SAXSdb — 6j56

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Unconventional myosin-VI

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptide from Target of Myb protein 1 × 1 （O60784） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptide from Target of Myb protein 1 × 1 （O60784） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYO6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–129； UniProt 1166–1294 作者链 B； PDB构建体 1–129； UniProt 1166–1294

Peptide from Target of Myb protein 1

Homo sapiens

UniProt O60784

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Unconventional myosin-VI × 1 （Q9UM54） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Unconventional myosin-VI × 1 （Q9UM54） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOM1_HUMAN
Isoform	O60784-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–27； UniProt 437–463 作者链 D； PDB构建体 1–27； UniProt 437–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6j56
沉积日期 deposition_date	2019-01-10
结构标题 title	Crystal structure of Myosin VI CBD in complex with Tom1 MBM
关键词 keywords	Myosin VI, Tom1, complex, autophagy, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6j56__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6j56__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6j56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.66 Å
Rg（电子密度）	15.23 Å
总 Rg	16.56 Å
原子数	1177
残基数	142
排除体积	20842 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6j56__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6j56__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Unconventional myosin-VI
分子量 formula_weight	15370.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2530

ARQREIEMNRQQRFFRIPFIRPADQYKDPQSKKKGWWYAHFDGPWIARQMELHPDKPPILLVAGKDDMEMCELNLEETGLTRKRGAEILPRQFEEIWERCGGIQYLQNAIESRQARPTYATAMLQSLLK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide from Target of Myb protein 1
分子量 formula_weight	2971.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GVTSEGKFDKFLEERAKAADRLPNLSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	249

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晶胞边长 a length_a	40.733 Å
晶胞边长 b length_b	74.875 Å
晶胞边长 c length_c	50.873 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.798 Å
最低分辨率 resolution_low	37.438 Å
R 因子 r_factor	0.1794
R_work r_work	0.1766
R_free r_free	0.2335

Crystal structure of Myosin VI CBD in complex with Tom1 MBM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Unconventional myosin-VI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide from Target of Myb protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6j56__assembly_1__model_1

6j56__assembly_1__model_1 | I(q)

6j56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Myosin VI CBD in complex with Tom1 MBM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Unconventional myosin-VI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptide from Target of Myb protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6j56__assembly_1__model_1

6j56__assembly_1__model_1 | I(q)

6j56__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)