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6i5p

Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle-type POZ protein

Homo sapiens

UniProt O43791

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 28–166 突变：E47K Bromodomain-containing protein 3 × 1 （Q15059） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.227
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 28–166 突变：E47K Bromodomain-containing protein 3 × 1 （Q15059） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.227
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 28–166 突变：E47K Bromodomain-containing protein 3 × 1 （Q15059） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.227
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 28–166 突变：E47K Bromodomain-containing protein 3 × 1 （Q15059） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6I5P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2CR2 Solution structure of N-terminal domain of speckle-type POZ protein 提交 2005-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–173（146 aa） 片段：math domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.25mM math domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3HQI Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 28–329（302 aa） 片段：UNP residues 28-329
链 B 28–329（302 aa） 片段：UNP residues 28-329
突变：D140G 突变：D140G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.62 Å R-free 0.275
3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.66 Å R-free 0.258
3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.66 Å R-free 0.258
3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.74 Å R-free 0.218
3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.74 Å R-free 0.218
3HSV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-MacroH2ASBCpep2 提交 2009-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 28–166（139 aa）
链 B 28–166（139 aa）
突变：D140G 突变：D140G ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.43 Å R-free 0.206
3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–329（158 aa） 片段：UNP residues 172-329
链 B 172–329（158 aa） 片段：UNP residues 172-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 172–329（158 aa） 片段：UNP residues 172-329
链 D 172–329（158 aa） 片段：UNP residues 172-329
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3HU6 Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 28–329（302 aa） 片段：UNP residues 28-329
链 B 28–329（302 aa） 片段：UNP residues 28-329
突变：D140G 突变：D140G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.296
3IVB Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-MacroH2ASBCpep1 提交 2009-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
未记录 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；10-20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.6, 50 mM zinc acetate. Cryoprotection 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.247
3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3IVV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-PucSBC1_pep1 提交 2009-09-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；22% PME 550, 0.1 M HEPES, Cryoprotection: 30% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.25 Å R-free 0.199
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 177–319（143 aa） 片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
链 C 177–319（143 aa） 片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 177–319（143 aa） 片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 177–319（143 aa） 片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4HS2 Crystal Structure of the Human SPOP C-terminal Domain 提交 2012-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 270–374（105 aa） 片段：C-terminal domain (UNP residues 270-374)
突变：L273D, L282D, L285K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；26% PEG 1500, 7% isopropanol, 0.1M CaCl2, 0.1M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.53 Å R-free 0.151
4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 169–374（206 aa） 片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374
突变：Y353E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.42 Å R-free 0.255
4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 169–374（206 aa） 片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374
突变：Y353E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.42 Å R-free 0.255
4O1V SPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in Kidney Cancer 提交 2013-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：MATH domain (UNP residues 28-166)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 100 mM sodium malonate, 36% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.221
6F8F Co-crystal structure of SPOP MATH domain and human Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES pH 6.5, 10% (w/v) PEG6000 (final pH 7.0)
分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 28–166（139 aa）
链 B 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 28–166（139 aa）
链 D 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 28–166（139 aa）
链 D 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6I41 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (wild-type) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-08 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl, 25% (w/v) PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
突变：M117V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 28–166（139 aa）
突变：M117V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 28–166（139 aa）
突变：M117V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 28–166（139 aa）
突变：M117V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 28–166（139 aa）
链 E 28–166（139 aa）
突变：D140N 突变：D140N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 28–166（139 aa）
链 G 28–166（139 aa）
突变：D140N 突变：D140N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–166（139 aa） 片段：UNP residues 28-166
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：D140G PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：D140G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7LIN X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH was at 24 mg/ml and 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml. Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4
分辨率 1.44 Å R-free 0.186
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：S119D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.
分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：S119D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.
分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIP X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) 提交 2021-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：D140G SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4. Two ul of the protein at 24 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT was mixed with 2 ul of the reservoir solution. The reservoir solution was 0.5 ml.
分辨率 1.48 Å R-free 0.205
7LIQ X-ray structure of SPOP MATH domain (S119A) 提交 2021-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–166（138 aa） 片段：MATH domain
突变：S119A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the SPOP MATH S119A at 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-Tris, pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3,350).
分辨率 1.98 Å R-free 0.225
8DWS Full-length E47K SPOP 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
链 D 1–374（374 aa）
链 E 1–374（374 aa）
链 F 1–374（374 aa）
链 G 1–374（374 aa）
链 H 1–374（374 aa）
突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
8DWT SPOP W22R Form 2 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–374（373 aa）
链 B 2–374（373 aa）
链 C 2–374（373 aa）
链 D 2–374（373 aa）
链 E 2–374（373 aa）
链 F 2–374（373 aa）
链 G 2–374（373 aa）
链 H 2–374（373 aa）
链 I 2–374（373 aa）
链 J 2–374（373 aa）
链 K 2–374（373 aa）
链 L 2–374（373 aa）
突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
8DWU SPOP W22R Form 1 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
链 C 1–374（374 aa）
链 D 1–374（374 aa）
链 E 1–374（374 aa）
链 F 1–374（374 aa）
链 H 1–374（374 aa）
链 I 1–374（374 aa）
链 J 1–374（374 aa）
突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8DWV Full-length wild type SPOP 提交 2022-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–373（373 aa）
链 B 1–373（373 aa）
链 E 1–373（373 aa）
链 F 1–373（373 aa）
链 G 1–373（373 aa）
链 H 1–373（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9HFV MyD88 peptide_2 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5
分辨率 1.45 Å R-free 0.214
9HGG SETD2 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–166（139 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
9OUT SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
链 C 1–374（374 aa）
链 D 1–374（374 aa）
链 E 1–374（374 aa）
链 F 1–374（374 aa）
链 G 1–374（374 aa）
链 H 1–374（374 aa）
链 I 1–374（374 aa）
链 J 1–374（374 aa）
链 K 1–374（374 aa）
链 L 1–374（374 aa）
链 M 1–374（374 aa）
链 N 1–374（374 aa）
链 P 1–374（374 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9OUU SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–373（373 aa）
链 B 1–373（373 aa）
链 C 1–373（373 aa）
链 D 1–373（373 aa）
链 E 1–373（373 aa）
链 F 1–373（373 aa）
链 G 1–373（373 aa）
链 H 1–373（373 aa）
链 I 1–373（373 aa）
链 J 1–373（373 aa）
链 K 1–373（373 aa）
链 L 1–373（373 aa）
链 M 1–373（373 aa）
链 N 1–373（373 aa）
链 P 1–373（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9OUW SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–373（373 aa）
链 B 1–373（373 aa）
链 D 1–373（373 aa）
链 F 1–373（373 aa）
链 H 1–373（373 aa）
链 I 1–373（373 aa）
链 J 1–373（373 aa）
链 L 1–373（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 34 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPOP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–145； UniProt 28–166 作者链 C； PDB构建体 7–145； UniProt 28–166 作者链 E； PDB构建体 7–145； UniProt 28–166 作者链 G； PDB构建体 7–145； UniProt 28–166

