SAXSdb — 6ird

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	InaD-like protein × 1 （Q8NI35） GOLD ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91UZ1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–266； UniProt 912–1175

InaD-like protein

Homo sapiens

UniProt Q8NI35

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase × 1 （Q91UZ1） GOLD ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INADL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–205； UniProt 1421–1625

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ird
沉积日期 deposition_date	2018-11-12
结构标题 title	Complex structure of INADL PDZ89 and PLCb4 C-terminal CC-PBM
关键词 keywords	PDZ supramodule, phospholipase C beta, HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex; HYDROLASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ird__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ird__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ird__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.65 Å
Rg（电子密度）	39.07 Å
总 Rg	38.77 Å
原子数	3194
残基数	434
排除体积	56535 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ird__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
分子量 formula_weight	31063.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.11
突变 mutation	K926A,K930A,K933A,K934A,K937A,K944A,K945A,K948A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3194

EGELIPQVRIEDLKQMAAYLAHLAAQQAELNSLKAAHAAEHSTMQKLHCTQVDKIVAQYDKEKSTHEKILEKAMKKKGGSNCLEIKKETEIKIQTLTTDHKSKVKEIVAQHTKEWSEMINTHSAEEQEIRDLHLSQQCELLRKLLINAHEQQTQQLKLSHDRESKEMRAHQAKISMENSKAISQDKSIKNKAERERRVRELNSSNTKKFLEERKRLAMKQSKEMDQLKKVQLEHLEFLEKQNEQAKEMQQMVKLEAEMDRRPATVV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	InaD-like protein
分子量 formula_weight	22723.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

LSVDPATCPIVPGQEMIIEISKGRSGLGLSIVGGKDTPLNAIVIHEVYEEGAAARDGRLWAGDQILEVNGVDLRNSSHEEAITALRQTPQKVRLVVYRDEAHYRDEENLEIFPVDLQKKAGRGLGLSIVGKRNGSGVFISDIVKGGAADLDGRLIQGDQILSVNGEDMRNASQETVATILKCAQGLVQLEIGRLRAGSWTSARTTGGGSGGGGSGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GOLD ION
分子量 formula_weight	197.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6irdc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6irdc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6irdC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	6irdC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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晶胞边长 a length_a	69.089 Å
晶胞边长 b length_b	69.089 Å
晶胞边长 c length_c	200.375 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.813 Å
最低分辨率 resolution_low	14.997 Å
R 因子 r_factor	0.2468
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.3022

Complex structure of INADL PDZ89 and PLCb4 C-terminal CC-PBM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

InaD-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ird__assembly_1__model_1

6ird__assembly_1__model_1 | I(q)

6ird__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex structure of INADL PDZ89 and PLCb4 C-terminal CC-PBM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

InaD-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ird__assembly_1__model_1

6ird__assembly_1__model_1 | I(q)

6ird__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)