6h8j

1.45 A resolution of Sporosarcina pasteurii urease inhibited in the presence of NBPTO

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease subunit gamma

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Urease subunit beta × 3 （P41021） Urease subunit alpha × 3 （A0A0H3YL32） 1,2-ETHANEDIOL × 39 SULFATE ION × 15 NICKEL (II) ION × 6 DIAMIDOPHOSPHATE × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0H3YGY5_SPOPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–100； UniProt 2–100

Urease subunit beta

物种未注明

UniProt P41021

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Urease subunit gamma × 3 （A0A0H3YGY5） Urease subunit alpha × 3 （A0A0H3YL32） 1,2-ETHANEDIOL × 39 SULFATE ION × 15 NICKEL (II) ION × 6 DIAMIDOPHOSPHATE × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	URE2_SPOPA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126

Urease subunit alpha

物种未注明

UniProt A0A0H3YL32

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Urease subunit gamma × 3 （A0A0H3YGY5） Urease subunit beta × 3 （P41021） 1,2-ETHANEDIOL × 39 SULFATE ION × 15 NICKEL (II) ION × 6 DIAMIDOPHOSPHATE × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0H3YL32_SPOPA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6h8j
沉积日期 deposition_date	2018-08-02
结构标题 title	1.45 A resolution of Sporosarcina pasteurii urease inhibited in the presence of NBPTO
关键词 keywords	HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6h8j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6h8j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6h8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.33 Å
Rg（电子密度）	38.42 Å
总 Rg	38.79 Å
原子数	18393
残基数	2370
排除体积	326490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6h8j__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Urease subunit gamma
分子量 formula_weight	11134.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7252

MHLNPAEKEKLQIFLASELALKRKARGLKLNYPEAVAIITSFIMEGARDGKTVAMLMEEGKHVLTRDDVMEGVPEMIDDIQAEATFPDGTKLVTVHNPIS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Urease subunit beta
分子量 formula_weight	13529.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NYIVPGEYRVAEGEIEINAGREKTTIRVSNTGDRPIQVGSHIHFVEVNKELLFDRAEGIGRRLNIPSGTAARFEPGEEMEVELTELGGNREVFGISDLTNGSVDNKELILQRAKELGYKGVE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Urease subunit alpha
分子量 formula_weight	61575.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKINRQQYAESYGPTVGDQVRLADTDLWIEVEKDYTTYGDEANFGGGKVLREGMGENGTYTRTENVLDLLLTNALILDYTGIYKADIGVKDGYIVGIGKGGNPDIMDGVTPNMIVGTATEVIAAEGKIVTAGGIDTHVHFINPDQVDVALANGITTLFGGGTGPAEGSKATTVTPGPWNIEKMLKSTEGLPINVGILGKGHGSSIAPIMEQIDAGAAGLKIHEDWGATPASIDRSLTVADEADVQVAIHSDTLNEAGFLEDTLRAINGRVIHSFHVEGAGGGHAPDIMAMAGHPNVLPSSTNPTRPFTVNTIDEHLDMLMVCHHLKQNIPEDVAFADSRIRPETIAAEDILHDLGIISMMSTDALAMGRAGEMVLRTWQTADKMKKQRGPLAEEKNGSDNFRAKRYVSKYTINPAIAQGIAHEVGSIEEGKFADLVLWEPKFFGVKADRVIKGGIIAYAQIGDPSASIPTPQPVMGRRMYGTVGDLIHDTNITFMSKSSIQQGVPAKLGLKRRIGTVKNCRNIGKKDMKWNDVTTDIDINPETYEVKVDGEVLTCEPVKELPMAQRYFLF

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DIAMIDOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	96.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	626

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6h8ja_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.8 — Urease, gamma-subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.8.1 — Urease, gamma-subunit
家族 Family family	d.8.1.1 — Urease, gamma-subunit

结构域编号 domain_id	d6h8jb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.3 — Urease, beta-subunit
家族 Family family	b.85.3.1 — Urease, beta-subunit

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6h8jA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	280 — Urease; subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, gamma-like subunit

结构域编号 domain_id	6h8jB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	150 — Urease, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, beta subunit

结构域编号 domain_id	6h8jC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Urease, subunit C; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, subunit C, domain 1

结构域编号 domain_id	6h8jC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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晶胞边长 a length_a	131.446 Å
晶胞边长 b length_b	131.446 Å
晶胞边长 c length_c	188.716 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	48.740 Å
R 因子 r_factor	0.1253
R_work r_work	0.1243
R_free r_free	0.1432

1.45 A resolution of Sporosarcina pasteurii urease inhibited in the presence of NBPTO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Urease subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Urease subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h8j__assembly_1__model_1

6h8j__assembly_1__model_1 | I(q)

6h8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

1.45 A resolution of Sporosarcina pasteurii urease inhibited in the presence of NBPTO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Urease subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Urease subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h8j__assembly_1__model_1

6h8j__assembly_1__model_1 | I(q)

6h8j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)