Bromodomain-containing protein 3

Homo sapiens

UniProt Q15059

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 245–253 未记录 Speckle-type POZ protein × 1 （O43791） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.227
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 245–253 未记录 Speckle-type POZ protein × 1 （O43791） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.227
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 245–253 未记录 Speckle-type POZ protein × 1 （O43791） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.227
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 245–253 未记录 Speckle-type POZ protein × 1 （O43791） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6I5P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
24OS Crystal Structure of BRD3 BD1 domain in complex with small molecule inhibitor IBET-762 提交 2026-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–143（120 aa） 片段：BD1 domain
链 B 24–143（120 aa） 片段：BD1 domain
未记录 EAM 2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-N-ethylacetamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10mM HEPES (pH 7.5),150mM NaCl, 0.5mM TCEP
分辨率 1.83 Å R-free 0.314
2E7N Solution structure of the second Bromodomain from human Bromodomain-containing protein 3 提交 2007-01-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–415（110 aa） 片段：Bromodomain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.22mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NXB Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2006-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa） 片段：bromo 1 domain
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M KSCN, 0.1M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.185
2NXB Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2006-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa） 片段：bromo 1 domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M KSCN, 0.1M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.185
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 307–416（110 aa） 片段：Bromo 2 Domain
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 307–416（110 aa） 片段：Bromo 2 Domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 307–416（110 aa） 片段：Bromo 2 Domain
未记录 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 307–416（110 aa） 片段：Bromo 2 Domain
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2YW5 Solution structure of the bromodomain from human bromodomain containing protein 3 提交 2007-04-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–155（131 aa） 片段：UNP residues 25-155, bromodomain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.2mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3S91 Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD3 in complex with the inhibitor JQ1 提交 2011-05-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 JQ1 (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；14% isopropanol, 0.14M CaCl2, 30% glycerol, 0.7M acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.06 Å R-free 0.233
3S92 Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with the inhibitor JQ1 提交 2011-05-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 JQ1 (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M (NH4)2Hcit, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.36 Å R-free 0.186
5A7C Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound 提交 2015-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa） 片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416
未记录 5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5A7C Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound 提交 2015-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa） 片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416
未记录 5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5A7C Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound 提交 2015-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa） 片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416
未记录 5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5A7C Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound 提交 2015-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa） 片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416
未记录 5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa） 片段：UNP residues 306-416
突变：H395R NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa） 片段：UNP residues 306-416
突变：H395R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa） 片段：UNP residues 306-416
突变：H395R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa） 片段：UNP residues 306-416
突变：H395R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HJC BRD3 second bromodomain in complex with histone H3 acetylation at K18 提交 2016-01-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 307–416（110 aa） 片段：second bromodomain, UNP residues 307-416
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30%(w/v) polyethylene glycol methyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 0.1 M guanidine hydrochloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.269
6BGG Solution NMR structures of the BRD3 ET domain in complex with a CHD4 peptide 提交 2017-10-28 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 557–644（88 aa） 片段：unp residues 557-644
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）.2；压力 1
NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 500 uM BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6BGH Solution NMR structure of Brd3 ET domain bound to Brg1 peptide 提交 2017-10-28 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 557–643（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1
NMR样品组成 300 uM Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-15N] Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6I41 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (wild-type) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl, 25% (w/v) PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 245–253（9 aa）
链 F 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 245–253（9 aa）
链 H 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6QJU Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with 3-bromo-1H-indazol-5-amine 提交 2019-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1 J58 3-bromanyl-2~{H}-indazol-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20 M KSCN, 0.1 M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, soaked with 14% DMSO containing 42mM 3-bromo-1H-imidazol-5-amine
分辨率 1.20 Å R-free 0.160
6QJU Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with 3-bromo-1H-indazol-5-amine 提交 2019-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20 M KSCN, 0.1 M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, soaked with 14% DMSO containing 42mM 3-bromo-1H-imidazol-5-amine
分辨率 1.20 Å R-free 0.160
6U4A BRD3-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_3 提交 2019-08-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–147（123 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium sulfate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 20 % w/v PEG 3350
分辨率 1.88 Å R-free 0.188
6U4A BRD3-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_3 提交 2019-08-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–147（123 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium sulfate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 20 % w/v PEG 3350
分辨率 1.88 Å R-free 0.188
6ULP BRD3-BD2 in complex with the cyclic peptide 3.2_3 提交 2019-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 307–419（113 aa） 片段：second bromodomain
链 B 307–419（113 aa） 片段：second bromodomain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris 8.0, 20 % w/v PEG 6000
分辨率 2.80 Å R-free 0.248
7JMY Solution NMR structure of human Brd3 ET domain 提交 2020-08-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 554–640（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] Brd3 ET Domain, 100 mM sodium chloride, 20 mM Na3PO4, 2 mM 2-mercapto ethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] Brd3 ET Domain, 100 mM sodium chloride, 20 mM Na3PO4, 2 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7JQ8 Solution NMR structure of human Brd3 ET domain 提交 2020-08-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 554–640（87 aa） 片段：NET domain, residues 554-640
