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6hbl

Echovirus 18 Open particle without three pentamers

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 267.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Echovirus 18 capsid protein 1

物种未注明

UniProt Q8V635

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 135 PDB 声明：45-meric（45） 计数不一致，待复核 链 A； UniProt 569–855 链 B； UniProt 70–329 链 C； UniProt 330–568 链 D； UniProt 569–855 链 E； UniProt 70–329 链 F； UniProt 330–568 链 G； UniProt 569–855 链 H； UniProt 70–329 链 I； UniProt 330–568 链 J； UniProt 569–855 链 K； UniProt 70–329 链 L； UniProt 330–568 链 M； UniProt 569–855 链 N； UniProt 70–329 链 O； UniProt 330–568 链 P； UniProt 569–855 链 Q； UniProt 70–329 链 R； UniProt 330–568 链 S； UniProt 569–855 链 T； UniProt 70–329 链 U； UniProt 330–568 链 V； UniProt 569–855 链 W； UniProt 70–329 链 X； UniProt 330–568 链 Y； UniProt 569–855 链 Z； UniProt 70–329 链 a； UniProt 330–568 链 b； UniProt 569–855 链 c； UniProt 70–329 链 d； UniProt 330–568 链 e； UniProt 569–855 链 f； UniProt 70–329 链 g； UniProt 330–568 链 h； UniProt 569–855 链 i； UniProt 70–329 链 j； UniProt 330–568 链 k； UniProt 569–855 链 l； UniProt 70–329 链 m； UniProt 330–568 链 n； UniProt 569–855 链 o； UniProt 70–329 链 p； UniProt 330–568 链 q； UniProt 569–855 链 r； UniProt 70–329 链 s； UniProt 330–568 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6HBL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6HBG Echovirus 18 native particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 60 GUN GUANINE × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å R-free 0.325
6HBH Echovirus 18 A-particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å R-free 0.323
6HBH Echovirus 18 A-particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å R-free 0.323
6HBH Echovirus 18 A-particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å R-free 0.323
6HBH Echovirus 18 A-particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å R-free 0.323
6HBH Echovirus 18 A-particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å R-free 0.323
6HBJ Echovirus 18 empty particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å R-free 0.336
6HBJ Echovirus 18 empty particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å R-free 0.336
6HBJ Echovirus 18 empty particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å R-free 0.336
6HBJ Echovirus 18 empty particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å R-free 0.336
6HBJ Echovirus 18 empty particle 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å R-free 0.336
6HBK Echovirus 18 Open particle without one pentamer 提交 2018-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 165 PDB 声明：165-meric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–328（259 aa）
链 C 330–568（239 aa）
链 D 569–855（287 aa）
链 E 70–328（259 aa）
链 F 330–568（239 aa）
链 G 569–855（287 aa）
链 H 70–328（259 aa）
链 I 330–568（239 aa）
链 J 569–855（287 aa）
链 K 70–328（259 aa）
链 L 330–568（239 aa）
链 M 569–855（287 aa）
链 N 70–328（259 aa）
链 O 330–568（239 aa）
链 P 569–855（287 aa）
链 Q 70–328（259 aa）
链 R 330–568（239 aa）
链 S 569–855（287 aa）
链 T 70–328（259 aa）
链 U 330–568（239 aa）
链 V 569–855（287 aa）
链 W 70–328（259 aa）
链 X 330–568（239 aa）
链 Y 569–855（287 aa）
链 Z 70–328（259 aa）
链 a 330–568（239 aa）
链 b 569–855（287 aa）
链 c 70–328（259 aa）
链 d 330–568（239 aa）
链 e 569–855（287 aa）
链 f 70–328（259 aa）
链 g 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6HHT Echovirus 18 Open particle without two pentamers 提交 2018-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 150 PDB 声明：150-meric
链 A1 569–855（287 aa）
链 A2 569–855（287 aa）
链 B1 70–329（260 aa）
链 B2 70–329（260 aa）
链 C1 330–568（239 aa）
链 C2 330–568（239 aa）
链 D1 569–855（287 aa）
链 D2 569–855（287 aa）
链 E1 70–329（260 aa）
链 E2 70–329（260 aa）
链 F1 330–568（239 aa）
链 F2 330–568（239 aa）
链 G1 569–855（287 aa）
链 G2 569–855（287 aa）
链 H1 70–329（260 aa）
链 H2 70–329（260 aa）
链 I1 330–568（239 aa）
链 I2 330–568（239 aa）
链 J1 569–855（287 aa）
链 J2 569–855（287 aa）
链 K1 70–329（260 aa）
链 K2 70–329（260 aa）
链 L1 330–568（239 aa）
链 L2 330–568（239 aa）
链 M1 569–855（287 aa）
链 M2 569–855（287 aa）
链 N1 70–329（260 aa）
链 N2 70–329（260 aa）
链 O1 330–568（239 aa）
链 O2 330–568（239 aa）
链 P1 569–855（287 aa）
链 P2 569–855（287 aa）
链 Q1 70–329（260 aa）
链 Q2 70–329（260 aa）
链 R1 330–568（239 aa）
链 R2 330–568（239 aa）
链 S1 569–855（287 aa）
链 S2 569–855（287 aa）
链 T1 70–329（260 aa）
链 T2 70–329（260 aa）
链 U1 330–568（239 aa）
链 U2 330–568（239 aa）
链 V1 569–855（287 aa）
链 V2 569–855（287 aa）
链 W1 70–329（260 aa）
链 W2 70–329（260 aa）
链 X1 330–568（239 aa）
链 X2 330–568（239 aa）
链 Y2 569–855（287 aa）
链 Z2 70–329（260 aa）
链 a2 330–568（239 aa）
链 b2 569–855（287 aa）
链 c2 70–329（260 aa）
链 d2 330–568（239 aa）
链 e2 569–855（287 aa）
链 f2 70–329（260 aa）
链 g2 330–568（239 aa）
链 h2 569–855（287 aa）
链 i2 70–329（260 aa）
链 j2 330–568（239 aa）
链 k2 569–855（287 aa）
链 l2 70–329（260 aa）
链 m2 330–568（239 aa）
链 n2 569–855（287 aa）
链 o2 70–329（260 aa）
链 p2 330–568（239 aa）
链 q2 569–855（287 aa）
链 r2 70–329（260 aa）
链 s2 330–568（239 aa）
链 t2 569–855（287 aa）
链 u2 70–329（260 aa）
链 v2 330–568（239 aa）
链 w2 569–855（287 aa）
链 x2 70–329（260 aa）
链 y2 330–568（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
7B5F Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor 提交 2020-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric
链 A 569–855（287 aa）
链 B 70–329（260 aa）
链 C 330–568（239 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 GUN GUANINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3；Mixed in 1:1 volume ratio {20 mM Tris (pH=7.2), 100 mM NaCl} and {8 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 (pH=7.4), 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl}=PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.311

