6gu7

CDK1/Cks2 in complex with AZD5438

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.0 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–297	未记录	Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 × 1 （P33552） FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–297	未记录	Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 × 1 （P33552）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–297	未记录	Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 × 1 （P33552）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–297	未记录	Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 × 1 （P33552）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR	分辨率 2.75 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4Y72 Human CDK1/CyclinB1/CKS2 With Inhibitor 提交 2015-02-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：TRIMERIC	链 A 1–297（297 aa）	未记录	LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；Conditions around 0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
4YC3 CDK1/CyclinB1/CKS2 Apo 提交 2015-02-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
4YC6 CDK1/CKS1 提交 2015-02-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.3；277 K；16-18% PEG 10 000, 0.1M imidazole pH 8.2 -8.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
4YC6 CDK1/CKS1 提交 2015-02-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.3；277 K；16-18% PEG 10 000, 0.1M imidazole pH 8.2 -8.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
4YC6 CDK1/CKS1 提交 2015-02-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.3；277 K；16-18% PEG 10 000, 0.1M imidazole pH 8.2 -8.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
4YC6 CDK1/CKS1 提交 2015-02-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.3；277 K；16-18% PEG 10 000, 0.1M imidazole pH 8.2 -8.4	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
5HQ0 Ternary complex of human proteins CDK1, Cyclin B and CKS2, bound to an inhibitor 提交 2016-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–297（297 aa）片段：Fall Armyworm	未记录	LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1 M MES pH6.7, 6.55 MPD, 5% PEG4K, 10% PEG 1K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML	分辨率 2.06 Å R-free 0.254
5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–297（297 aa）	未记录	4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML	分辨率 2.06 Å R-free 0.254
6GU2 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with Flavopiridol 提交 2018-06-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	F9Z 2-(2-chlorophenyl)-8-[(3~{R},4~{R})-1-methyl-3-oxidanyl-piperidin-4-yl]-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
6GU3 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.65 Å R-free 0.258
6GU4 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with CGP74514A 提交 2018-06-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	FC8 ~{N}2-[(1~{R},2~{S})-2-azanylcyclohexyl]-~{N}6-(3-chlorophenyl)-9-ethyl-purine-2,6-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.73 Å R-free 0.253
6GU6 CDK1/Cks2 in complex with Dinaciclib 提交 2018-06-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	1QK 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M BIS-TRIS(PH6.5), 0.2M SODIUM NITRATE 20% PEG3350, PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5Mm INHIBITOR	分辨率 2.33 Å R-free 0.246
6TWN Crystal structure of Talin1 R7R8 in complex with CDK1 (206-223) 提交 2020-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 207–223（17 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M Na citrate pH 5.6, 20% Isopropanol and 20% PEG4K	分辨率 2.28 Å R-free 0.262
6TWN Crystal structure of Talin1 R7R8 in complex with CDK1 (206-223) 提交 2020-01-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 207–223（17 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M Na citrate pH 5.6, 20% Isopropanol and 20% PEG4K	分辨率 2.28 Å R-free 0.262
7NJ0 CryoEM structure of the human Separase-Cdk1-cyclin B1-Cks1 complex 提交 2021-02-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–297（297 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9SKQ Cryo-EM structure of CAK-CDK1-cyclin B1 提交 2025-09-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–297（297 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 12 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–302； UniProt 1–297 作者链 C； PDB构建体 6–302； UniProt 1–297 作者链 E； PDB构建体 6–302； UniProt 1–297 作者链 G； PDB构建体 6–302； UniProt 1–297

Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2

Homo sapiens

UniProt P33552

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–79	未记录	Cyclin-dependent kinase 1 × 1 （P06493） FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–79	未记录	Cyclin-dependent kinase 1 × 1 （P06493）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–79	未记录	Cyclin-dependent kinase 1 × 1 （P06493）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–79	未记录	Cyclin-dependent kinase 1 × 1 （P06493）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M TRIS/BICINE (PH8.5), 10% PEG8K, 20% ETHYLENE GLYCOL PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5mM INHIBITOR	分辨率 2.75 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6GU7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CKS HUMAN CKSHS2 ATOMIC STRUCTURE: A ROLE FOR ITS HEXAMERIC ASSEMBLY IN CELL CYCLE CONTROL 提交 1993-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–79（79 aa）链 B 1–79（79 aa）链 C 1–79（79 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
4Y72 Human CDK1/CyclinB1/CKS2 With Inhibitor 提交 2015-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：TRIMERIC	链 C 1–79（79 aa）片段：residues 165-433	未记录	LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；Conditions around 0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
4YC3 CDK1/CyclinB1/CKS2 Apo 提交 2015-02-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–79（79 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5HQ0 Ternary complex of human proteins CDK1, Cyclin B and CKS2, bound to an inhibitor 提交 2016-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–79（79 aa）	未记录	LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1 M MES pH6.7, 6.55 MPD, 5% PEG4K, 10% PEG 1K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–79（79 aa）	未记录	4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML	分辨率 2.06 Å R-free 0.254
5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–79（79 aa）	未记录	4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML	分辨率 2.06 Å R-free 0.254
6GU2 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with Flavopiridol 提交 2018-06-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–79（79 aa）	未记录	F9Z 2-(2-chlorophenyl)-8-[(3~{R},4~{R})-1-methyl-3-oxidanyl-piperidin-4-yl]-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
6GU3 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–79（79 aa）	未记录	FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.65 Å R-free 0.258
6GU4 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with CGP74514A 提交 2018-06-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–79（79 aa）	未记录	FC8 ~{N}2-[(1~{R},2~{S})-2-azanylcyclohexyl]-~{N}6-(3-chlorophenyl)-9-ethyl-purine-2,6-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.73 Å R-free 0.253
6GU6 CDK1/Cks2 in complex with Dinaciclib 提交 2018-06-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–79（79 aa）	未记录	1QK 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；CONDITIONS AROUND 0.1M BIS-TRIS(PH6.5), 0.2M SODIUM NITRATE 20% PEG3350, PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5Mm INHIBITOR	分辨率 2.33 Å R-free 0.246

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CKS2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–84； UniProt 1–79 作者链 D； PDB构建体 6–84； UniProt 1–79 作者链 F； PDB构建体 6–84； UniProt 1–79 作者链 H； PDB构建体 6–84； UniProt 1–79

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gu7
沉积日期 deposition_date	2018-06-19
结构标题 title	CDK1/Cks2 in complex with AZD5438
关键词 keywords	CDK1, CKS2, INHIBITOR, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.20 Å
零角强度 I(0) i0	394924000.00
分子量 molecular_weight	166610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211210 Å³
包络体积 envelope_volume	286520 Å³
水化壳体积 shell_volume	65360 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.96 Å
包络 Rg envelope_rg	34.02 Å
形状 Rg shape_rg	35.18 Å
总 Rg total_rg	35.90 Å
总原子数 total_atoms	11768
残基数 n_residues	1427
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	395000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9021
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.006
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	63780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.926

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 1
分子量 formula_weight	34553.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22,2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	11781

GPLGSMEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRHPNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCHSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKNTFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLIYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
分子量 formula_weight	10290.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GPLGSMAHKQIYYSDKYFDEHYEYRHVMLPRELSKQVPKTHLMSEEEWRRLGVQQSLGWVHYMIHEPEPHILLFRRPLPKDQQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine
分子量 formula_weight	371.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6gu7a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d6gu7b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family family	d.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins

结构域编号 domain_id	d6gu7c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d6gu7d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family family	d.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins

结构域编号 domain_id	d6gu7e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d6gu7f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family family	d.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins

结构域编号 domain_id	d6gu7g_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d6gu7h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family family	d.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6gu7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	6gu7A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	6gu7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit

结构域编号 domain_id	6gu7C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	6gu7C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	6gu7D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit

结构域编号 domain_id	6gu7E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	6gu7E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	6gu7F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit

结构域编号 domain_id	6gu7G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	6gu7G02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	6gu7H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	67.995 Å
晶胞边长 b length_b	149.202 Å
晶胞边长 c length_c	87.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	87.350 Å
R 因子 r_factor	0.2292
R_work r_work	0.2269
R_free r_free	0.2737

fit	/app/data/saxs_computation/gu/6gu7/6gu7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gu/6gu7/6gu7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gu/6gu7/6gu7.dat

CDK1/Cks2 in complex with AZD5438

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)