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV IN TP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7JYN Solution NMR structure of human Brd3 ET complexed with NSD3(148-184) peptide 提交 2020-08-31 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 554–640（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM NSD3(148-184), 0.25 mM U-100% 13C; U-100% 15 Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7JYZ Solution NMR structure and dynamics of human Brd3 ET in complex with MLV IN CTD 提交 2020-09-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 554–640（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7L72 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to Ro3280 提交 2020-12-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 79C 4-[(9-cyclopentyl-7,7-difluoro-5-methyl-6-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-yl)amino]-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.50 Å R-free 0.182
7L9L Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to BI2536 提交 2021-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 R78 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
分辨率 1.55 Å R-free 0.178
7LAY Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to SG3-179 提交 2021-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 5W2 4-[[4-[[3-(~{tert}-butylsulfonylamino)-4-chloranyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-fluoranyl-~{N}-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.45 Å R-free 0.188
7LAY Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to SG3-179 提交 2021-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 5W2 4-[[4-[[3-(~{tert}-butylsulfonylamino)-4-chloranyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-fluoranyl-~{N}-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.45 Å R-free 0.188
7LAZ Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride
分辨率 2.30 Å R-free 0.240
7LAZ Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride
分辨率 2.30 Å R-free 0.240
7LB4 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to bromosporine 提交 2021-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 BMF Bromosporine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7LB4 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to bromosporine 提交 2021-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa）
未记录 BMF Bromosporine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7R8R Physachenolide C with Bromodomain (BRD3-BD1) 提交 2021-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10mM CaCl, 50mM Tris-HCl pH 8.5, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.235
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa） 片段：UNP residues 24-144
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–144（121 aa） 片段：UNP residues 24-144
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa） 片段：UNP residues 24-144
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–144（121 aa） 片段：UNP residues 24-144
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
7RJM Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with ILF3 提交 2021-07-21 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M sodium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
7RJM Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with ILF3 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M sodium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
7RJN Crystal structure of human bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with BCLTF1 提交 2021-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG4000
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
7RJN Crystal structure of human bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with BCLTF1 提交 2021-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG4000
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 K 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7TO7 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 1xAcK.4XE (monoAcK.4xE) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M PCTP, pH 4.0, 25% w/v PEG1500
分辨率 1.93 Å R-free 0.251
7TO7 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 1xAcK.4XE (monoAcK.4xE) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 E 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M PCTP, pH 4.0, 25% w/v PEG1500
分辨率 1.93 Å R-free 0.251
7TO8 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 2xAcK.1 (diAcK.1) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MMT, pH 6.0, 25% w/v PEG1500
分辨率 1.50 Å R-free 0.200
7TO9 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 2xAcK.4xE (diAcK.4xE) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–147（123 aa）
链 B 25–147（123 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M sodium chloride, 10% v/v 2-propanol
分辨率 1.60 Å R-free 0.227
7TOA BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 3xAcK.1 (triAcK.1) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 32–147（116 aa） 片段：BD1 (UNP residues 32-147)
链 B 32–147（116 aa） 片段：BD1 (UNP residues 32-147)
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% w/v PEG3350
分辨率 1.41 Å R-free 0.196
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 N6I (3M)-4-{[(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]amino}-3-[4-methyl-6-(morpholin-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]pyridin-2(1H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa）
未记录 N6I (3M)-4-{[(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]amino}-3-[4-methyl-6-(morpholin-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]pyridin-2(1H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
8B5A Human BRD3 bromodomain 2 in complex with a H4 peptide containing ApmTri (H4K20ApmTri) 提交 2022-09-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 307–416（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM potassium sodium tatrate 100 mM sodium citrate pH 5.6 2 M ammonium sulfate
分辨率 1.92 Å R-free 0.250
8CV5 Peptide 4.2B in complex with BRD3.2 提交 2022-05-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 307–419（113 aa） 片段：BD2 (UNP residues 307-419)
未记录 ACE ACETYL GROUP × 1 NH2 AMINO GROUP × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium sulfate, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.47 Å R-free 0.197
9MPF BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1B 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2, 20 % w/v PEG 1000
分辨率 2.70 Å R-free 0.219
9MPH BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 4.1D 提交 2024-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 D 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M lithium chloride pH 6.8, 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.249
9MPH BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 4.1D 提交 2024-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 C 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M lithium chloride pH 6.8, 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.249
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPM BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-W11A 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
9MPM BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-W11A 提交 2024-12-30 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–147（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 25–147（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 25–147（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 25–147（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9NN4 BET BRD3-BD1 in complex with peptide 7.2 提交 2025-03-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–147（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.0 PEG 8000
分辨率 1.37 Å R-free 0.195
9NN4 BET BRD3-BD1 in complex with peptide 7.2 提交 2025-03-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–147（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.0 PEG 8000
分辨率 1.37 Å R-free 0.195