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8V635_9ENTO
Isoform —
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 D； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 G； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 J； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 M； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 P； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 S； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 V； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 Y； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 b； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 e； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 h； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 k； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 n； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 q； PDB构建体 1–287； UniProt 569–855 作者链 B； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 E； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 H； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 K； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 N； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 Q； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 T； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 W； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 Z； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 c； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 f； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 i； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 l； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 o； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 r； PDB构建体 1–260； UniProt 70–329 作者链 C； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 F； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 I； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 L； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 O； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 R； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 U； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 X； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 a； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 d； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 g； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 j； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 m； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 p； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568 作者链 s； PDB构建体 1–239； UniProt 330–568

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6hbl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6hbl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6hbl
沉积日期 deposition_date2018-08-10
结构标题 titleEchovirus 18 Open particle without three pentamers
关键词 keywordsechovirus, echovirus 18, open particle, O-particle, enterovirus, picornavirus, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier94.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron94.37 Å
零角强度 I(0) i016441200000.00
分子量 molecular_weight1109100.0 kDa
排除体积 excluded_volume1391100 ų
包络体积 envelope_volume2425600 ų
水化壳体积 shell_volume215230 ų
包络直径 envelope_diameter278.5 Å
壳层 Rg shell_rg93.72 Å
包络 Rg envelope_rg88.58 Å
形状 Rg shape_rg94.36 Å
总 Rg total_rg94.42 Å
总原子数 total_atoms77940
残基数 n_residues10200
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax267.2 Å
Rg (实空间) rg_real94.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6440e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5410e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal94.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16430000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8465
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary133.6 Å
偏度 Skewness skewness0.019
峰度 Kurtosis kurtosis-0.900
角度范围 angular_range— – 0.0800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0025
最高正则化参数 α highest_alpha288700000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 45 domains

CATH v4.4 (45 domains)

结构域编号 domain_id6hblA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id6hblB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id6hblC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id6hblD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id6hblE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id6hblF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id6hblG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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架构 Architecture architecture60 — Sandwich
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同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)