6j0a

Crystal structure of E. coli methionine aminopeptidase enzyme and chaperone trigger factor fitted into the cryo-EM density map of the complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 106.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine aminopeptidase

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–264	未记录	Trigger factor × 1 （Q9WZF8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 14.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6J0A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EVC Crystal structure of E. Coli. methionine amino peptidase in complex with 5-(2-(trifluoromethyl)phenyl)furan-2-carboxylic acid 提交 2005-10-31	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 FC3 5-[2-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
2EVM crystal structure of methionine aminopeptidase in complex with 5-(2,5-dichlorophenyl)furan-2-carboxylic acid 提交 2005-10-31	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 FC2 5-(2,5-DICHLOROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.248
2EVO crystal structure of methionine amino peptidase in complex with N-cyclopentyl-N-(thiazol-2-yl)oxalamide 提交 2005-10-31	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 3 CT0 N1-CYCLOPENTYL-N2-(THIAZOL-2-YL)OXALAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
2EVO crystal structure of methionine amino peptidase in complex with N-cyclopentyl-N-(thiazol-2-yl)oxalamide 提交 2005-10-31	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–264（264 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 3 CT0 N1-CYCLOPENTYL-N2-(THIAZOL-2-YL)OXALAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
2GG0 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U11 METHYL N-{(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-[4-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]PROPANOYL}ALANYLGLYCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.28 Å R-free 0.209
2GG2 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U12 5-IMINO-4-(3-TRIFLUOROMETHYL-PHENYLAZO)-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.153
2GG3 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U13 4-(4-FLUORO-PHENYLAZO)-5-IMINO-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.161
2GG5 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U19 5-IMINO-4-(2-TRIFLUOROMETHYL-PHENYLAZO)-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 2.12 Å R-free 0.300
2GG7 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U14 3-(5-AMINO-3-IMINO-3H-PYRAZOL-4-YLAZO)-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.12 Å R-free 0.155
2GG8 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U15 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-(4-METHYLPHENYL)PROPANOYL]-D-ALANYL-D-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
2GG9 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U16 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-(4-ISOPROPYLPHENYL)PROPANOYL]-D-ALANYL-D-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.05 Å R-free 0.159
2GGB Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U17 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXYHEPTANOYL]-L-SERYL-L-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.259
2GGC Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 MET METHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.133
2GTX Structural Basis of Catalysis by Mononuclear Methionine Aminopeptidase 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–264（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2GTX Structural Basis of Catalysis by Mononuclear Methionine Aminopeptidase 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–264（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2GU4 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 0.5, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
2GU4 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 0.5, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
2GU5 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 1, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
2GU5 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 1, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
2GU6 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 2, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
2GU6 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 2, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
2GU7 E. coli methionine aminopeptidase unliganded, 1:0.5 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2GU7 E. coli methionine aminopeptidase unliganded, 1:0.5 提交 2006-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2P98 E. coli methionine aminopeptidase monometalated with inhibitor YE7 提交 2007-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 YE7 IMIDAZO[2,1-A]ISOQUINOLINE-2-CARBOHYDRAZIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
2P99 E. coli methionine aminopeptidase monometalated with inhibitor YE6 提交 2007-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–262（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 YE6 5-(2-chlorophenyl)furan-2-carbohydrazide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.263
2P9A E. coli methionine aminopeptidase dimetalated with inhibitor YE6 提交 2007-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 YE6 5-(2-chlorophenyl)furan-2-carbohydrazide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
2Q92 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor B23 提交 2007-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 B23 5-(2-NITROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
2Q93 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor B21 提交 2007-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 B21 5-(2-METHOXYPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.251
2Q94 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A04 提交 2007-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A04 5-[2-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.63 Å R-free 0.238
2Q95 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A05 提交 2007-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A05 5-(2-CHLORO-4-NITROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2Q96 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A18 提交 2007-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A18 5-(2-CHLOROBENZYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
3D27 E. coli methionine aminopeptidase with Fe inhibitor W29 提交 2008-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–264（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 W29 4-(3-ethylthiophen-2-yl)benzene-1,2-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100 mM MES (pH 6.5), 2 mM MnCl2, 17% PEG 20000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
6IZ7 E. coli methionine aminopeptidase crystal structure fitted into the cryo-EM density map of E. coli 70S ribosome in complex with methionine aminopeptidase 提交 2018-12-18	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 1–264（264 aa）	突变：R175Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.80 Å
6IZI Crystal structure of E. coli peptide deformylase and methionine aminopeptidase fitted into the cryo-EM density map of the complex 提交 2018-12-19	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 1–264（264 aa）	突变：R175Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.80 Å

