6hcx

Influenza Virus N9 Neuraminidase A complex with Zanamivir molecule (Tern).

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuraminidase

Influenza A virus (strain A/Tern/Australia/G70C/1975 H11N9)

UniProt P03472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 12 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 83–470 未记录 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 12 ZMR ZANAMIVIR × 4 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;N9 crystals were grown by hanging-drop vapour diffusion against a reservoir of 1.9M potassium phosphate, pH 6.8, starting with equal volumes of N9 NA (10-15 mg/ml in water) and potassium phosphate buffer 1.4M KH2PO4:3M K2HPO4 in ratio 8:4, pH 6.6 at 20 degrees celsius. Inhibitor complexes obtained by soaking N9 crystals in a solution of 1.4M potassium phosphate buffer, pH 6.8, containing 5mM of inhibitor for 3 hours at 18 degrees celsius. Soaked in glycerol cryo-buffer. 分辨率 1.30 Å R-free 0.125

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NRAM_I75A5
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–388; UniProt 83–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6hcx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6hcx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6hcx
沉积日期 deposition_date2018-08-16
结构标题 titleInfluenza Virus N9 Neuraminidase A complex with Zanamivir molecule (Tern).
关键词 keywordsComplex, Zanamivir, Relenza, Neuraminidase, N9, Influenza, Virus, Hydrolase, Enzyme, Inhibitor; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.73
零角强度 I(0) i039463000.00
分子量 molecular_weight46769.0 kDa
排除体积 excluded_volume57557 ų
包络体积 envelope_volume65999 ų
水化壳体积 shell_volume25627 ų
包络直径 envelope_diameter79.3
壳层 Rg shell_rg28.37
包络 Rg envelope_rg21.75
形状 Rg shape_rg20.67
总 Rg total_rg21.73
总原子数 total_atoms3272
残基数 n_residues388
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.2
Rg (实空间) rg_real21.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real3.9460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal39460000.0000
解质量估计 total_estimate0.7558
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3
偏度 Skewness skewness0.361
峰度 Kurtosis kurtosis0.080
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15860000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.614; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6hcxa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.68.1 — Sialidases
家族 Family familyb.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6hcxA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)