SAXSdb — 6ih0

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

Aquifex aeolicus (strain VF5)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;N-[(2S)-3-azanyl-3-methyl-1-(oxidanylamino)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-[4-[(1R,2R)-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]buta -1,3-diynyl]benzamide ; × 1 ZINC ION × 1 methyl (2S)-2-azanyl-3-methyl-3-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]butanoate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPXC_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ih0
沉积日期 deposition_date	2018-09-27
结构标题 title	Aquifex aeolicus LpxC complex with ACHN-975
关键词 keywords	Inhibitor, Complex, ANTIBIOTIC, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ih0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ih0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ih0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.81 Å
Rg（电子密度）	17.74 Å
总 Rg	18.78 Å
原子数	2202
残基数	267
排除体积	39566 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ih0__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
分子量 formula_weight	32060.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.108
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2552

MGLEKTVKEKLSFEGVGIHTGEYSKLIIHPEKEGTGIRFFKNGVYIPARHEFVVHTNHSTDLGFKGQRIKTVEHILSVLHLLEITNVTIEVIGNEIPILDGSGWEFYEAIRKNILNQNREIDYFVVEEPIIVEDEGRLIKAEPSDTLEVTYEGEFKNFLGRQKFTFVEGNEEEIVLARTFAFDWEIEHIKKVGLGKGGSLKNTLVLGKDKVYNPEGLRYENEPVRHKVFDLIGDLYLLGSPVKGKFYSFRGGHSLNVKLVKELAKKQKLTRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus (strain VF5)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-[(2S)-3-azanyl-3-methyl-1-(oxidanylamino)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-[4-[(1R,2R)-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]buta -1,3-diynyl]benzamide ;
分子量 formula_weight	369.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	methyl (2S)-2-azanyl-3-methyl-3-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]butanoate
分子量 formula_weight	246.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	350

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6ih0a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.7 — UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase LpxC

结构域编号 domain_id	d6ih0a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.7 — UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase LpxC

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6ih0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — lpxc deacetylase, domain 1

结构域编号 domain_id	6ih0A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1700 — lpxc deacetylase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — lpxc deacetylase, domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	65.569 Å
晶胞边长 b length_b	65.569 Å
晶胞边长 c length_c	131.595 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.210 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1645
R_work r_work	0.1641
R_free r_free	0.1824

Aquifex aeolicus LpxC complex with ACHN-975

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ih0__assembly_1__model_1

6ih0__assembly_1__model_1 | I(q)

6ih0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Aquifex aeolicus LpxC complex with ACHN-975

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ih0__assembly_1__model_1

6ih0__assembly_1__model_1 | I(q)

6ih0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)