SAXSdb — 6iy6

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 2 （Q13155） Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase × 2 （P07814） ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 12 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 2 （Q13155） Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase × 2 （P07814） ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYDC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–502； UniProt 21–501 作者链 B； PDB构建体 22–502； UniProt 21–501 作者链 G； PDB构建体 22–502； UniProt 21–501 作者链 H； PDB构建体 22–502； UniProt 21–501

Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2

Homo sapiens

UniProt Q13155

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic × 2 （P14868） Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase × 2 （P07814） ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 12 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic × 2 （P14868） Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase × 2 （P07814） ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AIMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–207； UniProt 115–320 作者链 D； PDB构建体 2–207； UniProt 115–320 作者链 I； PDB构建体 2–207； UniProt 115–320 作者链 J； PDB构建体 2–207； UniProt 115–320

Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase

Homo sapiens

UniProt P07814

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic × 2 （P14868） Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 2 （Q13155） ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 12 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic × 2 （P14868） Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 2 （Q13155） ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYEP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 F； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 K； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 L； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6iy6
沉积日期 deposition_date	2018-12-13
结构标题 title	Crystal structure of human cytosolic aspartyl-tRNA synthetase (DRS) in complex with glutathion-S transferase (GST) domains from Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 (AIMP2) and glutamyl-prolyl-tRNA synthetase (EPRS)
关键词 keywords	Aminoacyl-tRNA transferase Glutathion-S transferase domain, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6iy6__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6iy6__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6iy6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.87 Å
Rg（电子密度）	43.86 Å
总 Rg	43.98 Å
原子数	12223
残基数	1533
排除体积	218680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6iy6__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6iy6__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic
分子量 formula_weight	57310.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	24539

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAEDYAKERYGISSMIQSQEKPDRVLVRVRDLTIQKADEVVWVRARVHTSRAKGKQCFLVLRQQQFNVQALVAVGDHASKQMVKFAANINKESIVDVEGVVRKVNQKIGSCTQQDVELHVQKIYVISLAEPRLPLQLDDAVRPEAEGEEEGRATVNQDTRLDNRVIDLRTSTSQAVFRLQSGICHLFRETLINKGFVEIQTPKIISAASEGGANVFTVSYFKNNAYLAQSPQLYKQMCICADFEKVFSIGPVFRAEDSNTHRHLTEFVGLDIEMAFNYHYHEVMEEIADTMVQIFKGLQERFQTEIQTVNKQFPCEPFKFLEPTLRLEYCEALAMLREAGVEMGDEDDLSTPNEKLLGHLVKEKYDTDFYILDKYPLAVRPFYTMPDPRNPKQSNSYDMFMRGEEILSGAQRIHDPQLLTERALHHGIDLEKIKAYIDSFRFGAPPHAGGGIGLERVTMLFLGLHNVRQTSMFPRDPKRLTP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2
分子量 formula_weight	24165.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,I,J

MDYGALKDIVINANPASPPLSLLVLHRLLCEHFRVLSTVHTHSSVKSVPENLLKCFGEQNKKQPRQDYQLGFTLIWKNVPKTQMKFSIQTMCPIEGEGNIARFLFSLFGQKHNAVNATLIDSWVDIAIFQLKEGSSKEKAAVFRSMNSALGKSPWLAGNELTVADVVLWSVLQQIGGCSVTVPANVQRWMRSCENLAPFNTALKLLKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
分子量 formula_weight	18434.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.17,6.1.1.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,K,L

MATLSLTVNSGDPPLGALLAVEHVKDDVSISVEEGKENILHVSENVIFTDVNSILRYLARVATTAGLYGSNLMEHTEIDHWLEFSATKLSSCDSFTSTINELNHCLSLRTYLVGNSLSLADLCVWATLKGNAAWQEQLKQKKAPVHVKRWFGFLEAQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6iy6C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	6iy6D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	6iy6E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	6iy6F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	6iy6I00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	6iy6J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	6iy6K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	6iy6L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

▶

晶胞边长 a length_a	108.068 Å
晶胞边长 b length_b	108.068 Å
晶胞边长 c length_c	815.642 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2386
R_work r_work	0.2367
R_free r_free	0.2754

Crystal structure of human cytosolic aspartyl-tRNA synthetase (DRS) in complex with glutathion-S transferase (GST) domains from Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 (AIMP2) and glutamyl-prolyl-tRNA synthetase (EPRS)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6iy6__assembly_2__model_1

6iy6__assembly_2__model_1 | I(q)

6iy6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human cytosolic aspartyl-tRNA synthetase (DRS) in complex with glutathion-S transferase (GST) domains from Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 (AIMP2) and glutamyl-prolyl-tRNA synthetase (EPRS)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6iy6__assembly_2__model_1

6iy6__assembly_2__model_1 | I(q)

6iy6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)