6i8y

Crystal structure of Spindlin1 in complex with the Methyltransferase inhibitor A366

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindlin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 49–262	未记录	2OD 5'-methoxy-6'-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]spiro[cyclobutane-1,3'-indol]-2'-amine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris pH=6.5,0.2M CaCl2, 45% MPD	分辨率 1.52 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6I8Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NS2 Crystal Structure of Spindlin1 提交 2006-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–262（237 aa）片段：residues 1-237 (26-262) 链 B 26–262（237 aa）片段：residues 1-237 (26-262)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；288 K；Ammonium Sulfate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
4H75 Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H3K4(me3) peptide 提交 2012-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–262（236 aa）片段：UNP residues 27-262	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；289 K；0.1 M CHES, pH 9.5, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.218
4MZF Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2a) peptide 提交 2013-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 50–262（213 aa）片段：UNP residues 50-262	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
4MZG Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3K4me3 peptide 提交 2013-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 50–262（213 aa）片段：UNP residues 50-262	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；37.5% MPD_P1K_P3350, 0.1M bicine/Trizma, pH 8.5, 0.06M MgCl2/CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4MZG Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3K4me3 peptide 提交 2013-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 50–262（213 aa）片段：UNP residues 50-262	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；37.5% MPD_P1K_P3350, 0.1M bicine/Trizma, pH 8.5, 0.06M MgCl2/CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4MZH Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2s) peptide 提交 2013-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–262（213 aa）片段：UNP residues 50-262	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
5JSG Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML405 提交 2016-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 50–262（213 aa）片段：Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262	未记录	6P9 [2-(phenylamino)-1,4-phenylene]bis({4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 20% PEG 10000	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
5JSG Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML405 提交 2016-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 50–262（213 aa）片段：Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262	未记录	6P9 [2-(phenylamino)-1,4-phenylene]bis({4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 20% PEG 10000	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
5JSJ Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML631 提交 2016-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 50–262（213 aa）片段：Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262	未记录	6PD [4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]-[4-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-3-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethoxy)phenyl]amino]phenyl]methanone × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 25% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5JSJ Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML631 提交 2016-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 50–262（213 aa）片段：Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262	未记录	6PD [4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]-[4-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-3-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethoxy)phenyl]amino]phenyl]methanone × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 25% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5Y5W Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide 提交 2017-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–262（212 aa）片段：UNP residues 51-262	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 3.30 Å R-free 0.308
5Y5W Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide 提交 2017-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–262（212 aa）片段：UNP residues 51-262	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 3.30 Å R-free 0.308
5Y5W Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide 提交 2017-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 51–262（212 aa）片段：UNP residues 51-262	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 3.30 Å R-free 0.308
5Y5W Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide 提交 2017-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 51–262（212 aa）片段：UNP residues 51-262	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 3.30 Å R-free 0.308
6I8B Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor VinSpinIn 提交 2018-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–262（214 aa）	未记录	H7T 2-[4-[2-[[2-[3-[2-azanyl-5-(cyclopropylmethoxy)-3,3-dimethyl-indol-6-yl]oxypropyl]-1,3-dihydroisoindol-5-yl]oxy]ethyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-1-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]ethanone × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；55% MPD and 0.1 M SPG buffer pH 5.5	分辨率 1.76 Å R-free 0.254
6I8B Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor VinSpinIn 提交 2018-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 49–262（214 aa）	未记录	H7T 2-[4-[2-[[2-[3-[2-azanyl-5-(cyclopropylmethoxy)-3,3-dimethyl-indol-6-yl]oxypropyl]-1,3-dihydroisoindol-5-yl]oxy]ethyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-1-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]ethanone × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GLY GLYCINE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；55% MPD and 0.1 M SPG buffer pH 5.5	分辨率 1.76 Å R-free 0.254
6I8L Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor TD001851a 提交 2018-11-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–262（214 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 H7Q 5'-(cyclopropylmethoxy)-6'-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]spiro[cyclopentane-1,3'-indole]-2'-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；55% MPD and 0.1 M SPG buffer	分辨率 1.58 Å R-free 0.207
6QPL Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor MS31 提交 2019-02-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–262（214 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 JC5 [3-(aminomethyl)-5-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]-4-methoxy-phenyl]methanamine × 1 GLY GLYCINE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；60% MPD and 0.1 M SPG buffer pH 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.208
7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO	分辨率 3.50 Å R-free 0.264
7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO	分辨率 3.50 Å R-free 0.264
7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO	分辨率 3.50 Å R-free 0.264
7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO	分辨率 3.50 Å R-free 0.264
7CNA Crystal structure of Spindlin1/C11orf84 complex bound to histone H3K4me3K9me3 peptide 提交 2020-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 51–262（212 aa）链 D 51–262（212 aa）	未记录	BEN BENZAMIDINE × 6 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 35% PEG3350, 5% glycerol, 2% Benzamidine hydrochloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.201
7E9M Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep3 提交 2021-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–262（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.2M magnesium acetate, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
7E9M Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep3 提交 2021-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–262（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.2M magnesium acetate, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
7EA1 Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep2 提交 2021-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–262（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.1M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
7EA1 Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep2 提交 2021-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 50–262（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.1M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
7OCB Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor XY49-92B 提交 2021-04-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–262（214 aa）	未记录	V88 7-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]-2N-[2-(dimethylamino)ethyl]-6-methoxy-4N-(1-propan-2-ylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 GLY GLYCINE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；55-60 % MPD and 0.1 M SPG buffer pH 5.5-6.0	分辨率 1.42 Å R-free 0.206
8GTX Crystal Structure of human Spindlin1-HBx complex 提交 2022-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–262（213 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；16%(w/v) PEG 8000, 0.04M Potassium phosphate dibasic, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
9T2Z Spindlin 1 with crystallization epitope mutations H127D:L128D:T131R 提交 2025-10-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–262（214 aa）	突变：H127D:L128D:T131R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.2M ammonium sulfate 25% PEG3350 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.87 Å R-free 0.288

