SAXSdb — 6ixp

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin-2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P19524

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1 × 2 （Q06324） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1 × 2 （Q06324）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYO2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–421； UniProt 1152–1574 作者链 D； PDB构建体 5–421； UniProt 1152–1574

Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q06324

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Myosin-2 × 1 （P19524） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Myosin-2 × 1 （P19524）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMR1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–39； UniProt 398–430 作者链 C； PDB构建体 7–39； UniProt 398–430 作者链 E； PDB构建体 7–39； UniProt 398–430 作者链 F； PDB构建体 7–39； UniProt 398–430

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ixp
沉积日期 deposition_date	2018-12-11
结构标题 title	Structure of Myo2-GTD in complex with Mmr1
关键词 keywords	Cargo binding domain, PROTEIN BINDING, PROTEIN BINDING-CELL CYCLE complex; PROTEIN BINDING/CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ixp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ixp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ixp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.50 Å
Rg（电子密度）	28.16 Å
总 Rg	28.70 Å
原子数	3408
残基数	424
排除体积	61629 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ixp__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6ixp__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Myosin-2
分子量 formula_weight	47961.5 kDa
突变 mutation	Deletions 1342-1347
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	6796

GPGSNATQINEELYRLLEDTEILNQEITEGLLKGFEVPDAGVAIQLSKRDVVYPARILIIVLSEMWRFGLTKQSESFLAQVLTTIQKVVTQLKGNDLIPSGVFWLANVRELYSFVVFALNSILTEETFKNGMTDEEYKEYVSLVTELKDDFEALSYNIYNIWLKKLQKQLQKKAINAVVISESLPGFSAGETSGANTEEYTMDDILTFFNSIYWCMKSFHIENEVFHAVVTTLLNYVDAICFNELIMKRNFLSWKRGLQLNYNVTRLEEWCKTHGLTDGTECLQHLIQTAKLLQVRKYTIEDIDILRGICYSLTPAQLQKLISQYQVADYESPIPQEILRYVADIVKKEAALSSSGNDSKGHEHSSSIFITPETGPFTDPFSLIKTRKFDQVEAYIPAWLSLPSTKRIVDLVAQQVVQDGH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1
分子量 formula_weight	4133.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F

GPGSEFGNSARIPCPKTRLARVSVLDLKKIEEQPDSSSG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6ixpa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.27 — DIL domain-like
家族 Family family	a.118.27.1 — DIL domains from class V myosins

结构域编号 domain_id	d6ixpd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.27 — DIL domain-like
家族 Family family	a.118.27.1 — DIL domains from class V myosins

▶

晶胞边长 a length_a	110.387 Å
晶胞边长 b length_b	63.459 Å
晶胞边长 c length_c	169.077 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.733 Å
最低分辨率 resolution_low	53.381 Å
R 因子 r_factor	0.2443
R_work r_work	0.2423
R_free r_free	0.2837

Structure of Myo2-GTD in complex with Mmr1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ixp__assembly_1__model_1

6ixp__assembly_1__model_1 | I(q)

6ixp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Myo2-GTD in complex with Mmr1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ixp__assembly_1__model_1

6ixp__assembly_1__model_1 | I(q)

6ixp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)