共 47 个其他 PDB 条目、98 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRD3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–9； UniProt 245–253 作者链 D； PDB构建体 1–9； UniProt 245–253 作者链 F； PDB构建体 1–9； UniProt 245–253 作者链 H； PDB构建体 1–9； UniProt 245–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6i5p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6i5p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6i5p
沉积日期 deposition_date2018-11-14
结构标题 titleCo-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment
关键词 keywordsligase nuclear cancer ubiquitination, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.91 Å
零角强度 I(0) i060442400.00
分子量 molecular_weight63543.0 kDa
排除体积 excluded_volume80310 ų
包络体积 envelope_volume102510 ų
水化壳体积 shell_volume28847 ų
包络直径 envelope_diameter106.0 Å
壳层 Rg shell_rg36.47 Å
包络 Rg envelope_rg30.43 Å
形状 Rg shape_rg30.90 Å
总 Rg total_rg31.49 Å
总原子数 total_atoms4478
残基数 n_residues580
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.6 Å
Rg (实空间) rg_real31.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real6.0440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60440000.0000
解质量估计 total_estimate0.8496
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.4 Å
偏度 Skewness skewness0.406
峰度 Kurtosis kurtosis-0.578
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11040000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.761; Smooth: 0.793
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd6i5pa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.8 — TRAF domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.8.1 — TRAF domain-like
家族 Family familyb.8.1.1 — MATH domain
结构域编号 domain_idd6i5pc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.8 — TRAF domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.8.1 — TRAF domain-like
家族 Family familyb.8.1.1 — MATH domain
结构域编号 domain_idd6i5pe_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.8 — TRAF domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.8.1 — TRAF domain-like
家族 Family familyb.8.1.1 — MATH domain
结构域编号 domain_idd6i5pg1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.8 — TRAF domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.8.1 — TRAF domain-like
家族 Family familyb.8.1.1 — MATH domain
结构域编号 domain_idd6i5pg2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6i5pA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id6i5pC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id6i5pE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id6i5pG01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)