SAXSdb — 6i0m

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–514 链 B； UniProt 1–514	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 24 SO4 SULFATE ION × 40	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.5 0.2 M lithium sulphate 15% (v/v) ethanol	分辨率 2.57 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6I0M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B3O TERNARY COMPLEX OF HUMAN TYPE-II INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE WITH 6-CL-IMP AND SELENAZOLE ADENINE DINUCLEOTIDE 提交 1998-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–514（514 aa）	未记录	CPR 6-CHLOROPURINE RIBOSIDE, 5'-MONOPHOSPHATE × 4 SAE SELENAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；SEE PRIMARY REFERENCE , pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.270
1B3O TERNARY COMPLEX OF HUMAN TYPE-II INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE WITH 6-CL-IMP AND SELENAZOLE ADENINE DINUCLEOTIDE 提交 1998-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–514（514 aa）	未记录	CPR 6-CHLOROPURINE RIBOSIDE, 5'-MONOPHOSPHATE × 4 SAE SELENAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；SEE PRIMARY REFERENCE , pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.270
1NF7 Ternary complex of the human type II Inosine Monophosphate Dedhydrogenase with Ribavirin Monophosphate and C2-Mycophenolic Adenine Dinucleotide 提交 2002-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–514（514 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 RVP RIBAVIRIN MONOPHOSPHATE × 4 MYD {[5-(6-AMINO-PURIN-7-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLMETHOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYLMETHYL}-PHOSPHONIC ACID MONO-[2-(4-HYDROXY-6-METHOXY-7-METHYL-3-OXO-1,3-DIHYDRO-ISOBENZOFURAN-5-YL)-ETHYL] ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；6% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl, 24mM beta-mercaptoethanol, 1M LiCl, 10% Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.65 Å R-free 0.277
1NF7 Ternary complex of the human type II Inosine Monophosphate Dedhydrogenase with Ribavirin Monophosphate and C2-Mycophenolic Adenine Dinucleotide 提交 2002-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–514（514 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 RVP RIBAVIRIN MONOPHOSPHATE × 4 MYD {[5-(6-AMINO-PURIN-7-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLMETHOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYLMETHYL}-PHOSPHONIC ACID MONO-[2-(4-HYDROXY-6-METHOXY-7-METHYL-3-OXO-1,3-DIHYDRO-ISOBENZOFURAN-5-YL)-ETHYL] ESTER × 4 UNL UNKNOWN LIGAND × 44	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；6% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl, 24mM beta-mercaptoethanol, 1M LiCl, 10% Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.65 Å R-free 0.277
1NFB Ternary complex of the human type II Inosine Monophosphate Dedhydrogenase with 6Cl-IMP and NAD 提交 2002-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–514（514 aa）	未记录	CPR 6-CHLOROPURINE RIBOSIDE, 5'-MONOPHOSPHATE × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；8% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl, 24mM beta-mercaptoethanol, 1M LiCl, 20% Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.90 Å R-free 0.274
1NFB Ternary complex of the human type II Inosine Monophosphate Dedhydrogenase with 6Cl-IMP and NAD 提交 2002-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–514（514 aa）	未记录	CPR 6-CHLOROPURINE RIBOSIDE, 5'-MONOPHOSPHATE × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；8% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl, 24mM beta-mercaptoethanol, 1M LiCl, 20% Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.90 Å R-free 0.274
6I0O Structure of human IMP dehydrogenase, isoform 2, bound to GTP 提交 2018-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 24 SO4 SULFATE ION × 104	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；25% (w/v) PEG-1500 0.1 M Buffer MIB (malonic acid, imadazole, boric acid), pH 9.0	分辨率 2.62 Å R-free 0.244
6U8E Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, and NAD+. Filament assembly interface reconstruction. 提交 2019-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
6U8N Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, and NAD+. Fully extended filament segment reconstruction. 提交 2019-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）链 I 1–514（514 aa）链 J 1–514（514 aa）链 K 1–514（514 aa）链 L 1–514（514 aa）链 M 1–514（514 aa）链 N 1–514（514 aa）链 O 1–514（514 aa）链 P 1–514（514 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16 IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
6U8R Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, and NAD+. Bent (1/4 compressed, 3/4 extended) segment reconstruction. 提交 2019-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）链 I 1–514（514 aa）链 J 1–514（514 aa）链 K 1–514（514 aa）链 L 1–514（514 aa）链 M 1–514（514 aa）链 N 1–514（514 aa）链 O 1–514（514 aa）链 P 1–514（514 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
6U8S Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, NAD+, and 2 mM GTP. Filament assembly interface reconstruction. 提交 2019-09-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
6U9O Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, NAD+, and 2 mM GTP. Fully compressed filament segment reconstruction. 提交 2019-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）链 I 1–514（514 aa）链 J 1–514（514 aa）链 K 1–514（514 aa）链 L 1–514（514 aa）链 M 1–514（514 aa）链 N 1–514（514 aa）链 O 1–514（514 aa）链 P 1–514（514 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
6UA2 Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, NAD+, and 2 mM GTP. Bent (2/4 compressed, 2/4 extended) segment reconstruction. 提交 2019-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）链 I 1–514（514 aa）链 J 1–514（514 aa）链 K 1–514（514 aa）链 L 1–514（514 aa）链 M 1–514（514 aa）链 N 1–514（514 aa）链 O 1–514（514 aa）链 P 1–514（514 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6UA4 Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, NAD+, and 2 mM GTP. Bent (3/4 compressed, 1/4 extended) segment reconstruction. 提交 2019-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）链 I 1–514（514 aa）链 J 1–514（514 aa）链 K 1–514（514 aa）链 L 1–514（514 aa）链 M 1–514（514 aa）链 N 1–514（514 aa）链 O 1–514（514 aa）链 P 1–514（514 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
6UA5 Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, NAD+, and 2 mM GTP. Free interfacial octamer reconstruction. 提交 2019-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å
6UAJ Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, NAD+, and 2 mM GTP. Free canonical octamer reconstruction. 提交 2019-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
6UC2 Human IMPDH2 treated with ATP and 2 mM GTP. Free canonical octamer reconstruction. 提交 2019-09-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.48 Å
6UDO Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, and 20 mM GTP. Fully compressed filament segment reconstruction. 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）链 I 1–514（514 aa）链 J 1–514（514 aa）链 K 1–514（514 aa）链 L 1–514（514 aa）链 M 1–514（514 aa）链 N 1–514（514 aa）链 O 1–514（514 aa）链 P 1–514（514 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
6UDP Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, and 20 mM GTP. Filament assembly interface reconstruction. 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
6UDQ Human IMPDH2 treated with ATP, IMP, and 20 mM GTP. Fully compressed filament end reconstruction. 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）链 I 1–514（514 aa）链 J 1–514（514 aa）链 K 1–514（514 aa）链 L 1–514（514 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
8FOZ Human IMPDH2 mutant - L245P, treated with ATP, IMP, and NAD+; filament assembly interface reconstruction 提交 2023-01-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P	IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.00 Å
8FUZ Human IMPDH2 mutant - L245P, treated with GTP, ATP, IMP, and NAD+; filament assembly interface reconstruction 提交 2023-01-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P	IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
8G8F Human IMPDH2 mutant - L245P, treated with ATP, IMP, and NAD+; extended filament segment reconstruction 提交 2023-02-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16 IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8G9B Human IMPDH2 mutant - L245P, treated with GTP, ATP, IMP, and NAD+; compressed filament segment reconstruction 提交 2023-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P 突变：L245P	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9DMU Cryo-EM structure of IMPDH2 bound to IMP and GAD 提交 2024-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 8 A1A7T [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-[3-(thiophen-2-ylcarbonylamino)pyridin-1-yl]oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 8 K POTASSIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.82 Å
9MUB Human IMPDH2 mutant - S160del, treated with GTP, ATP, IMP, and NAD+; tetramer reconstruction 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）	突变：S160del 突变：S160del 突变：S160del 突变：S160del	IMP INOSINIC ACID × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9MUC Human IMPDH2 mutant - S160del, treated with GTP, ATP, IMP, and NAD+; interfacial octamer reconstruction 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 B 1–514（514 aa）链 C 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）链 E 1–514（514 aa）链 F 1–514（514 aa）链 G 1–514（514 aa）链 H 1–514（514 aa）	突变：S160del 突变：S160del 突变：S160del 突变：S160del 突变：S160del 突变：S160del 突变：S160del 突变：S160del	IMP INOSINIC ACID × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å