共 28 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAP1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

Trigger factor

Thermotoga maritima MSB8

UniProt Q9WZF8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Q； UniProt 1–405	未记录	Methionine aminopeptidase × 1 （P0AE18）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 14.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6J0A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NSA Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritim 提交 2006-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 244–405（162 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；293 K；1.35M ammonium sulfate 0.05M TrisCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
2NSA Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritim 提交 2006-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 244–405（162 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；293 K；1.35M ammonium sulfate 0.05M TrisCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
2NSB Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima 提交 2006-11-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；14% PEG 4000, 0.2M potassium chloride 0.2M, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.262
2NSB Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima 提交 2006-11-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；14% PEG 4000, 0.2M potassium chloride 0.2M, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.262
2NSC Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima 提交 2006-11-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% PEG 4000, 0.2M potassium chloride, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
2NSC Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima 提交 2006-11-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% PEG 4000, 0.2M potassium chloride, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
3GTY Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone 提交 2009-03-28	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；5-10 % PEG4000, 100 NaOAc, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.40 Å R-free 0.329
3GTY Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone 提交 2009-03-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；5-10 % PEG4000, 100 NaOAc, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.40 Å R-free 0.329
3GU0 Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone 提交 2009-03-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–405（405 aa）片段：residues 1-405	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；10-15% PEG4000, 200 MgCl2, 100 Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.358

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIG_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6j0a
沉积日期 deposition_date	2018-12-22
结构标题 title	Crystal structure of E. coli methionine aminopeptidase enzyme and chaperone trigger factor fitted into the cryo-EM density map of the complex
关键词 keywords	E. coli 70S ribosome, Protein biogenesis, Chaperone, Methionine aminopeptidase, Trigger factor, Polypeptide exit tunnel, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.33 Å
零角强度 I(0) i0	89719700.00
分子量 molecular_weight	76929.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94220 Å³
包络体积 envelope_volume	84329 Å³
水化壳体积 shell_volume	23954 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.40 Å
包络 Rg envelope_rg	31.22 Å
形状 Rg shape_rg	33.38 Å
总 Rg total_rg	33.46 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.9 Å
Rg (实空间) rg_real	33.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	89720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6751
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	5936000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.078; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 0.733

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methionine aminopeptidase
分子量 formula_weight	29341.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	668

MAISIKTPEDIEKMRVAGRLAAEVLEMIEPYVKPGVSTGELDRICNDYIVNEQHAVSACLGYHGYPKSVCISINEVVCHGIPDDAKLLKDGDIVNIDVTVIKDGFHGDTSKMFIVGKPTIMGERLCRITQESLYLALRMVKPGINLREIGAAIQKFVEAEGFSVVREYCGHGIGQGFHEEPQVLHYDSRETNVVLKPGMTFTIEPMVNAGKKEIRTMKDGWTVKTKDRSLSAQYEHTIVVTDNGCEILTLRKDDTIPAIISHDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Trigger factor
分子量 formula_weight	47961.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MEVKELERDKNRVVLEYVFGAEEIAQAEDKAVRYLNQRVEIPGFRKGRIPKNVLKMKLGEEFQEYTLDFLMDLIPDTLKDRKLILSPIVTERELKDVTARVVVEVHEEPEVRIGDISKIEVEKVDEEKVLEKYVERRIEDLRESHALLEPKEGPAEAGDLVRVNMEVYNEEGKKLTSREYEYVISEDEDRPFVKDLVGKKKGDVVEIEREYEGKKYTYKLEVEEVYKRTLPEIGDELAKSVNNEFETLEQLKESLKKEGKEIYDVEMKESMREQLLEKLPEIVEIEISDRTLEILVNEAINRLKREGRYEQIVSSYESEEKFREELKERILDDIKRDRVIEVLAQEKGISVNDEELEKEAEELAPFWGISPDRAKSLVKARQDLREELRWAILKRKVLDLLLQEVE

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	14.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	19500

fit	/app/data/saxs_computation/j0/6j0a/6j0a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j0/6j0a/6j0a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j0/6j0a/6j0a.dat

Crystal structure of E. coli methionine aminopeptidase enzyme and chaperone trigger factor fitted into the cryo-EM density map of the complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine aminopeptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Trigger factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)