SAXSdb — 6ile

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

Pteropus alecto

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–303	片段：UNP residues 25-303 突变：52M, 53D, 54L deleted	Beta-2-microglobulin × 1 HEV-1 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6 and 30%(w/v) polyethylene glycol 4,000	分辨率 2.90 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ILE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6ILC CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I PTAL-N*01:01 FOR 2.2 ANGSTROM 提交 2018-10-17	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–303（279 aa）片段：UNP residues 25-303	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS ph6.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
6ILF CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I PTAL-N*01:01 FOR 2.7 ANGSTROM 提交 2018-10-17	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–303（279 aa）片段：UNP residues 25-303	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.70 Å R-free 0.292
6ILG CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I PTAL-N*01:01 FOR 2.6 ANGSTROM 提交 2018-10-18	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–303（279 aa）片段：UNP residues 25-303	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
6J2D Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Hendra virus-derived peptide HeV1 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% (w/v) polyethylene glycol 3,350 at a concentration of 7.5 mg/mL.	分辨率 2.31 Å R-free 0.282
6J2E Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Ebola virus-derived peptide EBOV-NP1 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M succinic acid pH 7.0, 15%(w/v) polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
6J2E Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Ebola virus-derived peptide EBOV-NP1 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M succinic acid pH 7.0, 15%(w/v) polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
6J2F Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Hendra virus-derived peptide HeV2 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.075 M HEPES (pH 7.5), 15% (w/v) polyethylene glycol 10,000, and 25% (v/v) glycerol at a protein concentration of 10 mg/mL. Single crystals of Ptal-N*01:01/ EBOV-NP1 were grown in 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% w/v polyethylene glycol 3,350.	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6J2F Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Hendra virus-derived peptide HeV2 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.075 M HEPES (pH 7.5), 15% (w/v) polyethylene glycol 10,000, and 25% (v/v) glycerol at a protein concentration of 10 mg/mL. Single crystals of Ptal-N*01:01/ EBOV-NP1 were grown in 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% w/v polyethylene glycol 3,350.	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6J2G Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Ebola virus-derived peptide EBOV-NP2 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.0, 16% w/v polyethylene glycol 10,000	分辨率 2.41 Å R-free 0.233
6J2G Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Ebola virus-derived peptide EBOV-NP2 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.0, 16% w/v polyethylene glycol 10,000	分辨率 2.41 Å R-free 0.233
6J2H Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 mutant (Met52 Asp53 Leu54 deleted) in complex with Hendra virus-derived peptide HeV1 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–301（277 aa）	突变：52-54 deletion	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M sodium formate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
6J2H Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 mutant (Met52 Asp53 Leu54 deleted) in complex with Hendra virus-derived peptide HeV1 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–301（277 aa）	突变：52-54 deletion	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M sodium formate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
6J2I Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with H17N10 influenza-like virus-derivrd peptide H17N10-NP 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.075 M HEPES pH 7.5, 15% w/v polyethylene glycol 10,000, 25% v/v glycerol.	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
6J2I Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with H17N10 influenza-like virus-derivrd peptide H17N10-NP 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.075 M HEPES pH 7.5, 15% w/v polyethylene glycol 10,000, 25% v/v glycerol.	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
6J2J Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with MERS-CoV-derived peptide MERS-CoV-S3 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
6J2J Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with MERS-CoV-derived peptide MERS-CoV-S3 提交 2019-01-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
6K7T Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Hendra virus-derived peptide HeV1--human beta-2 microglobulin 提交 2019-06-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–301（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 2% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.234

共 11 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A125R585_PTEAL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 25–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ile
沉积日期 deposition_date	2018-10-17
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT PTAL-N*01:01 FOR 2.9 ANGSTROM, 52M 53D 54L DELETED
关键词 keywords	IMMUNOLOGY, VIRUS, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.88 Å
零角强度 I(0) i0	36198600.00
分子量 molecular_weight	44314.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54469 Å³
包络体积 envelope_volume	67503 Å³
水化壳体积 shell_volume	24618 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.1 Å
壳层 Rg shell_rg	29.80 Å
包络 Rg envelope_rg	23.03 Å
形状 Rg shape_rg	22.85 Å
总 Rg total_rg	23.76 Å
总原子数 total_atoms	3136
残基数 n_residues	382
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9121
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.243
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.467
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8113000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.972

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I antigen
分子量 formula_weight	31986.0 kDa
突变 mutation	52M, 53D, 54L deleted
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3150

GFHSLRYFYTAWSRPGSGEPRFVAVGYVDDTQFVRFDSDNASPRAEPRAPWVEQQDPQYWDRNTRNARDAAQTYRVGLDNVRGYYNQSEAGSHTIQRMYGCDVGPHGRLLRGYDQLAYDGADYIALNEDLRSWTAADLAAQNTRRKWEEAGYAERDRAYLEGECVEWLLKHLENGRETLLRADPPKTHITHHPISDREVTLRCWALGFYPEEITLTWQHDGEDQTQEMELVETRPDGNGAFQKWAALVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPQPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Pteropus alecto
通用名 common_name	Black flying fox
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9402
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11474.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EPRTPKIQVYSRHPAENGKPNYLNCYVYGFHPPQIEIDLLKNGQKMKTEQSDLSFSKDWSFYLLVHTDFTPSTVDEYSCRVNHSSLAAPHMVKWDRNN

来源 Source

来源生物 organism	Pteropus alecto
通用名 common_name	Black flying fox
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9402
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HEV-1
分子量 formula_weight	924.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DFANTFLP

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6ileA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	6ileA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6ileB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	73.343 Å
晶胞边长 b length_b	80.198 Å
晶胞边长 c length_c	129.539 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	64.769 Å
R 因子 r_factor	0.2164
R_work r_work	0.2129
R_free r_free	0.2932

fit	/app/data/saxs_computation/il/6ile/6ile.fit
pddf	/app/data/pr_computation/il/6ile/6ile.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/il/6ile/6ile.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT PTAL-N*01:01 FOR 2.9 ANGSTROM, 52M 53D 54L DELETED

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)