SAXSdb — 6ghb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein Spx

Bacillus subtilis (strain 168)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–131	未记录	UPF0413 protein GK0824 × 1 （Q5L1S1） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na-HEPES pH 7.5, MgCl2 and PEG400	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–131	未记录	UPF0413 protein GK0824 × 1 （Q5L1S1） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na-HEPES pH 7.5, MgCl2 and PEG400	分辨率 3.10 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GHB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z3E Crystal Structure of Spx in Complex with the C-terminal Domain of the RNA Polymerase Alpha Subunit 提交 2005-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）片段：transcription regulator	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；273 K；lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K	分辨率 1.50 Å R-free 0.220
3GFK Crystal structure of Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain complex 提交 2009-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；vapor diffusion against 6% (w/v) PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 10 micromolar CuCl2, protein concentration 11.5 mg/mL, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
3IHQ Crystal Structure of Reduced C10S Spx in Complex with the Alpha C-terminal Domain of RNA Polymeras 提交 2009-07-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）	突变：C10S	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；273 K；25-30% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M magnesium chloride, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.90 Å R-free 0.278
6GHO Crystal structure of Spx in complex with YjbH 提交 2018-05-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 3350, MgCl2 and Bis-Tris pH 6.0	分辨率 1.79 Å R-free 0.221

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPX_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–132； UniProt 1–131 作者链 C； PDB构建体 2–132； UniProt 1–131

UPF0413 protein GK0824

Geobacillus kaustophilus (strain HTA426)

UniProt Q5L1S1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–297	未记录	Regulatory protein Spx × 1 （O31602） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na-HEPES pH 7.5, MgCl2 and PEG400	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–297	未记录	Regulatory protein Spx × 1 （O31602） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na-HEPES pH 7.5, MgCl2 and PEG400	分辨率 3.10 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GHB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6GHO Crystal structure of Spx in complex with YjbH 提交 2018-05-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–297（297 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 3350, MgCl2 and Bis-Tris pH 6.0	分辨率 1.79 Å R-free 0.221

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y824_GEOKA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–298； UniProt 1–297 作者链 D； PDB构建体 2–298； UniProt 1–297

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ghb
沉积日期 deposition_date	2018-05-06
结构标题 title	Crystal structure of Spx in complex with YjbH (oxidized)
关键词 keywords	Regulatory protein spx Adaptor protein YjbH, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.94 Å
零角强度 I(0) i0	109351000.00
分子量 molecular_weight	87255.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110190 Å³
包络体积 envelope_volume	150460 Å³
水化壳体积 shell_volume	32787 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.4 Å
壳层 Rg shell_rg	43.31 Å
包络 Rg envelope_rg	38.66 Å
形状 Rg shape_rg	39.94 Å
总 Rg total_rg	40.13 Å
总原子数 total_atoms	6142
残基数 n_residues	769
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	109300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7455
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.850
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.621; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.562; Smooth: 0.263

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Regulatory protein Spx
分子量 formula_weight	15639.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6155

SMVTLYTSPSCTSCRKARAWLEEHEIPFVERNIFSEPLSIDEIKQILRMTEDGTDEIISTRSKVFQKLNVNVESMPLQDLYRLINEHPGLLRRPIIIDEKRLQVGYNEDEIRRFLPRKVRSFQLREAQRLAN

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis (strain 168)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	UPF0413 protein GK0824
分子量 formula_weight	33716.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SMSEKFAGKTTSTCYPSQPLGNTNKPLELYLFIDPLCPECWGLEPVIKKLTIEYGRFFTLRHILSGTWATWSARKGTKPEAMAKAWEWAANRTGMSCDGSVWLENPISSPFAPSLAIKAAEMQGKRAGLRFLRKLQEQLFLEKQNVADLSVLAECAVKAGLDVDEFLRDMHSPGAAKAFQCDLKITSEMDVDEIPTLVLFNENIEDEGIKISGCYPYDIYVELIAEMLGFHPEPSSPPPLESFLSHFKFVATKEVAVVYNWTIQEAETEMKKLQLKQKVERVPVKHGTFWRYIDDSRP

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus kaustophilus (strain HTA426)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	235909
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6ghba1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.12 — ArsC-like

结构域编号 domain_id	d6ghba2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6ghbc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.12 — ArsC-like

结构域编号 domain_id	d6ghbc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6ghbA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6ghbC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.596 Å
晶胞边长 b length_b	88.704 Å
晶胞边长 c length_c	117.467 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.104 Å
最低分辨率 resolution_low	48.429 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2216
R_free r_free	0.2659

fit	/app/data/saxs_computation/gh/6ghb/6ghb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gh/6ghb/6ghb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gh/6ghb/6ghb.dat

Crystal structure of Spx in complex with YjbH (oxidized)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein Spx

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

UPF0413 protein GK0824

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)