共 19 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–215； UniProt 49–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6i8y
沉积日期 deposition_date	2018-11-21
结构标题 title	Crystal structure of Spindlin1 in complex with the Methyltransferase inhibitor A366
关键词 keywords	Epigenetics, Tudor domain, Methyl-Lysine, methyl-Arginine, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.20 Å
零角强度 I(0) i0	8641500.00
分子量 molecular_weight	22716.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28887 Å³
包络体积 envelope_volume	33984 Å³
水化壳体积 shell_volume	16522 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.7 Å
壳层 Rg shell_rg	23.23 Å
包络 Rg envelope_rg	17.61 Å
形状 Rg shape_rg	17.15 Å
总 Rg total_rg	18.40 Å
总原子数 total_atoms	3056
残基数 n_residues	190
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.3 Å
Rg (实空间) rg_real	18.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6420e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8642000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8089
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.085
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.576
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2341000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spindlin-1
分子量 formula_weight	25499.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3198

MPRRNIVGCRIQHGWKEGNGPVTQWKGTVLDQVPVNPSLYLIKYDGFDCVYGLELNKDERVSALEVLPDRVATSRISDAHLADTMIGKAVEHMFETEDGSKDEWRGMVLARAPVMNTWFYITYEKDPVLYMYQLLDDYKEGDLRIMPDSNDSPPAEREPGEVVDSLVGKQVEYAKEDGSKRTGMVIHQVEAKPSVYFIKFDDDFHIYVYDLVKTSAENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5'-methoxy-6'-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]spiro[cyclobutane-1,3'-indol]-2'-amine
分子量 formula_weight	329.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	107

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.170 Å
晶胞边长 b length_b	116.170 Å
晶胞边长 c length_c	43.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.520 Å
最低分辨率 resolution_low	82.145 Å
R 因子 r_factor	0.1911
R_work r_work	0.1903
R_free r_free	0.2054

fit	/app/data/saxs_computation/i8/6i8y/6i8y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i8/6i8y/6i8y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i8/6i8y/6i8y.dat