SAXSdb — 6h5t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intersectin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 741–835	未记录	7PG 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% (v/v) polyethylene glycol 550 mono-methyl ether, 100 mM MES-NaOH at pH 6.5, and 10 mM ZnSO4	分辨率 1.69 Å R-free 0.191
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 741–835	未记录	7PG 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% (v/v) polyethylene glycol 550 mono-methyl ether, 100 mM MES-NaOH at pH 6.5, and 10 mM ZnSO4	分辨率 1.69 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6H5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KI1 Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 提交 2001-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1229–1581（353 aa）片段：Dbl homology and Pleckstrin homology domains (residues 1229-1580)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
1KI1 Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 提交 2001-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1229–1581（353 aa）片段：Dbl homology and Pleckstrin homology domains (residues 1229-1580)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
2KGR Solution structure of protein ITSN1 from Homo sapiens. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5524A 提交 2009-03-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 210–312（103 aa）片段：residues 210-312	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] protein-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KHN NMR solution structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646E. 提交 2009-04-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–111（111 aa）片段：UNP residues 1-111	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）430；压力 ambient NMR样品组成 0.87 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HR3646E-1, 20 mM MES-2, 200 mM sodium chloride-3, 5 mM calcium chloride-4, 10 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.81 mM [U-5% 13C; U-98% 15N] HR3646E-7, 20 mM MES-8, 200 mM sodium chloride-9, 5 mM calcium chloride-10, 10 mM DTT-11, 0.02 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3FIA Crystal structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646e. 提交 2008-12-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–111（111 aa）片段：residues 1-111	突变：M1V, I14T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulfate, 12% glycerol, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, microbatch under oil , temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.176
3QBV Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin 提交 2011-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1229–1579（351 aa）片段：DH AND PH DOMAINS (UNP Residues 1229-1571)	突变：S1373E	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.65 Å R-free 0.284
3QBV Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin 提交 2011-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1229–1579（351 aa）片段：DH AND PH DOMAINS (UNP Residues 1229-1571)	突变：S1373E	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.65 Å R-free 0.284
4IIM Crystal structure of the Second SH3 Domain of ITSN1 bound with a synthetic peptide 提交 2012-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 916–970（55 aa）链 B 916–970（55 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；1.2 M NaCitrate and 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
4IIM Crystal structure of the Second SH3 Domain of ITSN1 bound with a synthetic peptide 提交 2012-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 916–970（55 aa）链 B 916–970（55 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；1.2 M NaCitrate and 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
5HZI Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1230–1308（79 aa）链 A 1238–1509（272 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
5HZI Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1230–1308（79 aa）链 B 1238–1509（272 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1230–1308（79 aa）链 A 1309–1580（272 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1230–1308（79 aa）链 B 1309–1580（272 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1230–1308（79 aa）链 B 1309–1580（272 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1230–1308（79 aa）链 D 1309–1580（272 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6GBU Crystal structure of the second SH3 domain of FCHSD2 (SH3-2) in complex with the fourth SH3 domain of ITSN1 (SH3d) 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1069–1133（65 aa）链 D 1069–1133（65 aa）链 F 1069–1133（65 aa）链 H 1069–1133（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.5M ammonium sulfate, 10% Glycerol, Tris pH8.5	分辨率 3.44 Å R-free 0.247

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITSN1_HUMAN
Isoform	Q15811-8
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–99； UniProt 741–835 作者链 B； PDB构建体 5–99； UniProt 741–835

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6h5t
沉积日期 deposition_date	2018-07-25
结构标题 title	Intersectin SH3A short isoform
关键词 keywords	SH3 domain, intersectin 1, splice isoform, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.00 Å
零角强度 I(0) i0	4753100.00
分子量 molecular_weight	15372.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19024 Å³
包络体积 envelope_volume	22964 Å³
水化壳体积 shell_volume	12194 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.0 Å
壳层 Rg shell_rg	21.73 Å
包络 Rg envelope_rg	17.38 Å
形状 Rg shape_rg	16.98 Å
总 Rg total_rg	17.92 Å
总原子数 total_atoms	1074
残基数 n_residues	132
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7530e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2130e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4753000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7733
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	18.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.321
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1078000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.881; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Intersectin-1
分子量 formula_weight	10733.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1310

GSHMKVVYYRALYPFESRSHDEITIQPGDIVMVDESQTGEPGWLGGELKGKTGWFPANYAEKIPENEVPAPVKPVTDSTSAPAPKLALRETPAPLAVTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL
分子量 formula_weight	384.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	169

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6h5ta1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6h5ta2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6h5tb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6h5tb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6h5tA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	6h5tB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.792 Å
晶胞边长 b length_b	86.792 Å
晶胞边长 c length_c	141.768 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.689 Å
最低分辨率 resolution_low	30.692 Å
R 因子 r_factor	0.1763
R_work r_work	0.1756
R_free r_free	0.1908

fit	/app/data/saxs_computation/h5/6h5t/6h5t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h5/6h5t/6h5t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h5/6h5t/6h5t.dat

Intersectin SH3A short isoform