SAXSdb — 6h2y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein GNA1870

Neisseria meningitidis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 32–281	未记录	Heavy chain × 1 Light chain × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；Molecular Dimensions Morpheus HT-96 screen, well D9	分辨率 2.65 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6H2Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4AYI Structure of a complex between CCPs 6 and 7 of Human Complement Factor H and Neisseria meningitidis FHbp Variant 3 Wild type 提交 2012-06-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–281（250 aa）片段：RESIDUES 32-281	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.2 M IMIDAZOLE PH 6 20% PEG 4000	分辨率 2.31 Å R-free 0.252
4AYM Structure of a complex between CCPs 6 and 7 of Human Complement Factor H and Neisseria meningitidis FHbp Variant 3 P106A mutant 提交 2012-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 32–281（250 aa）片段：RESIDUES 32-281	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.2 M IMIDAZOLE PH 6, 20% PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
4AYM Structure of a complex between CCPs 6 and 7 of Human Complement Factor H and Neisseria meningitidis FHbp Variant 3 P106A mutant 提交 2012-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–281（250 aa）片段：RESIDUES 32-281	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.2 M IMIDAZOLE PH 6, 20% PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.257

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q19KF7_NEIME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 13–262； UniProt 32–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6h2y
沉积日期 deposition_date	2018-07-17
结构标题 title	human Fab 1E6 bound to fHbp variant 3 from Neisseria meningitidis serogroup B
关键词 keywords	fHbp, Human Fab, Neisseria, Antigen-antibody Complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.38 Å
零角强度 I(0) i0	84271700.00
分子量 molecular_weight	71936.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89819 Å³
包络体积 envelope_volume	116720 Å³
水化壳体积 shell_volume	32988 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.21 Å
包络 Rg envelope_rg	31.41 Å
形状 Rg shape_rg	31.34 Å
总 Rg total_rg	31.94 Å
总原子数 total_atoms	5057
残基数 n_residues	661
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8433
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.554
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.260
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.761; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.894; Smooth: 0.781

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lipoprotein GNA1870
分子量 formula_weight	29969.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	5135

MGPDSDRLQQRRVAADIGTGLADALTAPLDHKDKGLKSLTLEDSIPQNGTLTLSAQGAEKTFKAGDKDNSLNTGKLKNDKISRFDFVQKIEVDGQTITLASGEFQIYKQNHSAVVALQIEKINNPDKTDSLINQRSFLVSGLGGEHTAFNQLPGGKAEYHGKAFSSDDPNGRLHYSIDFTKKQGYGRIEHLKTLEQNVELAAAELKADEKSHAVILGDTRYGSEEKGTYHLALFGDRAQEIAGSATVKIGEKVHEIGIAGKQKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria meningitidis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	487
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain
分子量 formula_weight	23559.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTVIDYPITWVRQAPGQGLEWVGGFVPLFRTSNYGQKFQGRVTITADKSTSTASMELNSLTSEDTAIYYCARGDTAMGPFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Light chain
分子量 formula_weight	23098.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

VVSYVLTQPPSLSVAPGKTATLTCGGNNIAGKTVHWYQQRPGQAPVLVISYDSDRPSGIPERFSGSNSANTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDRNSDHWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6h2yh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6h2yl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6h2yl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	6h2yD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 —

结构域编号 domain_id	6h2yD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	6h2yH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6h2yL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6h2yL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.979 Å
晶胞边长 b length_b	65.279 Å
晶胞边长 c length_c	278.828 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	63.561 Å
R 因子 r_factor	0.2083
R_work r_work	0.2047
R_free r_free	0.2746

fit	/app/data/saxs_computation/h2/6h2y/6h2y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h2/6h2y/6h2y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h2/6h2y/6h2y.dat

human Fab 1E6 bound to fHbp variant 3 from Neisseria meningitidis serogroup B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein GNA1870

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)