共 24 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMDH2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–517； UniProt 1–514 作者链 B； PDB构建体 4–517； UniProt 1–514

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6i0m
沉积日期 deposition_date	2018-10-26
结构标题 title	Structure of human IMP dehydrogenase, isoform 2, bound to GDP
关键词 keywords	oxidoreductase, de novo guanine nucleotide biosynthesis, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.92 Å
零角强度 I(0) i0	156412000.00
分子量 molecular_weight	95811.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118190 Å³
包络体积 envelope_volume	159730 Å³
水化壳体积 shell_volume	40129 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.18 Å
包络 Rg envelope_rg	32.50 Å
形状 Rg shape_rg	32.94 Å
总 Rg total_rg	33.41 Å
总原子数 total_atoms	12977
残基数 n_residues	894
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.6 Å
Rg (实空间) rg_real	33.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	156400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9130
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.090
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.745
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.968

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 ;
分子量 formula_weight	56157.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.205
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13153

GSHMADYLISGGTSYVPDDGLTAQQLFNCGDGLTYNDFLILPGYIDFTADQVDLTSALTKKITLKTPLVSSPMDTVTEAGMAIAMALTGGIGFIHHNCTPEFQANEVRKVKKYEQGFITDPVVLSPKDRVRDVFEAKARHGFCGIPITDTGRMGSRLVGIISSRDIDFLKEEEHDCFLEEIMTKREDLVVAPAGITLKEANEILQRSKKGKLPIVNEDDELVAIIARTDLKKNRDYPLASKDAKKQLLCGAAIGTHEDDKYRLDLLAQAGVDVVVLDSSQGNSIFQINMIKYIKDKYPNLQVIGGNVVTAAQAKNLIDAGVDALRVGMGSGSICITQEVLACGRPQATAVYKVSEYARRFGVPVIADGGIQNVGHIAKALALGASTVMMGSLLAATTEAPGEYFFSDGIRLKKYRGMGSLDAMDKHLSSQNRYFSEADKIKVAQGVSGAVQDKGSIHKFVPYLIAGIQHSCQDIGAKSLTQVRAMMYSGELKFEKRTSSAQVEGGVHSLHSYEKRLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6i0mA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	6i0mB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	134.729 Å
晶胞边长 b length_b	134.729 Å
晶胞边长 c length_c	324.081 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.567 Å
最低分辨率 resolution_low	162.000 Å
R 因子 r_factor	0.2203
R_work r_work	0.2187
R_free r_free	0.2487

fit	/app/data/saxs_computation/i0/6i0m/6i0m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i0/6i0m/6i0m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i0/6i0m/6i0m.dat

Structure of human IMP dehydrogenase, isoform 2, bound to GDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction