRPLSQLLNLDLSYNEIELIPDSFLEHLTSLCFLNLSRNCLRTFEARRLGSLPCLMLLDLSHNALETLELGARALGSLRTLLLQGNALRDLPPYTFANLASLQRLNLQGNRVSPCGGPDEPGPSGCVAFSGITSLRSLSLVDNEIELLRAGAFLHTPLTELDLSSNPGLEVATGALGGLEASLEVLALQGNGLMVLQVDLPCFICLKRLNLAENRLSHLPAWTQAVSLEVLDLRNNSFSLLPGSAMGGLETSLRRLYLQGNPLSCCGNGWLAAQLHQGRVDVDATQDLICRFSSQEEVSLSHVRPEDCEKGGLKNINLEAAENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	MHG-8 Fab light chain
分子量 formula_weight	23376.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,M

DIQVTQSSSYLSVSLGDRVTITCKASDHIKNWLAWYQQKPGIAPRLLVSGATSLEAGVPSRFSGSGSGKNFTLSITSLQTEDVATYYCQQYWSTPWTFGGGTTLEIRRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	MHG-8 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23832.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,N

QVQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTGYGINWVRQPPGKGLEWLGMIWSDGSTDYNSVLTSRLRISKDNSNSQVFLKMNSLQVDDTARYYCARDRNYYDYDGAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d6gffb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d6gffd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d6gfff_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d6gffh_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d6gffk1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6gffk2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d6gffl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6gffm_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6gffn_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6gffG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 —

结构域编号 domain_id	6gffK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6gffK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6gffL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	103.860 Å
晶胞边长 b length_b	175.010 Å
晶胞边长 c length_c	145.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	29.921 Å
R 因子 r_factor	0.2348
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2684

fit	/app/data/saxs_computation/gf/6gff/6gff.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gf/6gff/6gff.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gf/6gff/6gff.dat

Structure of GARP (LRRC32) in complex with latent TGF-beta1 and MHG-8 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming growth factor beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Leucine-rich repeat-containing protein 32

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)