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6iyy

Crystal structure of human WIPI3,loop deletion mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 3

Homo sapiens

UniProt Q5MNZ6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 8–344 突变：DELETION OF RESIDUES 75-80 and 264-281 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7；289 K；1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris-HCl 分辨率 1.80 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6IYY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6KLR Crystal structure of human WIPI3 in complex with the WIR-peptide from ATG2A 提交 2019-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 8–344（337 aa）
链 B 8–344（337 aa）
突变：Deletion of 75-80 and Deletion of 264-280 突变：Deletion of 75-80 and Deletion of 264-280 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M Tirs-HCl, pH 8.5, 20% (v/v) Ethanol
分辨率 2.21 Å R-free 0.255
8ZQG Crystal structure of WIPI3 in complex with ATG16L1 提交 2024-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 8–344（337 aa）
链 B 8–344（337 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；289 K；0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane (pH 8.8); 16% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.77 Å R-free 0.233
9C9I Structure of the TSC1:WIPI3 complex 提交 2024-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 12–344（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium tartrate, 20 % PEG3350, and 0.25 M sodium acetate.
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
9C9I Structure of the TSC1:WIPI3 complex 提交 2024-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 12–344（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium tartrate, 20 % PEG3350, and 0.25 M sodium acetate.
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
9C9I Structure of the TSC1:WIPI3 complex 提交 2024-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 12–344（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium tartrate, 20 % PEG3350, and 0.25 M sodium acetate.
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
9C9I Structure of the TSC1:WIPI3 complex 提交 2024-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 12–344（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium tartrate, 20 % PEG3350, and 0.25 M sodium acetate.
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
9CE3 Structure of the TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex 提交 2024-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 12–344（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 250 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WIPI3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–317； UniProt 8–344

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6iyy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6iyy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6iyy
沉积日期 deposition_date2018-12-17
结构标题 titleCrystal structure of human WIPI3,loop deletion mutant
关键词 keywordsMEMBRANE BOUND PROTEIN, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.83 Å
零角强度 I(0) i021836700.00
分子量 molecular_weight34753.0 kDa
排除体积 excluded_volume43063 ų
包络体积 envelope_volume50064 ų
水化壳体积 shell_volume21608 ų
包络直径 envelope_diameter62.1 Å
壳层 Rg shell_rg25.85 Å
包络 Rg envelope_rg18.97 Å
形状 Rg shape_rg18.84 Å
总 Rg total_rg19.72 Å
总原子数 total_atoms2431
残基数 n_residues312
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.1 Å
Rg (实空间) rg_real19.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21840000.0000
解质量估计 total_estimate0.9003
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.2 Å
偏度 Skewness skewness0.091
峰度 Kurtosis kurtosis-0.472
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4937000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.979
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)